解纖維熱酸菌超氧化物歧化酶基因的克
發(fā)布時(shí)間:2021-08-06 05:28
超氧化物歧化酶(SOD EC 1.15.1.1)是一種抗氧化金屬酶,通過(guò)催化超氧陰離子發(fā)生歧化反應(yīng),產(chǎn)生過(guò)氧化氫和氧氣,有效抵御氧化壓力和氧化損傷。本論文對(duì)來(lái)自Acidothermus cellulolyticus 11B中超氧化物歧化酶(AcSOD)進(jìn)行提取、純化;并利用分子生物學(xué)技術(shù)克隆了AcSOD基因,構(gòu)建了不同的表達(dá)載體,表達(dá)并純化了重組蛋白,表征了酶學(xué)性質(zhì),探討了該酶的催化類型。通過(guò)多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),AcSOD和已知的Ni-SOD有高度的序列保守性,鎳鉤(Ni-hook)的9個(gè)殘基(His-Cys-X-X-Pro-Cys-Gly-X-Tyr)可能是鎳型超氧化物歧化酶的關(guān)鍵判斷。同源模建結(jié)果表明AcSOD與PDB號(hào)為3G50的Ni-SOD序列相似性達(dá)到68.38%。暗示該酶可能是一種新型的Ni-SOD。為了闡明該酶的催化機(jī)制,本論文首先應(yīng)用硫酸銨沉淀和陰離子交換層析方法從原始菌株中將該酶純化了331倍,比活力達(dá)到2450 U/mg。但是純化的酶的純度未達(dá)到進(jìn)一步分析的要求。本論文應(yīng)用分子生物學(xué)的方法克隆了AcSOD基因的完整閱讀框,進(jìn)一步構(gòu)建了三種表達(dá)載體(pET28a-SOD1...
【文章來(lái)源】:吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
AcSODBLAST比對(duì)結(jié)果
第二章Acidothermuscellulolyticus11B超氧化物歧化酶的序列分析、模建與純化14圖2.3超氧化物歧化酶酶活位點(diǎn)保守堿基比對(duì)分析(1)Prochlorococcusmarinusstr.MIT9313,(2)Synechococcussp.WH8102,(3)ProchlorococcusmarinusMED4,(4)TrichodesmiumerythraeumIMS101,(5)StreptomycesaVermitilisMA-4680有助于Ni-hook或其穩(wěn)定化的保守殘基以綠色顯示。保守的靜電殘基顯示為藍(lán)色,其他保守殘基顯示為紅色。2.3.2超氧化物歧化酶同源模建選取已經(jīng)解析蛋白結(jié)構(gòu)、與其同源性相近的來(lái)源于Streptomycescoelicolor(PDBID:3G50)的鎳型超氧化物歧化酶蛋白結(jié)構(gòu)作為模板,輸入PDB號(hào)后結(jié)果顯示預(yù)測(cè)本論文中研究的酶有3個(gè)亞基,選取其中一個(gè)亞基進(jìn)行同源模建,如圖2.4左圖為來(lái)源于S.coelicolor的單亞基結(jié)構(gòu),帶有金屬結(jié)合鉤,其中黑色實(shí)心球表示結(jié)合的金屬鎳離子;右圖為預(yù)測(cè)的AcSOD單亞基結(jié)構(gòu)。此外,如圖2.5左圖表示來(lái)源于S.coelicolorNi-SOD蛋白結(jié)構(gòu)是由4螺旋束(標(biāo)記為AF)的六聚體組裝體,有三個(gè)亞基(A,B和C;D,E和F)。右圖是把三個(gè)亞基組裝在一起形成的預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)圖。圖2.6為SWISS-MODEL結(jié)果顯示圖,GMQE全局模型質(zhì)量評(píng)估區(qū)間為0-1,AcSOD顯示為0.9,說(shuō)明用該校準(zhǔn)與模板構(gòu)建的模型的預(yù)期精度比較高,質(zhì)量高。QMEAN評(píng)估區(qū)間-4-0,AcSOD的QMEAN為0.5,接近0,說(shuō)明AcSOD與模板蛋白的匹配度好。通過(guò)此圖可以發(fā)現(xiàn)AcSOD與來(lái)源于S.coelicolor的Ni-SOD序列相似性達(dá)到68.38%,相似度很高,暗示該
第二章Acidothermuscellulolyticus11B超氧化物歧化酶的序列分析、模建與純化15酶可能是一種新型的Ni-SOD。圖2.4左圖為PDBID:3G50Ni-SOD單亞基結(jié)構(gòu)和預(yù)測(cè)的AcSOD單亞基結(jié)構(gòu)圖2.5左圖為PDBID:3G50的Ni-SOD蛋白結(jié)構(gòu)和右圖預(yù)測(cè)的AcSOD結(jié)構(gòu)圖2.6SWISS-MODEL結(jié)果顯示圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]超氧化物歧化酶的遺傳特征及其在植物抗逆性中的研究進(jìn)展[J]. 馮坤,鄭青松,俞佳虹,程遠(yuǎn),葉青靜,阮美穎,王榮青,李志邈,姚祝平,楊悅儉,魏家香,周國(guó)治,萬(wàn)紅建. 分子植物育種. 2017(11)
[2]超氧化物歧化酶的研究現(xiàn)狀及在化妝品中的應(yīng)用[J]. 張麗媛,王丕武,馬紅丹,趙邯鄲,曲靜,關(guān)淑艷. 農(nóng)產(chǎn)品加工(學(xué)刊). 2014(15)
[3]超氧化物歧化酶的應(yīng)用[J]. 陳祥娥,凌沛學(xué),張?zhí)烀? 食品與藥品. 2013(04)
[4]超氧化物歧化酶應(yīng)用研究狀態(tài)[J]. 何獻(xiàn)君,梁曉冬,呂曉峰,王文娟. 中國(guó)醫(yī)藥指南. 2010(15)
[5]水稻種子活力的生理生化及遺傳研究[J]. 李金華,王豐,廖亦龍,柳武革. 分子植物育種. 2009(04)
[6]SOD模擬及其抗氧化和抗炎癥功能的研究進(jìn)展[J]. 胡平,吳耿偉,夏青,毛宗萬(wàn). 化學(xué)進(jìn)展. 2009(05)
[7]原核微生物鐵超氧化物歧化酶的分子進(jìn)化[J]. 鄒媛媛,樊小英,劉國(guó)憲,曹廣力,朱越雄. 微生物學(xué)雜志. 2009(03)
[8]超氧化物歧化酶(SOD)的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 李勇. 攀枝花學(xué)院學(xué)報(bào). 2007(06)
[9]嗜熱嗜熱菌超氧化物歧化酶的克隆、表達(dá)與鑒定[J]. 李鶴賓,王怡倩. 臺(tái)灣海峽. 2007(04)
[10]超氧化物歧化酶(SOD)研究綜述[J]. 陳鴻鵬,譚曉風(fēng). 經(jīng)濟(jì)林研究. 2007(01)
碩士論文
[1]深海熱液區(qū)盲蝦Rimicaris Exoculata轉(zhuǎn)錄組分析及其銅鋅超氧化物歧化酶的初步研究[D]. 林文洋.國(guó)家海洋局第三海洋研究所 2017
[2]兔血超氧化物歧化酶的提取及其在酸奶中的應(yīng)用[D]. 曾麗.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]豬血超氧化物歧化酶的提取、性質(zhì)及其化學(xué)修飾研究[D]. 劉婧.吉林大學(xué) 2011
[4]文蛤胞內(nèi)銅鋅超氧化物歧化酶的基因克隆與表達(dá)及重組蛋白活性的測(cè)定[D]. 朱丹.遼寧師范大學(xué) 2011
[5]嗜熱毛殼菌熱穩(wěn)定超氧化物歧化酶的純化及基因克隆和表達(dá)[D]. 郭芳先.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[6]人細(xì)胞外超氧化物歧化酶的分子改造[D]. 曲和之.吉林大學(xué) 2006
[7]豬血銅鋅超氧化物歧化酶的分離純化方法的研究[D]. 李豪.西華大學(xué) 2006
本文編號(hào):3325161
【文章來(lái)源】:吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
AcSODBLAST比對(duì)結(jié)果
第二章Acidothermuscellulolyticus11B超氧化物歧化酶的序列分析、模建與純化14圖2.3超氧化物歧化酶酶活位點(diǎn)保守堿基比對(duì)分析(1)Prochlorococcusmarinusstr.MIT9313,(2)Synechococcussp.WH8102,(3)ProchlorococcusmarinusMED4,(4)TrichodesmiumerythraeumIMS101,(5)StreptomycesaVermitilisMA-4680有助于Ni-hook或其穩(wěn)定化的保守殘基以綠色顯示。保守的靜電殘基顯示為藍(lán)色,其他保守殘基顯示為紅色。2.3.2超氧化物歧化酶同源模建選取已經(jīng)解析蛋白結(jié)構(gòu)、與其同源性相近的來(lái)源于Streptomycescoelicolor(PDBID:3G50)的鎳型超氧化物歧化酶蛋白結(jié)構(gòu)作為模板,輸入PDB號(hào)后結(jié)果顯示預(yù)測(cè)本論文中研究的酶有3個(gè)亞基,選取其中一個(gè)亞基進(jìn)行同源模建,如圖2.4左圖為來(lái)源于S.coelicolor的單亞基結(jié)構(gòu),帶有金屬結(jié)合鉤,其中黑色實(shí)心球表示結(jié)合的金屬鎳離子;右圖為預(yù)測(cè)的AcSOD單亞基結(jié)構(gòu)。此外,如圖2.5左圖表示來(lái)源于S.coelicolorNi-SOD蛋白結(jié)構(gòu)是由4螺旋束(標(biāo)記為AF)的六聚體組裝體,有三個(gè)亞基(A,B和C;D,E和F)。右圖是把三個(gè)亞基組裝在一起形成的預(yù)測(cè)蛋白結(jié)構(gòu)圖。圖2.6為SWISS-MODEL結(jié)果顯示圖,GMQE全局模型質(zhì)量評(píng)估區(qū)間為0-1,AcSOD顯示為0.9,說(shuō)明用該校準(zhǔn)與模板構(gòu)建的模型的預(yù)期精度比較高,質(zhì)量高。QMEAN評(píng)估區(qū)間-4-0,AcSOD的QMEAN為0.5,接近0,說(shuō)明AcSOD與模板蛋白的匹配度好。通過(guò)此圖可以發(fā)現(xiàn)AcSOD與來(lái)源于S.coelicolor的Ni-SOD序列相似性達(dá)到68.38%,相似度很高,暗示該
第二章Acidothermuscellulolyticus11B超氧化物歧化酶的序列分析、模建與純化15酶可能是一種新型的Ni-SOD。圖2.4左圖為PDBID:3G50Ni-SOD單亞基結(jié)構(gòu)和預(yù)測(cè)的AcSOD單亞基結(jié)構(gòu)圖2.5左圖為PDBID:3G50的Ni-SOD蛋白結(jié)構(gòu)和右圖預(yù)測(cè)的AcSOD結(jié)構(gòu)圖2.6SWISS-MODEL結(jié)果顯示圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]超氧化物歧化酶的遺傳特征及其在植物抗逆性中的研究進(jìn)展[J]. 馮坤,鄭青松,俞佳虹,程遠(yuǎn),葉青靜,阮美穎,王榮青,李志邈,姚祝平,楊悅儉,魏家香,周國(guó)治,萬(wàn)紅建. 分子植物育種. 2017(11)
[2]超氧化物歧化酶的研究現(xiàn)狀及在化妝品中的應(yīng)用[J]. 張麗媛,王丕武,馬紅丹,趙邯鄲,曲靜,關(guān)淑艷. 農(nóng)產(chǎn)品加工(學(xué)刊). 2014(15)
[3]超氧化物歧化酶的應(yīng)用[J]. 陳祥娥,凌沛學(xué),張?zhí)烀? 食品與藥品. 2013(04)
[4]超氧化物歧化酶應(yīng)用研究狀態(tài)[J]. 何獻(xiàn)君,梁曉冬,呂曉峰,王文娟. 中國(guó)醫(yī)藥指南. 2010(15)
[5]水稻種子活力的生理生化及遺傳研究[J]. 李金華,王豐,廖亦龍,柳武革. 分子植物育種. 2009(04)
[6]SOD模擬及其抗氧化和抗炎癥功能的研究進(jìn)展[J]. 胡平,吳耿偉,夏青,毛宗萬(wàn). 化學(xué)進(jìn)展. 2009(05)
[7]原核微生物鐵超氧化物歧化酶的分子進(jìn)化[J]. 鄒媛媛,樊小英,劉國(guó)憲,曹廣力,朱越雄. 微生物學(xué)雜志. 2009(03)
[8]超氧化物歧化酶(SOD)的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 李勇. 攀枝花學(xué)院學(xué)報(bào). 2007(06)
[9]嗜熱嗜熱菌超氧化物歧化酶的克隆、表達(dá)與鑒定[J]. 李鶴賓,王怡倩. 臺(tái)灣海峽. 2007(04)
[10]超氧化物歧化酶(SOD)研究綜述[J]. 陳鴻鵬,譚曉風(fēng). 經(jīng)濟(jì)林研究. 2007(01)
碩士論文
[1]深海熱液區(qū)盲蝦Rimicaris Exoculata轉(zhuǎn)錄組分析及其銅鋅超氧化物歧化酶的初步研究[D]. 林文洋.國(guó)家海洋局第三海洋研究所 2017
[2]兔血超氧化物歧化酶的提取及其在酸奶中的應(yīng)用[D]. 曾麗.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[3]豬血超氧化物歧化酶的提取、性質(zhì)及其化學(xué)修飾研究[D]. 劉婧.吉林大學(xué) 2011
[4]文蛤胞內(nèi)銅鋅超氧化物歧化酶的基因克隆與表達(dá)及重組蛋白活性的測(cè)定[D]. 朱丹.遼寧師范大學(xué) 2011
[5]嗜熱毛殼菌熱穩(wěn)定超氧化物歧化酶的純化及基因克隆和表達(dá)[D]. 郭芳先.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007
[6]人細(xì)胞外超氧化物歧化酶的分子改造[D]. 曲和之.吉林大學(xué) 2006
[7]豬血銅鋅超氧化物歧化酶的分離純化方法的研究[D]. 李豪.西華大學(xué) 2006
本文編號(hào):3325161
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