基于SNP芯片的自噬相關信號通路與關鍵基因篩選及其SNPs與胃癌的相關性研究
發(fā)布時間：2021-09-04 09:49
【目的】本研究基于Affymeytrix Axiom芯片,結(jié)合生物信息學方法構(gòu)建自噬相關通路調(diào)控基因相互作用網(wǎng)絡,旨在篩選胃癌中自噬關鍵基因與信號轉(zhuǎn)導通路。進而比較和分析胃癌病例組和對照組的自噬通路相關易感基因及遺傳標記,研究其與胃癌發(fā)病風險的關系;通過構(gòu)建基因與基因（環(huán)境）的最佳交互作用模型,探討其對胃癌發(fā)病風險的影響,為胃癌的預防及臨床研究提供依據(jù),并為深入探討胃癌的發(fā)病機制提供參考�！痉椒ā�1.利用Affymetrix生產(chǎn)的920K Axiom Precision Medicine Research Array對來自福建仙游的96例男性胃腺癌患者和96例健康對照的外周血白細胞中的總DNA進行單核苷酸多態(tài)性基因型檢測。通過SPSS20.0軟件對芯片結(jié)果進行卡方趨勢檢驗分析,結(jié)合生物信息學（KEGG PATHWAY網(wǎng)站、Gene Ontology數(shù)據(jù)庫、STRING網(wǎng)站等）篩選胃癌中自噬關鍵基因與信號轉(zhuǎn)導通路。2.進一步篩選上述自噬體形成相關通路上的基因及其SNPs,并增加病例組與對照組的樣本量各622例,采用Sequenom Mass ARRAY技術平臺,檢測各11個基因（AKT1...
【文章來源】：福建醫(yī)科大學福建省
【文章頁數(shù)】：111 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
DNA的電泳結(jié)果
樣本質(zhì)量控制流程圖
行芯片檢測的樣本數(shù)量），剔除 call rate<95%的樣本；4）利用哈迪-溫伯格檢驗判斷 SNP 位點的 HWE（Hardy-Weinberg equilibrium,哈迪-溫伯格平衡）情況，剔除 HWE 檢驗 P 值<0.05 的 SNP。5）前期研究采用基質(zhì)輔助激光解吸附電離飛行時間質(zhì)譜(National Institute ofenvoronmental Health Sciences，MALDI-TOF)分析技術檢測的 SNPs 與芯片取交集得到共同位點，檢測并比較其分型結(jié)果的一致性，以驗證芯片檢測結(jié)果的可靠性。1.5 芯片數(shù)據(jù)分析方法1.5.1 自噬通路基因多態(tài)性位點選擇1.5.1.1 利用生物信息數(shù)據(jù)篩選自噬相關基因（1）KEGG PATHWAY 網(wǎng)站搜索在人類體內(nèi)的自噬通路圖（AutophagyAni-mal(Homo sapiens)）并匯總該通路上主要節(jié)點的自噬相關基因（144 個基因），該通路基本涵蓋了與自噬相關的基因。如圖 1.2 所示：
【參考文獻】：
期刊論文
[1]AMPK調(diào)控能量代謝研究進展[J]. 陳標,滿玉蓉,高柳玲,潘慶. 生物學雜志. 2017(05)
[2]胃癌分子信號通路及其干預的研究進展[J]. 胡倩,易屏. 世界華人消化雜志. 2017(07)
[3]AMPK-mTOR-ULK1/2信號通路與自噬[J]. 李肅,孫海明,孫冬琳,金焰. 國際遺傳學雜志. 2017 (01)
[4]2013年中國惡性腫瘤發(fā)病和死亡分析[J]. 陳萬青,鄭榮壽,張思維,曾紅梅,鄒小農(nóng),赫捷. 中國腫瘤. 2017(01)
[5]Beclin1-Vps34在自噬發(fā)生發(fā)展中的作用[J]. 阮雯靜,萬福生. 中國細胞生物學學報. 2016(11)
[6]PI3K/AKT/mTOR信號傳導通路在胃癌中的研究進展[J]. 潘理會,張平,李春輝. 承德醫(yī)學院學報. 2016(04)
[7]自噬及其在腫瘤發(fā)生發(fā)展中作用的研究進展[J]. 魏艷杰,田煒. 中國醫(yī)學創(chuàng)新. 2016(23)
[8]自噬的表觀遺傳修飾在腫瘤發(fā)生發(fā)展中的作用[J]. 謝金芳,張澤兵. 現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學. 2016(13)
[9]自噬在胃癌中的研究進展[J]. 林康,王書奎. 臨床檢驗雜志. 2016(04)
[10]PI3K-AKT-mTOR信號通路基因多態(tài)性與胃癌遺傳易感相關性[J]. 林賢東,胡丹,陳剛,師怡,張和軍,金善豐,李鑫靜,鄭雄偉. 臨床與實驗病理學雜志. 2016(04)
碩士論文
[1]環(huán)境因素、COPS2、CTSF、NT5E、TERF1 miRNA相關基因單核苷酸多態(tài)性與胃癌的關聯(lián)研究[D]. 江美花.福建醫(yī)科大學 2017
[2]PI3K/AKT/mTOR信號通路基因多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關聯(lián)性研究[D]. 邱小楠.南京醫(yī)科大學 2016
[3]內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激通過AKT-TSC-mTOR信號通路調(diào)控自噬[D]. 秦亮.中國協(xié)和醫(yī)科大學 2010
[4]環(huán)境與遺傳因素在胃癌發(fā)生中的交互作用研究[D]. 楊玉鳳.東南大學 2006
本文編號：3383043
【文章來源】：福建醫(yī)科大學福建省
【文章頁數(shù)】：111 頁
【學位級別】：碩士
【部分圖文】：
DNA的電泳結(jié)果
樣本質(zhì)量控制流程圖
行芯片檢測的樣本數(shù)量），剔除 call rate<95%的樣本；4）利用哈迪-溫伯格檢驗判斷 SNP 位點的 HWE（Hardy-Weinberg equilibrium,哈迪-溫伯格平衡）情況，剔除 HWE 檢驗 P 值<0.05 的 SNP。5）前期研究采用基質(zhì)輔助激光解吸附電離飛行時間質(zhì)譜(National Institute ofenvoronmental Health Sciences，MALDI-TOF)分析技術檢測的 SNPs 與芯片取交集得到共同位點，檢測并比較其分型結(jié)果的一致性，以驗證芯片檢測結(jié)果的可靠性。1.5 芯片數(shù)據(jù)分析方法1.5.1 自噬通路基因多態(tài)性位點選擇1.5.1.1 利用生物信息數(shù)據(jù)篩選自噬相關基因（1）KEGG PATHWAY 網(wǎng)站搜索在人類體內(nèi)的自噬通路圖（AutophagyAni-mal(Homo sapiens)）并匯總該通路上主要節(jié)點的自噬相關基因（144 個基因），該通路基本涵蓋了與自噬相關的基因。如圖 1.2 所示：
【參考文獻】：
期刊論文
[1]AMPK調(diào)控能量代謝研究進展[J]. 陳標,滿玉蓉,高柳玲,潘慶. 生物學雜志. 2017(05)
[2]胃癌分子信號通路及其干預的研究進展[J]. 胡倩,易屏. 世界華人消化雜志. 2017(07)
[3]AMPK-mTOR-ULK1/2信號通路與自噬[J]. 李肅,孫海明,孫冬琳,金焰. 國際遺傳學雜志. 2017 (01)
[4]2013年中國惡性腫瘤發(fā)病和死亡分析[J]. 陳萬青,鄭榮壽,張思維,曾紅梅,鄒小農(nóng),赫捷. 中國腫瘤. 2017(01)
[5]Beclin1-Vps34在自噬發(fā)生發(fā)展中的作用[J]. 阮雯靜,萬福生. 中國細胞生物學學報. 2016(11)
[6]PI3K/AKT/mTOR信號傳導通路在胃癌中的研究進展[J]. 潘理會,張平,李春輝. 承德醫(yī)學院學報. 2016(04)
[7]自噬及其在腫瘤發(fā)生發(fā)展中作用的研究進展[J]. 魏艷杰,田煒. 中國醫(yī)學創(chuàng)新. 2016(23)
[8]自噬的表觀遺傳修飾在腫瘤發(fā)生發(fā)展中的作用[J]. 謝金芳,張澤兵. 現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學. 2016(13)
[9]自噬在胃癌中的研究進展[J]. 林康,王書奎. 臨床檢驗雜志. 2016(04)
[10]PI3K-AKT-mTOR信號通路基因多態(tài)性與胃癌遺傳易感相關性[J]. 林賢東,胡丹,陳剛,師怡,張和軍,金善豐,李鑫靜,鄭雄偉. 臨床與實驗病理學雜志. 2016(04)
碩士論文
[1]環(huán)境因素、COPS2、CTSF、NT5E、TERF1 miRNA相關基因單核苷酸多態(tài)性與胃癌的關聯(lián)研究[D]. 江美花.福建醫(yī)科大學 2017
[2]PI3K/AKT/mTOR信號通路基因多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關聯(lián)性研究[D]. 邱小楠.南京醫(yī)科大學 2016
[3]內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應激通過AKT-TSC-mTOR信號通路調(diào)控自噬[D]. 秦亮.中國協(xié)和醫(yī)科大學 2010
[4]環(huán)境與遺傳因素在胃癌發(fā)生中的交互作用研究[D]. 楊玉鳳.東南大學 2006
本文編號：3383043
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