測序技術(shù)的飛速發(fā)展使得成本大大降低,采用高通量測序的方法,能夠深入研究微生物的基因特性,有助于深層次了解微生物本身的特性和預(yù)測相關(guān)功能,也可為一些工業(yè)菌株的改造提供數(shù)據(jù)和理論支持。不動桿菌是海洋中的優(yōu)勢菌,很多文獻(xiàn)報道了不動桿菌降解石油烴類化合物及適應(yīng)環(huán)境能力強(qiáng)的特點,是降解烴類化合物的優(yōu)勢菌株。為了深入分析不動桿菌屬的基因和降解特性,本研究將分離的Acinetobacter DSSKY-A-001（以下簡稱A.D-01）進(jìn)行全基因組測序,綜合分析了A.D-01的基因組信息,并根據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)報道,在A.D-01基因組中注釋到了降解烴類化合物的18種酶的關(guān)鍵基因,及參與編碼降解環(huán)境雌激素的26種酶的相關(guān)基因。據(jù)研究現(xiàn)狀,從基因角度分析不動桿菌降解雌激素的研究還未曾報道。因此,為了深入研究不動桿菌降解雌激素的相關(guān)情況,本研究利用轉(zhuǎn)錄組測序,分析對照組葡萄糖（G）和實驗組葡萄糖與雌二醇共存（G-E）條件下的基因表達(dá)差異情況,著重分析經(jīng)雌激素誘導(dǎo)的上調(diào)表達(dá)的基因,并將全基因組測序注釋到的參與雌激素降解的26種酶與轉(zhuǎn)錄組中上調(diào)幅度大的基因做RT-PCR,找出雌激素降解過程中的關(guān)鍵酶基因,為今后雌激... 

【文章來源】：東北師范大學(xué)吉林省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

A.D-01形態(tài)學(xué)鑒定A菌落形態(tài)；B電鏡掃描圖

圖 2-2 不動桿菌 A.D-01 的 16s rDNA 序列Figure 2-2 16s rDNA sequence of Acinetobacter A.D-01

圖 2-4 菌株 A.D-01 的 CDS 序列長度分布Figure 2-4 CDS sequence length distribution of strain A.D-012.2.3 不動桿菌基因組的比較根據(jù) NCBI 數(shù)據(jù)庫和相關(guān)文獻(xiàn)報道，統(tǒng)計部分已測序的基因組概況如表 2，我們發(fā)現(xiàn)不動桿菌屬的基因組整體相對較小，大部分集中在 3,000,000 ,000,000 bp 之間，GC 含量普遍集中在 38%到 42%之間，總基因數(shù)大部分 3000 到 4500 個左右，蛋白數(shù)目大部分集中在 3500 個左右。A.D-01 的基對略小，但是 GC 含量相對較高，表明菌株基因組比較穩(wěn)定，并且其含有激素的許多基因以及和降解石油烴類物質(zhì)的關(guān)鍵基因。比如表中tobacter sp. Tust-DM21 基因組很大，大小為 7,506,329 bp,是不動桿菌 A.D-組大小的兩倍，其被報道可以降解石油，但是其報道的在 Acinetobacter sDM21 石油降解關(guān)鍵基因大部分都在不動桿菌中 A.D-01 富集。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]微生物降解石油污染物機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 華濤,李勝男,邸志琿,周博,曾文爐,周啟星,李鳳祥.  生物技術(shù)通報. 2018(10)
[2]不動桿菌屬（Acinetobacter）細(xì)菌降解石油烴的研究進(jìn)展[J]. 劉玉華,王慧,胡曉珂.  微生物學(xué)通報. 2016(07)
[3]氯化鈣水型油藏內(nèi)源微生物激活劑研究[J]. 崔慶鋒,齊義彬,伊麗娜,張瑜,俞理.  科學(xué)技術(shù)與工程. 2015(04)
[4]生物表面活性劑產(chǎn)生菌株BYS6的分離篩選與鑒定[J]. 門欣,沈衛(wèi)榮,孫曉宇,韓麗萍,路鵬鵬,高怡文.  現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2011(15)
[5]松花江及哈爾濱市飲用水雌激素活性的調(diào)查與分析[J]. 邵曉玲,文剛,馬軍.  環(huán)境科學(xué). 2009(05)
[6]比較基因組學(xué)及其應(yīng)用[J]. 宋雪梅,李宏濱,杜立新.  生命的化學(xué). 2006(05)
[7]石油烴類的微生物降解[J]. 李習(xí)武,劉志培.  微生物學(xué)報. 2002(06)

碩士論文
[1]污水土地處理系統(tǒng)中雙酚A和雌激素的去除及微生物研究[D]. 沈劍.上海交通大學(xué) 2012
[2]污水生物處理過程中環(huán)境雌激素的行為歸趨及風(fēng)險評價[D]. 王宇.上海交通大學(xué) 2008



本文編號：3340593