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TBX1基因下游心臟發(fā)育相關(guān)差異表達基因篩選及功能研究

發(fā)布時間:2021-08-08 15:38
  研究背景和目的:先天性心臟病(congenital heart disease,CHD)是新生兒常見的重大出生缺陷,是導(dǎo)致圍產(chǎn)兒死亡和兒童死亡的主要原因。研究證實,CHD主要由于胚胎時期遺傳與環(huán)境因素共同作用引起,其中遺傳因素具有重要作用。心臟發(fā)育相關(guān)基因及信號通路與CHD關(guān)系的機制仍不明確。心臟發(fā)育過程為多基因共同調(diào)控的極復(fù)雜的生物學(xué)過程。研究表明轉(zhuǎn)錄因子可通過直接或間接調(diào)控靶基因的表達,而影響心肌細胞的遷移、增殖及分化,從而參與心臟發(fā)育及CHD的發(fā)生。TBX1基因是T-box基因家族成員之一,在胚胎發(fā)育早期表達,與心臟發(fā)育密切相關(guān),是CHD的致病基因之一。目前,對TBX1基因的研究多集中于TBX1基因編碼區(qū)的核苷酸變異或基因缺失和重復(fù),而關(guān)于TBX1基因表達異常調(diào)控的研究較少。本課題組前期研究發(fā)現(xiàn)TBX1基因T350M多態(tài)性與法洛氏四聯(lián)癥(TOF)具有明顯的相關(guān)性,可能是TOF的遺傳易感基因。課題組首次發(fā)現(xiàn)CHD患者心肌組織中ACTC1基因表達水平降低,該異?烧T導(dǎo)胚胎發(fā)育時期心肌細胞過度凋亡,從而導(dǎo)致人類CHD的發(fā)生。課題組進一步研究發(fā)現(xiàn)ACTC1上游調(diào)控序列中存在HOXA3轉(zhuǎn)錄... 

【文章來源】:中國醫(yī)科大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】:117 頁

【學(xué)位級別】:博士

【部分圖文】:

TBX1基因下游心臟發(fā)育相關(guān)差異表達基因篩選及功能研究


瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果可見清晰的28s、18srRNA條帶

掃描圖像,轉(zhuǎn)染,細胞,效率


中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文18圖1.2TBX1siRNA轉(zhuǎn)染效率評價將H9C2細胞分為TBX1siRNA組、NC組、normal組,TBX1siRNA組轉(zhuǎn)TBX1siRNA,NC組轉(zhuǎn)染TBX1NC,normal為空。A:用FAM標(biāo)記的siRNA轉(zhuǎn)染H9C2細胞,48h后檢測熒光強度。B:H9C2細胞分別轉(zhuǎn)染TBX1siRNA、TBX1NC48h后,檢測轉(zhuǎn)染后各組TBX1基因mRNA表達水平。實驗獨立重復(fù)三次。*:P<0.053.3芯片雜交及芯片質(zhì)量評價3.3.1芯片雜交掃描參照芯片制作標(biāo)準(zhǔn)流程,將Cy3標(biāo)記的cRNA與芯片雜交,洗脫后應(yīng)用Agilent掃描儀掃描,獲取原始圖像。芯片雜交后掃描得到的樣品熒光強度圖,能夠反映芯片雜交效果,圖片亮度及清晰度與雜交質(zhì)量正相關(guān)。本研究芯片雜交掃描結(jié)果如圖1.3所示:芯片掃描圖像背景均一,各點間距均勻相等,所獲圖像具有較低的整體背景和較高的信噪比。提示芯片雜交狀況良好。

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中國醫(yī)科大學(xué)博士學(xué)位論文19圖1.3芯片雜交掃描圖像3.3.2芯片原始數(shù)據(jù)提取應(yīng)用FeatureExtraction軟件提取原始圖像,獲得原始數(shù)據(jù)。采用變異系數(shù)(CV值)評估兩組數(shù)據(jù)是否穩(wěn)定。CV=SD/meanx100%。Agilent表達譜芯片參考的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)是CV值小于15%。本研究檢測各組芯片CV值均明顯低于15%(表1-2),提示芯片數(shù)據(jù)合格,實驗精度較高。

【參考文獻】:
期刊論文
[1]PDGF signaling from pharyngeal pouches promotes arch artery morphogenesis[J]. Aihua Mao,Mingming Zhang,Jie Liu,Yu Cao,Qiang Wang.  Journal of Genetics and Genomics. 2019(12)
[2]TBX3及TBX18在人源誘導(dǎo)多能干細胞向竇房結(jié)樣細胞富集分化中的作用[J]. 劉鋒,方易冰,熊琪,羅良琴,周銳,廖斌.  中國修復(fù)重建外科雜志. 2019(04)



本文編號:3330222

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