【目的】克隆木薯SCARECROW-LIKE（MeSCL）基因,對其進行生物信息學分析,并檢測其在非生物脅迫下的表達情況,為深入研究木薯MeSCL基因響應非生物脅迫的調控機制提供理論參考。【方法】以木薯品種D346為材料,采用RT-PCR克隆MeSCL基因編碼區(qū)（CDS）序列,并利用生物信息學分析軟件進行序列特征分析,采用實時熒光定量PCR檢測其在干旱、鹽、氧化和低溫脅迫下木薯葉片中的表達情況�！窘Y果】克隆獲得的MeSCL基因編碼區(qū)（CDS）序列全長1655 bp,與參考序列（GenBank登錄號LOC110627921）僅存在2個堿基的差異,開放閱讀框（ORF）的長度為1560 bp,編碼519個氨基酸,編碼蛋白分子量為57.84 kD,等電點（pI）為6.08,脂肪系數為80.46%,總平均親水性指數為-0.195,為親水性蛋白,含有1個信號肽、6個從內部到外部的跨膜螺旋區(qū)和5個從外部到內部的跨膜螺旋區(qū),定位于細胞核和內質網中,屬于GRAS蛋白家族成員,具有該家族的保守結構域。MeSCL蛋白三級結構模型顯示,該蛋白含有14個典型的α螺旋、10個β-折疊和36個β-轉角。MeSCL蛋... 

【文章來源】：南方農業(yè)學報. 2020,51(08)北大核心CSCD

【文章頁數】：8 頁

【部分圖文】：

Me SCL基因與參考序列比對結果

MeSCL基因ORF的長度為1560 bp，編碼519個氨基酸，編碼蛋白分子量為57.84 kD。MeSCL蛋白質等電點（pI）為6.08，脂肪系數為80.46%，總平均親水性指數為-0.195，屬親水性蛋白，含有1個信號肽、6個從內部到外部的跨膜螺旋區(qū)和5個從外部到內部的跨膜螺旋區(qū)，定位于細胞核和內質網中。MeSCL蛋白的保守結構域預測結果表明，該蛋白屬于GRAS家族成員，具有該家族的保守結構域（圖3）。利用SWISS-MODEL對MeSCL蛋白進行同源建模，以獲得其三級結構模型（圖4），利用RasMol對該模型進行分析，結果顯示該蛋白具有14個典型的α螺旋、10個β-折疊和36個β轉角。利用NCBI在線工具BLASTp將MeSCL蛋白的氨基酸序列進行同源比對，結果發(fā)現其與橡樹（Hevea brasiliensis)Hb SCL蛋白（XP＿021662072.1）的相似性最高，為90.80%，與蓖麻（Ricinus communis)RcSCR(XP＿002529844.1）、胡楊（Populus euphratica)PeSCL(XP＿011004025.1）、毛果楊（P.trichocarpa)PtSCR(XP＿002302035.3）、可可樹（Theobroma cacao)TcSCR(XP＿007050241.2）和哥倫比亞錦葵（Herrania umbratica)HuSCL(XP＿021281121.1）蛋白的相似性均在80.00%左右（圖5）�？梢�，SCL基因在物種進化和分化過程中未發(fā)生明顯變異。圖2 Me SCL基因與參考序列比對結果

Me SCL蛋白保守結構域分析結果

【參考文獻】：
期刊論文
[1]植物GRAS蛋白研究的新進展[J]. 張文霞,刁志娟,吳為人.  分子植物育種. 2016(05)
[2]玉米ZmSCL7的克隆及功能研究[J]. 郭鵬,邢新,金華,董燕.  中國農業(yè)科學. 2013(12)
[3]新疆鹽穗木GRAS轉錄因子基因克隆及表達分析[J]. 周蓮潔,楊中敏,張富春,王艷.  西北植物學報. 2013(06)

博士論文
[1]干旱與低溫脅迫下木薯基因表達譜分析及鑒定[D]. 周芳.海南大學 2013

碩士論文
[1]木薯氣孔調節(jié)相關基因的表達分析及其與耐旱性的關系[D]. 王雪.海南大學 2017
[2]擬南芥轉錄因子GRAS家族SCL15基因對干旱脅迫的響應分析[D]. 郭華軍.西北農林科技大學 2009



本文編號：3405941