金色鏈霉菌Streptomyces aureofaciens DM-1是去甲基金霉素的高產(chǎn)菌株。通過(guò)Genome Sequencer FLX系統(tǒng)進(jìn)行測(cè)序,得到一條完整的線性基因組序列,長(zhǎng)度為6 824 334 bp,GC含量為72.6%。結(jié)合軟件glimmer 3.02、Genemark和Z-Curveprogram進(jìn)行基因預(yù)測(cè),最終在其基因組中鑒定出6431個(gè)基因。應(yīng)用AntiSMASH軟件預(yù)測(cè)其基因組中存在28個(gè)次級(jí)代謝生物合成基因簇,其中包含了去甲基金霉素生物合成基因簇。其中甲基轉(zhuǎn)移酶CtcK因移碼突變提前終止翻譯,很可能是去甲基金霉素相對(duì)金霉素（CTC）缺失一個(gè)甲基的根本原因。研究結(jié)果為S. aureofaciens DM-1的功能基因組學(xué)和去甲基金霉素高產(chǎn)菌株育種提供了研究基礎(chǔ)。 

【文章來(lái)源】：生物工程學(xué)報(bào). 2020,36(12)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：10 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 設(shè)備與試劑
    1.2 基因組DNA的提取
    1.3 基因組測(cè)序及組裝
    1.4 基因功能注釋及蛋白同源性分析
    1.5 次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇分析
    1.6 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及與CTC合成基因簇比較分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 基因組DNA的提取
    2.2 基因組測(cè)序及組裝
    2.3 基因功能注釋及蛋白同源性分析
    2.4 次級(jí)代謝產(chǎn)物合成基因簇分析
    2.5 S.aureofaciens DM-1的去甲基金霉素合成基因簇及與CTC合成基因簇比較分析
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]金霉素生物合成基因ctcK的研究[J]. 林龍鎮(zhèn),萬(wàn)云鳳,洪文榮.  湖南師范大學(xué)自然科學(xué)學(xué)報(bào). 2017(01)
[2]Actinoplanes sp.N902-109全基因組序列測(cè)定及分析[J]. 黃鶴,蘆現(xiàn)杰,胡海峰.  中國(guó)抗生素雜志. 2015(03)

碩士論文
[1]金霉素結(jié)構(gòu)功能基因研究[D]. 林龍鎮(zhèn).福州大學(xué) 2016



本文編號(hào)：3478239