莫荷羅非魚“廣福1號”為莫桑比克羅非魚與荷那龍羅非魚的雜交種,與親本相比,在鹽堿脅迫調(diào)控方面具有明顯的雜種優(yōu)勢。本研究在轉錄組測序的基礎上分析了莫荷羅非魚鰓組織中miRNA與mRNA表達譜,并從中篩選出顯著差異表達的miRNA-mRNA對,分析其在堿脅迫下莫荷羅非魚及雜交親本中的表達特征,初步了解所篩選出的差異表達的miRNA-mRNA對在堿脅迫下的調(diào)控功能。本研究結果為羅非魚堿脅迫下的miRNA及mRNA的表達調(diào)控機制以及羅非魚耐鹽堿分子遺傳機理的研究提供了重要的研究資料。1.堿脅迫下莫荷羅非魚miRNA文庫構建及生物信息學分析以莫荷羅非魚為研究對象,取堿脅迫（濃度為4 g/L）24 h的莫荷羅非魚鰓組織（堿度0%為對照組）進行miRNA轉錄組測序,實驗設三個重復（A4、A5、A6）,每個重復為6尾魚。構建堿脅迫下莫荷羅非魚鰓組織miRNA表達譜文庫,并利用生物信息學的手段分析測序結果。結果顯示:在A4、A5、A6中分別發(fā)現(xiàn)180、185、186個已知miRNA,790、392、515個新miRNA;與對照組相比,在堿處理組中共篩選出41個顯著上調(diào)的miRNA,42個顯著下調(diào)的miR... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數(shù)】：106 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

miRNA序列長度分布

圖 1-2 各樣本中非編碼 RNA 分布及注釋(a-A4, b-A5, c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)Fig.1-2 The distribution and annotation statistics of non-coding RNAin each samples. (a-A4, b-A5,c-A6, d-C1, e-C5, f-C6)2.3 已知 miRNA 的注釋及新 miRNA 的預測通過 miRDeep2 對所獲得的序列與參考基因組進行比對分析發(fā)現(xiàn)，在堿脅迫處理組(堿度：4 g/L) A4、A5、A6 中分別發(fā)現(xiàn)了 180、185、186 個已知 miRNA，789、391、515 個新 miRNA。在對照組(堿度：0%) C1、C5、C6 中分別發(fā)現(xiàn)了 186、182、180 個已知 miRNA，379、326、350 個新 miRNA(表 1-7)。對注釋到的已知 miRNA進行分析發(fā)現(xiàn)，miRNA-21、miRNA-143、miRNA-203a-3p、miRNA-203-5p、miRNA-22a-5p、miRNA-181a-5p 等已知 miRNA 均大量存在(圖 1-3)。miRNA 家族分析結果發(fā)現(xiàn)已知 miRNA 共注釋到包括 let-7、miR-1、miR-133、miR-100、miR-9、miR-21、miR-133 在內(nèi)的共 109 個家族。

上海海洋大學碩士學位論文表 1-7 各樣本已知 miRNA 與新 miRNA 數(shù)量統(tǒng)計Tab.1-7 The number of known miRNAs and novel miRNAs in each samples樣品Sample已知 miRNA 數(shù)量Number of knownmiRNA新 miRNA 數(shù)量Number of novelmiRNAA4 180 789A5 185 391A6 186 515C1 186 379C5 182 326C6 180 350

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]miR-200家族在魚類精巢和胚胎發(fā)育中的表達和功能研究[D]. 靖靜.華中農(nóng)業(yè)大學 2016
[2]miR-138、miR-30家族新靶標的確證及生物學功能研究[D]. 蘇雪婷.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2013

碩士論文
[1]羅非魚耐鹽堿相關基因AQP1、mTOR克隆和表達特征分析[D]. 李茜茜.上海海洋大學 2016
[2]青鳉性腺及腦miRNA鑒定[D]. 朱葉飛.上海海洋大學 2016
[3]尼羅羅非魚耐鹽堿選育二代耐受性、生長性能及堿脅迫下氨代謝基因表達變化[D]. 吳俊偉.上海海洋大學 2016



本文編號：3394296