目的:利用基因組學(xué)篩選胃癌相關(guān)基因,分析其在胃癌及癌旁組織中的表達(dá)水平與患者臨床病理參數(shù)存在的關(guān)系,探究新的胃癌腫瘤標(biāo)志物,為胃癌診斷提供新的方向。方法:1、本研究利用GEO數(shù)據(jù)庫及TCGA數(shù)據(jù)庫分析胃癌組織及相應(yīng)癌旁組織的全基因表達(dá)譜。發(fā)現(xiàn)一些新的基因,如:α-1-酸性糖蛋白（ORM1）、II型跨膜絲氨酸蛋白酶（HPN）、尿苷磷酸化酶（UPP1）、非轉(zhuǎn)移性黑色素瘤糖蛋白B（GPNMB）。這些基因在胃癌及癌旁組織中可能有表達(dá)差異。2、選取2017年3月-2018年9月我院胃腸外科確診胃癌并住院手術(shù)的56例患者納入實(shí)驗(yàn)。利用實(shí)時熒光定量PCR檢測ORM1、HPN、UPP1、GPNMB在胃癌及癌旁組織中mRNA的表達(dá)差異。3、收集患者臨床資料,包括年齡、性別、腫瘤直徑、腫瘤T分期、分化程度、淋巴轉(zhuǎn)移及腫瘤TNM分期等信息,進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,探討ORM1、HPN、UPP1、GPNMB的表達(dá)與患者的臨床資料之間存在的關(guān)系。結(jié)果:1、利用基因組學(xué)從GEO數(shù)據(jù)庫及TCGA數(shù)據(jù)庫篩選得到49個在胃癌中高表達(dá)基因,65個在胃癌中低表達(dá)基因。2、實(shí)時熒光定量PCR分析四個基因在56對胃癌及癌旁組織中的表達(dá)情... 

【文章來源】：南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

四個基因芯片數(shù)據(jù)集

第3章 結(jié)果3.1 利用基因組學(xué)篩選差異表達(dá)基因。3.1 .1 GEO 數(shù)據(jù)庫與 TCGA 數(shù)據(jù)庫分析相關(guān)差異表達(dá)基因。從 GEO 數(shù)據(jù)庫下載四個胃癌與癌旁組織相關(guān)的表達(dá)芯片數(shù)據(jù)集，將這四個芯片數(shù)據(jù)集整合成一個多芯片數(shù)據(jù)庫（Multiple Microarray Datasets）。然后從 TCGA 數(shù)據(jù)庫下載胃癌組織與配對的癌旁組織的 RNA 測序數(shù)據(jù)集。四個基因芯片數(shù)據(jù)集及 TCGA 數(shù)據(jù)集所檢測的標(biāo)本數(shù)，如圖 1-1,圖 1-2。

注：縱軸代表胃癌組織中表達(dá)差異基因個數(shù)，橫軸代表四個基因芯片數(shù)據(jù)集合TCGA數(shù)據(jù)集。紅色代表表達(dá)倍數(shù)大于等于1.5，綠色代表表達(dá)倍數(shù)小于等于0.667。圖1-4 四個基因芯片數(shù)據(jù)集共同 圖1-5 四個基因閑篇數(shù)據(jù)集共同高表達(dá)基因 低表達(dá)基因注：在不同的數(shù)據(jù)集所檢測基因數(shù)及差異表達(dá)的基因是不同的。我們將GEO數(shù)據(jù)庫中四個基因表達(dá)芯片數(shù)據(jù)集排名前1000位胃癌差異表達(dá)基因進(jìn)行韋恩圖分析，顯示49個高表達(dá)基因和65個低表達(dá)在四個數(shù)據(jù)庫中共同表達(dá)（圖1-4和圖1-5）。


本文編號：3567843