發(fā)布時(shí)間：2021-12-30 20:58

　　太湖豬（Sus scrofa）是分布于我國(guó)太湖流域的地方豬種,因繁殖力高而著稱,且其兼具抗病性強(qiáng)、肉質(zhì)鮮美、耐粗飼等諸多優(yōu)點(diǎn),是生豬遺傳改良的重要資源。但太湖豬也存在生產(chǎn)性能較弱的顯著劣勢(shì),常規(guī)育種及常用的分子育種方法對(duì)于生長(zhǎng)性能的選擇往往會(huì)帶來(lái)其他性狀性能降低的副作用�；蚓庉嬍悄軌�?qū)崿F(xiàn)對(duì)目標(biāo)DNA序列精準(zhǔn)編輯的技術(shù),若能夠在基因組水平上比較中西方品種的差異,預(yù)測(cè)太湖豬可通過(guò)基因編輯提高生產(chǎn)性能的位點(diǎn),無(wú)疑將為進(jìn)一步揭示豬的重要經(jīng)濟(jì)性狀遺傳機(jī)制、改良我國(guó)地方品種遺傳資源起到極大的推動(dòng)作用。然而目前大部分研究的方向主要是sgRNA的編輯效率及脫靶概率,或者針對(duì)單個(gè)基因或位點(diǎn)設(shè)計(jì)CRISPR/Cas9靶位點(diǎn),很少有報(bào)道關(guān)于適合利用基因編輯提升畜禽性能的靶點(diǎn)的篩選和最優(yōu)sgRNA的推薦的研究。全面系統(tǒng)的綜合7個(gè)太湖群體與西方品種的基因組信息進(jìn)行靶點(diǎn)篩選和sgRNA推薦的研究工作目前尚未見(jiàn)報(bào)道。因此,本研究利用458頭太湖地方品種豬和西方品種豬的測(cè)序數(shù)據(jù),結(jié)合豬數(shù)量性狀基因座（Quantitative Trait Locus,QTL）數(shù)據(jù)庫(kù)、基因本體（Gene Ontology,GO）、通路... 

【文章來(lái)源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：79 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

豬QTL數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)及與公共數(shù)據(jù)庫(kù)關(guān)系圖

上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文-24-圖2生長(zhǎng)性狀候選基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)1Fig.2Network1ofgrowthcandidategenes表9IPA功能分析前10功能注釋信息Table9Informationoftop10IPAfunctionannotation功能注釋p-Value基因個(gè)數(shù)軀干發(fā)育1.47E-81172機(jī)體生長(zhǎng)7.99E-81150體軸的發(fā)育4.93E-73163頭部發(fā)育3.92E-71156機(jī)體死亡5.04E-69228發(fā)病率或死亡率1.16E-68229泌尿生殖系統(tǒng)的發(fā)展4.62E-64147細(xì)胞凋亡1.30E-62230轉(zhuǎn)錄1.52E-62206RNA表達(dá)5.69E-62212

上海交通大學(xué)碩士學(xué)位論文-25-表10IPA分析前10上游調(diào)控因子信息Table10Informationoftop10IPAUpstreamRegulators上游調(diào)控因子分子類型P值目標(biāo)基因個(gè)數(shù)TGFB1生長(zhǎng)因子8.92E-24103WNT3A細(xì)胞因子1.88E-2339CTNNB1轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子5.66E-2263IGF1生長(zhǎng)因子5.23E-1946dexamethasone化學(xué)藥物3.41E-1891HRAS酶7.46E-1850estrogen化學(xué)藥物4.10E-1734FGF2生長(zhǎng)因子6.64E-1738TNF細(xì)胞因子4.46E-1688cycloheximide化學(xué)試劑7.64E-1637圖3生長(zhǎng)性狀候選基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)2Fig.3Network2ofgrowthcandidategenes

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]基于基因本體（GO）的基因語(yǔ)義相似性度量方法的研究及應(yīng)用[D]. 連愛(ài)娥.上海師范大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3558951