基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的海巴戟果實(shí)中乙烯調(diào)控相關(guān)基因表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間:2023-02-07 15:24
【目的】為了明確乙烯相關(guān)基因在海巴戟(Morinda citrifolia L.)果實(shí)采后后熟過(guò)程中的功能�!痉椒ā恳詣偛烧某墒旌0完麑�(shí)(0 d)和室溫(25℃)后熟2 d的海巴戟果實(shí)為研究對(duì)象,通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)和實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)(qRT-PCR),分析海巴戟果實(shí)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)、乙烯相關(guān)基因及其表達(dá)水平�!窘Y(jié)果】海巴戟果實(shí)轉(zhuǎn)錄組經(jīng)組裝獲得35 721個(gè)轉(zhuǎn)錄本,26 202個(gè)注釋基因,篩選后獲得3 754個(gè)差異基因(P≤0.05,LogFC≥2)。從差異基因中隨機(jī)選取10個(gè)上調(diào)基因和10個(gè)下調(diào)基因進(jìn)行熒光定量驗(yàn)證,結(jié)果表明轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果可靠。在乙烯合成途徑和乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路中發(fā)現(xiàn)4個(gè)乙烯合成相關(guān)基因-metK、ACS10、ACS12、ACO5和7個(gè)乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)相關(guān)基因-ETR、CTR1、MAPK6、EIN2、EIN3、EBF1、ERF1,這11個(gè)基因在乙烯合成途徑和乙烯信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路中表達(dá)量較高且差異顯著,選取其中表達(dá)量較高的metK、ACO5、EIN3和EBF1共4個(gè)基因進(jìn)行熒光定量,進(jìn)一步明確了這4個(gè)基因在海巴戟果實(shí)后熟過(guò)程中的重要作用�!窘Y(jié)論】在乙烯合成途徑和...
【文章頁(yè)數(shù)】:10 頁(yè)
【文章目錄】:
1 材料和方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 總RNA提取、文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序
1.3 表達(dá)差異分析
1.4 熒光定量驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組
2 結(jié)果與分析
2.1 測(cè)序與拼接組裝
2.2 轉(zhuǎn)錄組功能注釋
2.3 轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因聚類(lèi)分析
2.4 差異基因GO和KEGG顯著富集分析
2.5 乙烯的生物合成與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑分析
2.6 候選基因熒光定量表達(dá)分析
2.7 熒光定量驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組
3 討論與結(jié)論
本文編號(hào):3737067
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1 材料和方法
1.1 試驗(yàn)材料
1.2 總RNA提取、文庫(kù)構(gòu)建及測(cè)序
1.3 表達(dá)差異分析
1.4 熒光定量驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組
2 結(jié)果與分析
2.1 測(cè)序與拼接組裝
2.2 轉(zhuǎn)錄組功能注釋
2.3 轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因聚類(lèi)分析
2.4 差異基因GO和KEGG顯著富集分析
2.5 乙烯的生物合成與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑分析
2.6 候選基因熒光定量表達(dá)分析
2.7 熒光定量驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組
3 討論與結(jié)論
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