為了篩選低溫脅迫下擬南芥關(guān)鍵差異基因,通過檢索GEO數(shù)據(jù)庫中關(guān)于擬南芥耐低溫性的相關(guān)芯片,利用GEO2R進行差異基因的篩選,在DAVID數(shù)據(jù)庫中對差異表達基因進行GO功能分析和KEGG通路富集分析,利用STRING數(shù)據(jù)庫構(gòu)建差異基因蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系（PPI）網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果表明:確定芯片GSE3326中的GSM74894、GSM74895、GSM74900和GSM74901等4個樣本為研究對象,共篩選出970個差異基因,其中486個上調(diào)基因,484個下調(diào)基因;通過DAVID在線功能富集分析,共得到生物過程31個條目、細胞組成11個條目、分子功能31個條目和KEGG富集通路共7個條目;發(fā)現(xiàn)COR15B、COR47、RHL41、CBF2、LTI30、DREB2A、AT4G36010、AT1G16850、AT1G51090、Gol S3等10各關(guān)鍵差異基因。 

【文章來源】：高原農(nóng)業(yè). 2020,4(06)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

差異基因的火山圖

細胞組分

對篩選出的10個關(guān)鍵差異基因進行層次聚類分析。結(jié)果顯示：低溫脅迫處理組與對照組呈現(xiàn)出比較明顯的相關(guān)基因聚類表達，10個關(guān)鍵差異基因表達水平在低溫脅迫處理的樣本中均上調(diào)，具體見圖8。圖3 細胞組分

【參考文獻】：
期刊論文
[1]北方旱地紅小豆DREB2A基因克隆及表達分析[J]. 陳紅,化燁,王正旭,王百姓,馬生發(fā),蓋瓊輝.  分子植物育種. 2020(12)
[2]基于GEO數(shù)據(jù)庫芯片的致心律失常性右室心肌病關(guān)鍵基因篩選與生物信息學分析[J]. 梁士楚,王翠,常齡予,張士涵,趙韌,沈兵.  臨床心血管病雜志. 2020(06)
[3]亞低溫與干旱脅迫對番茄植株水分傳輸和形態(tài)解剖結(jié)構(gòu)的影響[J]. 肖懷娟,李娟起,王吉慶,杜清潔.  應(yīng)用生態(tài)學報. 2020(08)
[4]植物響應(yīng)低溫脅迫組學研究進展[J]. 楊慧菊,蘭玉倩,王石華.  山東農(nóng)業(yè)科學. 2020(05)
[5]利用WGCNA對受白粉菌侵染后的擬南芥轉(zhuǎn)錄組差異基因分析[J]. 尚鴻運,高志勇.  分子植物育種. 2020(20)
[6]控水處理對紫花苜�？购杂绊懙拇x組學分析[J]. 徐洪雨,李向林.  草業(yè)學報. 2020(01)
[7]擬南芥轉(zhuǎn)錄因子MYB73與TPRs蛋白的互作研究[J]. 范宇航,趙盼盼,白華,龐茜,張康,曹宏哲,邢繼紅,董金皋.  河北農(nóng)業(yè)大學學報. 2019(06)
[8]沙冬青AmNAC3轉(zhuǎn)錄因子基因在抗旱性和抗寒性中的功能鑒定[J]. 任美艷,唐寬剛,薛敏,郭慧琴,王茅雁.  中國生物工程雜志. 2019(08)
[9]水曲柳（Fraxinus mandshurica）COR413基因的克隆及表達模式分析[J]. 王鵬洋,韓子昂,翟玉歡,趙曉航,曹羊,詹亞光.  分子植物育種. 2019(24)
[10]擬南芥肌醇半乳糖苷合成酶與棉子糖合成酶的體外催化活性比較[J]. 鄭小芬,李曉霞,黃金蘭,余方回,劉妙玲,范芳,黃迎娣,張玲,周英彪.  生物技術(shù). 2019(01)

博士論文
[1]甘藍型油菜抗寒資源篩選及抗寒性機理研究[D]. 閆蕾.華中農(nóng)業(yè)大學 2019
[2]擬南芥響應(yīng)低溫的分子遺傳學機制分析[D]. 王帥.吉林大學 2016

碩士論文
[1]基于芯片數(shù)據(jù)的水稻非生物逆境相關(guān)基因篩選及其啟動子分析[D]. 李嘉平.湖南農(nóng)業(yè)大學 2012



本文編號：3366183