目的對肝星狀細(xì)胞（HSC）差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選及功能分析,為肝纖維化發(fā)病機(jī)制相關(guān)的分子標(biāo)志物及藥物靶點(diǎn)提供理論基礎(chǔ)。方法從高通量基因表達(dá)（GEO）數(shù)據(jù)庫中選取GSE11954,利用GEO2R進(jìn)行生物信息學(xué)分析,篩選差異表達(dá)基因,并利用DAVID對差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體（GO）分析、京都基因與基因組百科全書（KEGG）通路分析;通過STRING數(shù)據(jù)庫和Cytos c a p e軟件構(gòu)建差異表達(dá)基因?qū)?yīng)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),利用MCC算法獲取具有高度連接性的關(guān)鍵基因。結(jié)果對HSC活化組與抑制組數(shù)據(jù)的差異表達(dá)基因進(jìn)行篩選,共獲得1 176個(gè)差異表達(dá)基因,包括上調(diào)基因616個(gè)、下調(diào)基因560個(gè)。差異表達(dá)基因主要涉及細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用,細(xì)胞周期、p53信號通路及黏著斑等信號通路,通過蛋白-蛋白相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)和Cytoscape軟件篩選出10個(gè)具有高度連接性的關(guān)鍵基因,包括有絲分裂檢查點(diǎn)絲氨酸/蘇氨酸激酶B（BUB1B）、細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶1（CDKl）、細(xì)胞周期蛋白A2（CCNA2）、有絲分裂阻滯缺陷2樣蛋白1（MAD2L1）、細(xì)胞周期蛋白B2（CCNB2）、有絲分裂檢查點(diǎn)絲... 

【文章來源】：浙江醫(yī)學(xué). 2020,42(12)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

前10個(gè)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的中心節(jié)點(diǎn)

綜上所述，本研究通過采用生物信息學(xué)方法篩選HSC活化組與抑制組差異表達(dá)基因，同時(shí)探索其分子生物學(xué)功能，結(jié)果發(fā)現(xiàn)HSC差異表達(dá)基因可能主要通過ECM受體相互作用通路、黏著斑信號通路、細(xì)胞周期通路、p53信號通路來調(diào)控肝纖維化的發(fā)生、發(fā)展，但仍需通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)和臨床研究作進(jìn)一步分子驗(yàn)證。


本文編號：3338649