目的:利用生物信息學(xué)方法,研究TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中肺鱗癌RNA測(cè)序數(shù)據(jù)及DNA甲基化數(shù)據(jù),篩選肺鱗癌中與甲基化相關(guān)的基因。方法:1.使用R語(yǔ)言RTCGA工具包從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載376例肺鱗癌患者的RNA測(cè)序（RNAseq）數(shù)據(jù)和DNA甲基化數(shù)據(jù)以及相應(yīng)臨床信息,分別用DESeq2軟件包以及minfi軟件包處理,選取差異表達(dá)基因（|log FC|>2.0,P<0.001）以及差異甲基化位點(diǎn)（|Δβ|>0.2,P<0.001）;2.利用m RNA表達(dá)數(shù)據(jù)與DNA甲基化數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性分析（r>0.6）篩選出候選基因;3.通過(guò)GO、KEGG分析目的基因所參與的通路,結(jié)合文獻(xiàn)篩選出最后的目的基因。結(jié)果:1.TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出2581個(gè)差異表達(dá)基因和28,793個(gè)差異甲基化位點(diǎn);2.共篩選出6個(gè)候選基因（SOX15、PRAME、KIF15、KCTD1、SLC6A8、OTX1）;3.GO、KEGG分析顯示SOX15基因參與代謝、多細(xì)胞生物發(fā)育、免疫系統(tǒng)等過(guò)程,參與P53通路、PI3激酶通路、Ras通路、VEGF信號(hào)通路、TGF-β信號(hào)通路、FGF信號(hào)通路等。結(jié)論:通... 

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

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摘要
ABSTRACT
第一章：基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中肺鱗癌RNA測(cè)序數(shù)據(jù)和DNA甲基化數(shù)據(jù)分析
    1.前言
    2.材料和方法
    3.結(jié)果
    4.討論
    參考文獻(xiàn)
第二章：qRT-PCR實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證目的基因的表達(dá)
    1.前言
    2.實(shí)驗(yàn)材料、試劑及儀器
    3.實(shí)驗(yàn)方法
    4.實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    5.討論
    參考文獻(xiàn)
第三章：肺鱗癌中SOX15 啟動(dòng)子區(qū)域甲基化水平及臨床意義
    1.前言
    2.材料和方法
    3.結(jié)果
    4.討論
    參考文獻(xiàn)
全文總結(jié)
綜述
    參考文獻(xiàn)
附錄1
附錄2
致謝



本文編號(hào)：3649223