綿羊KRTAP6-1基因生物信息學分析
發(fā)布時間:2021-11-08 08:24
為探究綿羊KRTAP6-1基因潛在的生物學功能,以生物基因組學數(shù)據(jù)庫中KRTAP6-1基因序列為研究對象,采用生物信息學的預測相關軟件,進行生物信息學的預測分析。結果表明,KRTAP6-1基因總共編碼83個氨基酸,分子量8 427.18 Da,是穩(wěn)定的親水性蛋白,主要在細胞質(zhì)中起作用,沒有明顯的信號肽切割位點,其二級結構主要以無規(guī)卷曲和β螺旋的形式存在;綿羊KRTAP6-1基因編碼蛋白的氨基酸組成與普通牛和山羊的同源性最高,分別為95.0%和91.7%。通過對綿羊KRTAP6-1基因編碼產(chǎn)物的生物學分析,挖掘其潛在功能,結果為豐富綿羊基因組內(nèi)容及該基因的后續(xù)利用提供基礎信息。
【文章來源】:中國草食動物科學. 2020,40(05)
【文章頁數(shù)】:5 頁
【部分圖文】:
綿羊KRTAP6-1基因編碼蛋白質(zhì)疏水性/親水性預測分析
基因編碼蛋白的跨膜結構的分析預測采用TMHMM 2.0在線軟件。結果顯示,該基因編碼的蛋白有2個明顯的跨膜螺旋區(qū),分別在氨基酸位點的第7~34和第64~83的位置(見圖4)。由此推測,綿羊KRTAP6-1基因編碼的蛋白質(zhì)是跨膜蛋白質(zhì),有可能在細胞中起一定的運輸作用。圖3 HMM模型分析KRTAP6-1基因編碼產(chǎn)物信號肽的曲線圖
HMM模型分析KRTAP6-1基因編碼產(chǎn)物信號肽的曲線圖
【參考文獻】:
期刊論文
[1]綿羊KAP1.1基因編碼蛋白生物信息學分析[J]. 翟剛,杜天寧,張?zhí)旌?李振林,葛叢叢,鄭慶豐,郭瑞芬,鞏元芳. 河北科技師范學院學報. 2019(04)
[2]綿羊ADRA1B基因生物信息學分析[J]. 李娜,王維民,張德印,張小雪. 甘肅農(nóng)業(yè)科技. 2019(09)
[3]綿羊Cytb基因生物信息學分析[J]. 臧勝芹,陳曉勇,楊凌,孫洪新,敦偉濤,梁瑞圓. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(18)
[4]牦牛KAP6-1和KAP6-4基因序列變異分析[J]. 石斌剛,謝建鵬,胡江,高小莉,羅玉柱,李少斌,石紅梅. 基因組學與應用生物學. 2018(04)
[5]牦牛CYGB基因CDS區(qū)克隆與生物信息學分析[J]. 孫雪婧,杜曉華,楊孝樸,羅玉柱,劉霞. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2014(13)
[6]甘南牦牛H-FABP基因CDS區(qū)多態(tài)性及生物信息學分析[J]. 曹健,羅玉柱,胡江,劉秀,李少斌,吳應童. 甘肅農(nóng)業(yè)大學學報. 2012(04)
[7]基于廣義回歸神經(jīng)網(wǎng)絡的蛋白質(zhì)二級結構預測[J]. 王菲露,宋楊. 計算機仿真. 2012(02)
[8]綿羊DRB1基因生物信息學分析[J]. 徐飛,成述儒,羅玉柱. 生物技術通報. 2011(01)
[9]奶牛DRB3基因生物信息學分析[J]. 徐飛,成述儒,羅玉柱. 中國奶牛. 2011(02)
[10]毛囊角蛋白基因及表達[J]. 狄江,王瓊,李勇,拉扎提. 草食家畜. 2004(04)
博士論文
[1]綿羊角蛋白關聯(lián)蛋白家族基因新成員鑒定及其與羊毛性狀的相關性分析[D]. 李少斌.甘肅農(nóng)業(yè)大學 2017
碩士論文
[1]豬JARID1C基因的克隆、生物信息學及組織表達譜分析[D]. 伊璐.南京農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3483361
【文章來源】:中國草食動物科學. 2020,40(05)
【文章頁數(shù)】:5 頁
【部分圖文】:
綿羊KRTAP6-1基因編碼蛋白質(zhì)疏水性/親水性預測分析
基因編碼蛋白的跨膜結構的分析預測采用TMHMM 2.0在線軟件。結果顯示,該基因編碼的蛋白有2個明顯的跨膜螺旋區(qū),分別在氨基酸位點的第7~34和第64~83的位置(見圖4)。由此推測,綿羊KRTAP6-1基因編碼的蛋白質(zhì)是跨膜蛋白質(zhì),有可能在細胞中起一定的運輸作用。圖3 HMM模型分析KRTAP6-1基因編碼產(chǎn)物信號肽的曲線圖
HMM模型分析KRTAP6-1基因編碼產(chǎn)物信號肽的曲線圖
【參考文獻】:
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[2]綿羊ADRA1B基因生物信息學分析[J]. 李娜,王維民,張德印,張小雪. 甘肅農(nóng)業(yè)科技. 2019(09)
[3]綿羊Cytb基因生物信息學分析[J]. 臧勝芹,陳曉勇,楊凌,孫洪新,敦偉濤,梁瑞圓. 江蘇農(nóng)業(yè)科學. 2018(18)
[4]牦牛KAP6-1和KAP6-4基因序列變異分析[J]. 石斌剛,謝建鵬,胡江,高小莉,羅玉柱,李少斌,石紅梅. 基因組學與應用生物學. 2018(04)
[5]牦牛CYGB基因CDS區(qū)克隆與生物信息學分析[J]. 孫雪婧,杜曉華,楊孝樸,羅玉柱,劉霞. 中國農(nóng)業(yè)科學. 2014(13)
[6]甘南牦牛H-FABP基因CDS區(qū)多態(tài)性及生物信息學分析[J]. 曹健,羅玉柱,胡江,劉秀,李少斌,吳應童. 甘肅農(nóng)業(yè)大學學報. 2012(04)
[7]基于廣義回歸神經(jīng)網(wǎng)絡的蛋白質(zhì)二級結構預測[J]. 王菲露,宋楊. 計算機仿真. 2012(02)
[8]綿羊DRB1基因生物信息學分析[J]. 徐飛,成述儒,羅玉柱. 生物技術通報. 2011(01)
[9]奶牛DRB3基因生物信息學分析[J]. 徐飛,成述儒,羅玉柱. 中國奶牛. 2011(02)
[10]毛囊角蛋白基因及表達[J]. 狄江,王瓊,李勇,拉扎提. 草食家畜. 2004(04)
博士論文
[1]綿羊角蛋白關聯(lián)蛋白家族基因新成員鑒定及其與羊毛性狀的相關性分析[D]. 李少斌.甘肅農(nóng)業(yè)大學 2017
碩士論文
[1]豬JARID1C基因的克隆、生物信息學及組織表達譜分析[D]. 伊璐.南京農(nóng)業(yè)大學 2007
本文編號:3483361
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