目的利用芯片技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法挖掘肺動(dòng)脈高壓(PAH)關(guān)鍵基因,探討PAH的發(fā)生機(jī)制。方法用自測(cè)數(shù)據(jù)-低氧性PAH小鼠差異表達(dá)矩陣和NCBI數(shù)據(jù)庫下載的小鼠PAH表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)(GSE48936);聯(lián)合分析這兩組數(shù)據(jù)。結(jié)果 1)得到共同差異表達(dá)基因112個(gè);2)GO結(jié)果表明這些基因主要富集在炎性反應(yīng)、防御反應(yīng)、刺激反應(yīng)等生物學(xué)過程;3)KEGG分析發(fā)現(xiàn)這些基因主要參與趨化因子信號(hào)途徑、細(xì)胞因子與其受體相互作用、細(xì)胞色素p450對(duì)外源物質(zhì)代謝的影響等通路;4)利用于String數(shù)據(jù)庫對(duì)這112個(gè)基因分析,篩選出10個(gè)degree得分較高的中心基因CD68、CD86、CCL6、ms4a6d、CXCL10、C3ar1、CXCL9、C1qA、C1qB、Ctss;將這些基因利用Cytoscape軟件進(jìn)行模塊分析,篩選出3個(gè)顯著模塊,顯著模塊涉及基因主要富集在炎性反應(yīng)、IL-17、白細(xì)胞遷移正調(diào)控和防御反應(yīng)的調(diào)節(jié)等信號(hào)通路。結(jié)論這些基因可能與PAH發(fā)生發(fā)展密切相關(guān),為PAH發(fā)病的分子機(jī)制提供一定參考。

【文章頁數(shù)】：6 頁

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 自測(cè)數(shù)據(jù)中實(shí)驗(yàn)動(dòng)物的分組
    1.2 取材
    1.3 低氧性肺動(dòng)脈高壓模型小鼠芯片實(shí)驗(yàn)操作流程
    1.4 GSE48936數(shù)據(jù)獲得
    1.5 自測(cè)數(shù)據(jù)(低氧性肺動(dòng)脈高壓小鼠芯片數(shù)據(jù))和GSE48936數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
    1.6 共同差異表達(dá)基因的功能富集分析
    1.7 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析和模塊篩選
2 結(jié)果
    2.1 自測(cè)數(shù)據(jù)(低氧性肺動(dòng)脈高壓模型)肺組織差異表達(dá)基因
    2.2 GEO數(shù)據(jù)信息與差異表達(dá)基因的鑒定
    2.3 自測(cè)數(shù)據(jù)(低氧性肺動(dòng)脈高壓小鼠芯片數(shù)據(jù))和GSE48936數(shù)據(jù)聯(lián)合分析
    2.4 GO和 KEGG 通路富集分析
    2.5 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)(PPI)及模塊分析
3 討論



本文編號(hào)：3779197