目的胃癌是導(dǎo)致癌癥死亡的主要原因之一,是東亞部分地區(qū)最常見(jiàn)的胃腸道惡性腫瘤。隨著醫(yī)療水平的提升,胃癌患者5年生存率有所提高,但至今仍無(wú)法做到痊愈根治。本研究對(duì)癌癥和腫瘤基因圖譜（Cancer Genome Atlas,TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)中胃癌和癌旁組織的基因測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行挖掘,尋找胃癌治療的新靶點(diǎn)。方法從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取372例胃癌和32例癌旁組織的RNA測(cè)序數(shù)據(jù),按照l(shuí)ogFC>1且P<0.05的標(biāo)準(zhǔn)篩選差異表達(dá)基因,通過(guò)WGCNA分析并關(guān)聯(lián)胃癌患者的臨床表型數(shù)據(jù)找出標(biāo)志性基因。結(jié)果通過(guò)edgeR包和DESeq2包數(shù)據(jù)分析得到1 355個(gè)上調(diào)基因和1 774個(gè)下調(diào)基因。WGCNA分析差異基因得出11個(gè)模塊,分別與患者臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)"black"模塊與患者的生命狀態(tài)呈正相關(guān)。將"black"模塊中的基因進(jìn)行蛋白質(zhì)互作分析得到CXCL10基因節(jié)點(diǎn)度最高,經(jīng)生存分析得出CXCL10基因與總生存率存在相關(guān)性,P<0.01。結(jié)論 CXCL10基因可能在胃癌的早期診斷和臨床治療中有重要的意義。 

【文章來(lái)源】：中華腫瘤防治雜志. 2020,27(13)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 數(shù)據(jù)獲取與處理
    1.2 差異表達(dá)基因的篩選
    1.3 胃癌組織基因加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析及關(guān)聯(lián)表型數(shù)據(jù)
    1.4 關(guān)鍵基因的確定
    1.5 GO功能注釋和KEGG通路分析
    1.6 關(guān)鍵基因的生存分析和驗(yàn)證
    1.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法
2 結(jié)果
    2.1 差異表達(dá)基因
    2.2 WGCNA分析結(jié)果
    2.3 關(guān)聯(lián)臨床表型數(shù)據(jù)
    2.4 PPI網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建結(jié)果
    2.5 關(guān)鍵基因的GO功能富集和KEGG通路分析
    2.6 關(guān)鍵基因生存分析和GEPIA驗(yàn)證關(guān)鍵基因表達(dá)情況
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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