目的:利用生物信息學(xué)分析方法和軟件,分析三陰性乳腺癌和非三陰性乳腺癌的基因表達譜芯片數(shù)據(jù),篩選二者的差異表達基因（DEGs）,并對差異表達基因進行功能注釋、信號通路分析及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析,從分子水平研究相關(guān)基因在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中的作用,尋找三陰性乳腺癌相關(guān)基因,為更好的研究三陰性乳腺癌提供部分理論依據(jù)及新方向。方法:1.從GEO數(shù)據(jù)庫里下載所需三陰性乳腺癌及非三陰性乳腺癌的表達譜芯片的原始數(shù)據(jù),運用R語言及Bioconductor程序包處理所得數(shù)據(jù),根據(jù)設(shè)定篩選條件篩選出兩者的差異表達基因,將所得差異表達基因?qū)隓AVID在線數(shù)據(jù)庫進行GO功能注釋、KEGG信號通路分析,最后應(yīng)用STRING在線數(shù)據(jù)庫構(gòu)建差異表達基因的蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò),將所得蛋白互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape軟件,利用MCODE插件分析得到互作關(guān)系密切的網(wǎng)絡(luò)模塊,篩選出整個網(wǎng)絡(luò)中的重要節(jié)點基因。2.收集三陰性乳腺癌、非三陰性乳腺癌及癌旁正常組織的石蠟包埋組織,用免疫組化實驗驗證部分生物信息學(xué)及軟件分析所得基因。結(jié)果:1.通過分析三陰性乳腺癌及非三陰性乳腺癌的基因芯片數(shù)據(jù),篩選得到二者的相關(guān)差異表達基因共計298... 

【文章來源】：西南醫(yī)科大學(xué)四川省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

具體上調(diào)及下調(diào)差異基因見附錄1、

圖 6 左、右分別為非三陰性乳腺癌組織中 NDC80 高表達、低表達（×400）Figure 6 Left and right correspond to high and low expression of NDC80 in nTNBCrespectively（×400）

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Threonine and tyrosine kinase may serve as a prognostic biomarker for gallbladder cancer[J]. Yuan Xie,Jian-Zhen Lin,An-Qiang Wang,Wei-Yu Xu,Jun-Yu Long,Yu-Feng Luo,Jie Shi,Zhi-Yong Liang,Xin-Ting Sang,Hai-Tao Zhao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(31)
[2]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文編號：3566157