木薯SCARECROW-LIKE（SCL）基因克
發(fā)布時(shí)間：2021-09-23 15:16
【目的】克隆木薯SCARECROW-LIKE（MeSCL）基因,對(duì)其進(jìn)行生物信息學(xué)分析,并檢測(cè)其在非生物脅迫下的表達(dá)情況,為深入研究木薯MeSCL基因響應(yīng)非生物脅迫的調(diào)控機(jī)制提供理論參考�！痉椒ā恳阅臼砥贩ND346為材料,采用RT-PCR克隆MeSCL基因編碼區(qū)（CDS）序列,并利用生物信息學(xué)分析軟件進(jìn)行序列特征分析,采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR檢測(cè)其在干旱、鹽、氧化和低溫脅迫下木薯葉片中的表達(dá)情況。【結(jié)果】克隆獲得的MeSCL基因編碼區(qū)（CDS）序列全長(zhǎng)1655 bp,與參考序列（GenBank登錄號(hào)LOC110627921）僅存在2個(gè)堿基的差異,開放閱讀框（ORF）的長(zhǎng)度為1560 bp,編碼519個(gè)氨基酸,編碼蛋白分子量為57.84 kD,等電點(diǎn)（pI）為6.08,脂肪系數(shù)為80.46%,總平均親水性指數(shù)為-0.195,為親水性蛋白,含有1個(gè)信號(hào)肽、6個(gè)從內(nèi)部到外部的跨膜螺旋區(qū)和5個(gè)從外部到內(nèi)部的跨膜螺旋區(qū),定位于細(xì)胞核和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中,屬于GRAS蛋白家族成員,具有該家族的保守結(jié)構(gòu)域。MeSCL蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)模型顯示,該蛋白含有14個(gè)典型的α螺旋、10個(gè)β-折疊和36個(gè)β-轉(zhuǎn)角。MeSCL蛋...
【文章來(lái)源】：南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,51(08)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)
【部分圖文】：
Me SCL基因與參考序列比對(duì)結(jié)果
MeSCL基因ORF的長(zhǎng)度為1560 bp，編碼519個(gè)氨基酸，編碼蛋白分子量為57.84 kD。MeSCL蛋白質(zhì)等電點(diǎn)（pI）為6.08，脂肪系數(shù)為80.46%，總平均親水性指數(shù)為-0.195，屬親水性蛋白，含有1個(gè)信號(hào)肽、6個(gè)從內(nèi)部到外部的跨膜螺旋區(qū)和5個(gè)從外部到內(nèi)部的跨膜螺旋區(qū)，定位于細(xì)胞核和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中。MeSCL蛋白的保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)結(jié)果表明，該蛋白屬于GRAS家族成員，具有該家族的保守結(jié)構(gòu)域（圖3）。利用SWISS-MODEL對(duì)MeSCL蛋白進(jìn)行同源建模，以獲得其三級(jí)結(jié)構(gòu)模型（圖4），利用RasMol對(duì)該模型進(jìn)行分析，結(jié)果顯示該蛋白具有14個(gè)典型的α螺旋、10個(gè)β-折疊和36個(gè)β轉(zhuǎn)角。利用NCBI在線工具BLASTp將MeSCL蛋白的氨基酸序列進(jìn)行同源比對(duì)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其與橡樹（Hevea brasiliensis)Hb SCL蛋白（XP＿021662072.1）的相似性最高，為90.80%，與蓖麻（Ricinus communis)RcSCR(XP＿002529844.1）、胡楊（Populus euphratica)PeSCL(XP＿011004025.1）、毛果楊（P.trichocarpa)PtSCR(XP＿002302035.3）、可可樹（Theobroma cacao)TcSCR(XP＿007050241.2）和哥倫比亞錦葵（Herrania umbratica)HuSCL(XP＿021281121.1）蛋白的相似性均在80.00%左右（圖5）。可見，SCL基因在物種進(jìn)化和分化過(guò)程中未發(fā)生明顯變異。圖2 Me SCL基因與參考序列比對(duì)結(jié)果
Me SCL蛋白保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物GRAS蛋白研究的新進(jìn)展[J]. 張文霞,刁志娟,吳為人. 分子植物育種. 2016(05)
[2]玉米ZmSCL7的克隆及功能研究[J]. 郭鵬,邢新,金華,董燕. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(12)
[3]新疆鹽穗木GRAS轉(zhuǎn)錄因子基因克隆及表達(dá)分析[J]. 周蓮潔,楊中敏,張富春,王艷. 西北植物學(xué)報(bào). 2013(06)
博士論文
[1]干旱與低溫脅迫下木薯基因表達(dá)譜分析及鑒定[D]. 周芳.海南大學(xué) 2013
碩士論文
[1]木薯氣孔調(diào)節(jié)相關(guān)基因的表達(dá)分析及其與耐旱性的關(guān)系[D]. 王雪.海南大學(xué) 2017
[2]擬南芥轉(zhuǎn)錄因子GRAS家族SCL15基因?qū)Ω珊得{迫的響應(yīng)分析[D]. 郭華軍.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2009
本文編號(hào)：3405941
【文章來(lái)源】：南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,51(08)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】：8 頁(yè)
【部分圖文】：
Me SCL基因與參考序列比對(duì)結(jié)果
MeSCL基因ORF的長(zhǎng)度為1560 bp，編碼519個(gè)氨基酸，編碼蛋白分子量為57.84 kD。MeSCL蛋白質(zhì)等電點(diǎn)（pI）為6.08，脂肪系數(shù)為80.46%，總平均親水性指數(shù)為-0.195，屬親水性蛋白，含有1個(gè)信號(hào)肽、6個(gè)從內(nèi)部到外部的跨膜螺旋區(qū)和5個(gè)從外部到內(nèi)部的跨膜螺旋區(qū)，定位于細(xì)胞核和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中。MeSCL蛋白的保守結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)結(jié)果表明，該蛋白屬于GRAS家族成員，具有該家族的保守結(jié)構(gòu)域（圖3）。利用SWISS-MODEL對(duì)MeSCL蛋白進(jìn)行同源建模，以獲得其三級(jí)結(jié)構(gòu)模型（圖4），利用RasMol對(duì)該模型進(jìn)行分析，結(jié)果顯示該蛋白具有14個(gè)典型的α螺旋、10個(gè)β-折疊和36個(gè)β轉(zhuǎn)角。利用NCBI在線工具BLASTp將MeSCL蛋白的氨基酸序列進(jìn)行同源比對(duì)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其與橡樹（Hevea brasiliensis)Hb SCL蛋白（XP＿021662072.1）的相似性最高，為90.80%，與蓖麻（Ricinus communis)RcSCR(XP＿002529844.1）、胡楊（Populus euphratica)PeSCL(XP＿011004025.1）、毛果楊（P.trichocarpa)PtSCR(XP＿002302035.3）、可可樹（Theobroma cacao)TcSCR(XP＿007050241.2）和哥倫比亞錦葵（Herrania umbratica)HuSCL(XP＿021281121.1）蛋白的相似性均在80.00%左右（圖5）。可見，SCL基因在物種進(jìn)化和分化過(guò)程中未發(fā)生明顯變異。圖2 Me SCL基因與參考序列比對(duì)結(jié)果
Me SCL蛋白保守結(jié)構(gòu)域分析結(jié)果
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物GRAS蛋白研究的新進(jìn)展[J]. 張文霞,刁志娟,吳為人. 分子植物育種. 2016(05)
[2]玉米ZmSCL7的克隆及功能研究[J]. 郭鵬,邢新,金華,董燕. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(12)
[3]新疆鹽穗木GRAS轉(zhuǎn)錄因子基因克隆及表達(dá)分析[J]. 周蓮潔,楊中敏,張富春,王艷. 西北植物學(xué)報(bào). 2013(06)
博士論文
[1]干旱與低溫脅迫下木薯基因表達(dá)譜分析及鑒定[D]. 周芳.海南大學(xué) 2013
碩士論文
[1]木薯氣孔調(diào)節(jié)相關(guān)基因的表達(dá)分析及其與耐旱性的關(guān)系[D]. 王雪.海南大學(xué) 2017
[2]擬南芥轉(zhuǎn)錄因子GRAS家族SCL15基因?qū)Ω珊得{迫的響應(yīng)分析[D]. 郭華軍.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2009
本文編號(hào)：3405941
本文鏈接：http://sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3405941.html
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