借助于分子標(biāo)記進(jìn)行基因型檢測(cè)的技術(shù)在生物遺傳改良等領(lǐng)域發(fā)揮著重要的作用。國際跨國種業(yè)公司憑借其高通量、自動(dòng)化、大規(guī)模的共享檢測(cè)平臺(tái),基因型檢測(cè)技術(shù)得到廣泛應(yīng)用。隨著從3G時(shí)代的高成本固相芯片和隨機(jī)測(cè)序式基因型檢測(cè)（genotyping by sequencing,GBS）發(fā)展到成本低、對(duì)檢測(cè)平臺(tái)要求較低、基于靶向測(cè)序基因型檢測(cè)（genotyping by target sequencing,GBTS）的液相芯片,基因型檢測(cè)技術(shù)完成了向4G時(shí)代的轉(zhuǎn)變。在本文中首先介紹了兩項(xiàng)最新的GBTS技術(shù)（基于多重PCR的GenoPlexs和基于液相探針捕獲的GenoBaits）及其原理。同時(shí),發(fā)展了可以在單個(gè)擴(kuò)增子內(nèi)檢測(cè)多個(gè)SNP,稱之為多聚單核苷酸多態(tài)性（multiple single-nucleotide-polymorphism cluster,mSNP或multiple dispersed nucleotide polymorphism,MNP）的技術(shù),極大地提高了目標(biāo)位點(diǎn)（擴(kuò)增子）內(nèi)變異的檢測(cè)效率。與GBS和固相芯片相比,GBTS技術(shù)具有平臺(tái)廣適性、標(biāo)記靈活性、檢測(cè)高效性、信息可加性、支撐... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2020,53(15)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：22 頁

【部分圖文】：

基因型檢測(cè)平臺(tái)從1G到5G的變革

GenoPlexs的工作原理是依靠PCR對(duì)于靶向位點(diǎn)的定點(diǎn)擴(kuò)增。對(duì)多個(gè)待測(cè)SNP位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異擴(kuò)增引物，在第一輪PCR中抑制引物干擾和非特異擴(kuò)增，使數(shù)以千計(jì)的靶向引物能夠在一管PCR反應(yīng)中實(shí)現(xiàn)高度均一化的擴(kuò)增，從而大量富集目標(biāo)片段。隨后，在第二輪PCR中，加上測(cè)序接頭和文庫條形碼，最終獲得測(cè)序所需的文庫。最后通過大規(guī)模并行測(cè)序（massively parallel sequencing,MPS）揭示目標(biāo)位點(diǎn)的標(biāo)記基因型（圖3）。目前，該技術(shù)已可以實(shí)現(xiàn)單管高達(dá)2 000對(duì)以上特定引物的混合擴(kuò)增，如果考慮后面將要討論的多聚SNP技術(shù)，同時(shí)檢測(cè)的分子標(biāo)記數(shù)量可高達(dá)10K（張嘉楠等，私人通訊）。1.2 基于液相探針雜交的靶向基因型檢測(cè)（GBTS）技術(shù)：GenoBaits

對(duì)于食品安全造成巨大威脅的動(dòng)物疫病，例如非洲豬瘟等，目前為止還沒有切實(shí)有效的藥物或者疫苗用于防范，捕殺還是唯一切實(shí)可行的處理措施。為盡可能控制捕殺的規(guī)模和數(shù)量，降低經(jīng)濟(jì)損失，就需要在最短時(shí)間內(nèi)通過病原菌的分子標(biāo)記檢測(cè)，確認(rèn)疑似病例的“戶籍”信息。DNA指紋數(shù)據(jù)庫及在線溯源系統(tǒng)的建立可以為動(dòng)植物疫病防控部門提供全面而及時(shí)的疑似病例信息查詢服務(wù)。4 靶向測(cè)序基因型檢測(cè)（GBTS）標(biāo)記開發(fā)和應(yīng)用實(shí)例

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]中國水稻遺傳學(xué)研究進(jìn)展與分子設(shè)計(jì)育種[J]. 郭韜,余泓,邱杰,李家洋,韓斌,林鴻宣.  中國科學(xué):生命科學(xué). 2019(10)



本文編號(hào)：3341913