發(fā)布時(shí)間：2021-08-15 09:30

　　水稻粒形是重要的產(chǎn)量性狀和品質(zhì)性狀,其評(píng)價(jià)指標(biāo)主要包括粒長(zhǎng)、粒寬、粒重和長(zhǎng)寬比等。利用全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wide association study,GWAS）的方法,挖掘水稻粒形性狀優(yōu)異基因資源并進(jìn)行功能研究,有助于更好的了解調(diào)控水稻粒形的分子機(jī)制,進(jìn)一步改良、利用優(yōu)異水稻品種資源。本研究選擇161份水稻秈稻品種構(gòu)成的自然群體為試驗(yàn)材料。材料的粒長(zhǎng)、粒寬、粒重及長(zhǎng)寬比四個(gè)粒形性狀表型統(tǒng)計(jì)及相關(guān)性分析顯示,該群體存在豐富的遺傳變異,粒形性狀是受多基因控制的典型的數(shù)量性狀,能夠采用GWAS方法對(duì)該水稻自然群體進(jìn)行基因定位分析。結(jié)合測(cè)序結(jié)果在全基因組范圍內(nèi)共篩選了16352個(gè)高質(zhì)量SNP位點(diǎn),所有SNP位點(diǎn)在水稻12條染色體上的分布數(shù)量不同。多態(tài)性信息含量值（Polymorphic information content,PIC）表明篩選的SNP標(biāo)記多態(tài)性較為豐富,能夠進(jìn)行覆蓋水稻全基因組的GWAS分析。對(duì)161份材料的SNP數(shù)據(jù)計(jì)算得到遺傳距離并進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系分析,按照遺傳距離遠(yuǎn)近可以將161份材料分為A、B兩大類,B類材料可劃分成I、II亞類;親緣關(guān)系值及親緣關(guān)系... 

【文章來源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

水稻主要粒形基因的調(diào)控解析(Li，2016)

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第一章緒論7與預(yù)期頻率之間的差異。假設(shè)兩個(gè)基因座上有兩對(duì)連鎖的等位基因A、a、B、b，以G(x)代表單倍型基因頻率，則各個(gè)單倍型頻率可認(rèn)為是G(AB)、G(Ab)、G(aB)和G(ab)。假設(shè)G(AB)=G(A)(B)，一般用D值來衡量?jī)晌稽c(diǎn)之間是否存在連鎖平衡，D=G(AB)-G(A)f(B)。D=0時(shí)表示連鎖平衡，D>0表示連鎖不平衡，D=1表示完全連鎖不平衡(DEVLINetal.，1995；WANGetal.，2005)。實(shí)際中，LD衡量的指標(biāo)有很多，其中D’和r2最常用，一般以D’和r2(兩者取值范圍均為0~1)表示未點(diǎn)間的連鎖不平衡程度，D’是D與D最大(D>0)或最小(D<0)可能值的比值，r2為D2與各等位基因頻率乘積的比值。D’和r2算法不同，表達(dá)的意義也不同。D’=1時(shí)連鎖平衡；D’≠1時(shí)連鎖不平衡，而r2=1完全連鎖不平衡(GAUTetal.，2003；KEetal.，2004)。1.3.3全基因組關(guān)聯(lián)分析的研究策略GWAS的基本策略如圖1-2圖1-2全基因組關(guān)聯(lián)分析的研究策略(侯青青，2016)Fig.1-2TheresearchstratedyofGWAS1.3.4種質(zhì)材料的選擇用于全基因組關(guān)聯(lián)分析的種質(zhì)資源材料往往具有豐富的遺傳變異，可以同時(shí)對(duì)多個(gè)性狀進(jìn)行分析；同時(shí)材料群體結(jié)構(gòu)復(fù)雜，稀有變異多，遺傳信息丟失明顯。豐富的遺傳變異以及高密度的

中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文第三章結(jié)果與分析20第三章結(jié)果與分析3.1四個(gè)粒形性狀表型統(tǒng)計(jì)分析本研究以來源于中國(guó)11個(gè)省份161份水稻秈稻品種構(gòu)成的自然群體為試驗(yàn)材料。對(duì)該自然群體的四個(gè)粒形性狀表型統(tǒng)計(jì)分析結(jié)果顯示（表3-1），粒長(zhǎng)、粒寬、粒重、籽粒長(zhǎng)寬比的平均值分別為8.37mm、2.97mm、26.05g和2.87；變異系數(shù)(CoefficientofVariation，CV)介于9.09%~20.20%之間，粒重的變異系數(shù)值最大，粒寬的變異系數(shù)值最小，該自然群體的四個(gè)粒形性狀有豐富的遺傳變異。四個(gè)粒形相關(guān)性狀的頻次分布呈現(xiàn)出顯著的正態(tài)分布特征（圖3-1），相關(guān)性結(jié)果（圖3-2）表明粒長(zhǎng)與粒寬之間表現(xiàn)為弱負(fù)相關(guān)，與長(zhǎng)寬比、粒重之間表現(xiàn)為正相關(guān)；粒寬與粒重之間表現(xiàn)為正相關(guān)，與長(zhǎng)寬比之間表現(xiàn)為高度負(fù)相關(guān)。分析結(jié)果表明水稻粒形性狀是典型的數(shù)量性狀，受多基因控制，能夠采用GWAS方法對(duì)該水稻自然群體進(jìn)行基因定位分析。表3-1四個(gè)粒形相關(guān)性狀表型統(tǒng)計(jì)分析Table3-1Statisticalanalysisofphenotypesoffourgrainshape-relatedtraits性狀均值標(biāo)準(zhǔn)差最大值最小值變異系數(shù)TraitMeanSDMaxMinCV/%粒長(zhǎng)GL(mm)8.370.8311.197.099.92粒寬GW(mm)2.970.273.562.279.09千粒重TGW(g)26.055.2639.3416.9320.20長(zhǎng)寬比GLW2.870.474.332.2016.38圖3-1粒形相關(guān)性狀的頻次分布Fig.3-1FrequencydistributionofgrainshaperelatedtraitsA：千粒重B：粒長(zhǎng)C:粒寬D:長(zhǎng)寬比A:grainweightB:grainlengthC:grainwidthD:grainaspectratio

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
[1]水稻7個(gè)粒型基因遺傳效應(yīng)的初步分析[D]. 梁彥麗.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3344289