為了解香蕉MaHY5基因密碼子的使用特性,本研究利用生物信息學(xué)工具,分析了香蕉MaHY5基因的密碼子使用偏好性,并分別與其它31個(gè)物種的HY5基因以及模式生物基因組進(jìn)行比較。結(jié)果顯示,香蕉MaHY5基因密碼子選擇偏好性弱且偏好以G/C結(jié)尾;自然選擇的作用對(duì)香蕉MaHY5密碼子偏性影響最大;多數(shù)雙子葉植物HY5密碼子可能偏好A/T結(jié)尾,而單子葉植物HY5密碼子可能偏好G/C結(jié)尾;基于HY5的CDS序列聚類結(jié)果比密碼子使用頻率分類結(jié)果更能反映物種間的進(jìn)化規(guī)律;大腸桿菌原核表達(dá)系統(tǒng)更適用于香蕉MaHY5的異源表達(dá)試驗(yàn),擬南芥可能為香蕉MaHY5轉(zhuǎn)基因的最為理想受體。本研究分析了香蕉MaHY5基因及其他物種中HY5基因的密碼子偏好性與進(jìn)化關(guān)系,同時(shí)篩選最適合MaHY5基因異源表達(dá)宿主及遺傳轉(zhuǎn)化受體,為深入探究MaHY5基因的功能提供理論基礎(chǔ)。

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【文章目錄】：
1 結(jié)果與分析
    1.1 香蕉Ma HY5基因的密碼子使用偏好性分析
        1.1.1 香蕉Ma HY5有效密碼子數(shù)及GC含量
        1.1.2 香蕉Ma HY5基因同義密碼子的相對(duì)使用頻率
    1.2 不同物種間Ma HY5基因密碼子使用偏好性比較
        1.2.1 HY5基因的ENc、CAI及GC含量分析
        1.2.2 HY5基因CDS序列及RSCU值的相關(guān)聚類分析
        1.2.3 HY5基因中性繪圖分析
        1.2.4 HY5基因ENc與GC3值繪圖分析
    1.3 香蕉Ma HY5基因遺傳轉(zhuǎn)化受體系統(tǒng)選擇
2 討論
    2.1 香蕉Ma HY5密碼子的偏好性
    2.2 香蕉Ma HY5的同源比較
    2.3 香蕉Ma HY5異源表達(dá)和遺傳轉(zhuǎn)化受體系統(tǒng)的選擇
3 材料與方法
    3.1 序列數(shù)據(jù)來(lái)源
    3.2 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析
作者貢獻(xiàn)



本文編號(hào)：3762731