目的:利用生物信息學(xué)分析方法和軟件,分析三陰性乳腺癌和非三陰性乳腺癌的基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù),篩選二者的差異表達(dá)基因（DEGs）,并對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行功能注釋、信號(hào)通路分析及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析,從分子水平研究相關(guān)基因在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中的作用,尋找三陰性乳腺癌相關(guān)基因,為更好的研究三陰性乳腺癌提供部分理論依據(jù)及新方向。方法:1.從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)里下載所需三陰性乳腺癌及非三陰性乳腺癌的表達(dá)譜芯片的原始數(shù)據(jù),運(yùn)用R語(yǔ)言及Bioconductor程序包處理所得數(shù)據(jù),根據(jù)設(shè)定篩選條件篩選出兩者的差異表達(dá)基因,將所得差異表達(dá)基因?qū)隓AVID在線數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行GO功能注釋、KEGG信號(hào)通路分析,最后應(yīng)用STRING在線數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建差異表達(dá)基因的蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò),將所得蛋白互作網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)導(dǎo)入Cytoscape軟件,利用MCODE插件分析得到互作關(guān)系密切的網(wǎng)絡(luò)模塊,篩選出整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中的重要節(jié)點(diǎn)基因。2.收集三陰性乳腺癌、非三陰性乳腺癌及癌旁正常組織的石蠟包埋組織,用免疫組化實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證部分生物信息學(xué)及軟件分析所得基因。結(jié)果:1.通過(guò)分析三陰性乳腺癌及非三陰性乳腺癌的基因芯片數(shù)據(jù),篩選得到二者的相關(guān)差異表達(dá)基因共計(jì)298... 

【文章來(lái)源】：西南醫(yī)科大學(xué)四川省

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

具體上調(diào)及下調(diào)差異基因見(jiàn)附錄1、

圖 6 左、右分別為非三陰性乳腺癌組織中 NDC80 高表達(dá)、低表達(dá)（×400）Figure 6 Left and right correspond to high and low expression of NDC80 in nTNBCrespectively（×400）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Threonine and tyrosine kinase may serve as a prognostic biomarker for gallbladder cancer[J]. Yuan Xie,Jian-Zhen Lin,An-Qiang Wang,Wei-Yu Xu,Jun-Yu Long,Yu-Feng Luo,Jie Shi,Zhi-Yong Liang,Xin-Ting Sang,Hai-Tao Zhao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(31)
[2]Effect of NDC80 in human hepatocellular carcinoma[J]. Lin-Ling Ju,Lin Chen,Jun-Hong Li,Yi-Fan Wang,Ru-Jian Lu,Zhao-Lian Bian,Jian-Guo Shao.  World Journal of Gastroenterology. 2017(20)



本文編號(hào)：3566157