結(jié)直腸癌（Colorectal Cancer,CRC）是一種高發(fā)病率和死亡率的惡性腫瘤,嚴(yán)重威脅人類的健康。本研究的目的是通過生物信息學(xué)分析并結(jié)合試驗驗證,尋找潛在調(diào)控結(jié)直腸癌的關(guān)鍵基因。首先,從基因表達綜合數(shù)據(jù)庫（Gene Expression Omnibus,GEO）中下載結(jié)直腸癌患者基因表達譜數(shù)據(jù),分析在結(jié)直腸癌患者的癌組織和癌旁組織中的差異表達基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）。其中,芯片GSE81558中存在1131個差異表達基因,GSE21510芯片中存在1837差異表達基因,GSE32323芯片中存在1507個差異基因。三個芯片所共有的綜合差異基因為484個。選擇這484個基因進行基因本體論（Gene Ontology,GO）分析,然后使用KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析差異基因顯著富集的通路。結(jié)果表明,差異基因主要在黃酮類葡萄糖醛酸化、細胞分裂、細胞周期相變和單羧酸代謝等生物過程中顯著富集;細胞組分的變化主要包括胞質(zhì)的紡錘體和細胞質(zhì)的核周區(qū)域的變化;氧化還... 

【文章來源】：遼寧大學(xué)遼寧省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

結(jié)直腸癌患者樣本中差異表達基因的鑒定（A-C）基因芯片GSE21510、GSE32323和GSE81558基因表達火山圖

第1章結(jié)直腸癌中差異基因的篩選及核心交互模塊的確定11析。MCODE1包含23個節(jié)點，包括DSN1，ALDH1A1，TUBAL3，RRM2，SHMT2，PGM1，CCT6A，IDH3A，HSPA2，UGP2，RUVBL1，CDK1，CCNB1，MAD2L1，AHCY，HSPH1，BUB1B，DARS，KIF18A，ERCC6L，NUF2和SPC25。這些發(fā)現(xiàn)表明，這些模塊基因顯示出較高的集中度，并且可能在結(jié)直腸癌中起重要作用。圖1-3差異基因的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)以及表達熱圖(A)利用Metascape數(shù)據(jù)庫構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(Protein-ProteinInteraction，PPI)網(wǎng)絡(luò)。(B)采用MCODE算法對高度相關(guān)的基因進行聚類。(C)數(shù)據(jù)集中核心基因表達的熱圖。表1-2MCODE基因的GO分析GODescription-Log10(P)GO:0052696flavonoidglucuronidation22.84GO:0001664Gprotein-coupledreceptorbinding14.21GO:0044772mitoticcellcyclephasetransition9.60GO:0051301celldivision9.49GO:0010564regulationofcellcycleprocess6.98GO:0031821Gprotein-coupledserotoninreceptorbinding6.02GO:0005179hormoneactivity5.69

第2章數(shù)據(jù)庫交叉驗證及關(guān)鍵基因的篩選22圖2-1所選模塊基因的預(yù)后情況2.4.2GEPIA數(shù)據(jù)庫驗證所選模塊基因的表達情況使用GEPIA數(shù)據(jù)庫中的結(jié)腸腺癌（ColonAdenocarcinoma，COAD）和直腸腺癌（RectumAdenocarcinoma，READ）和正常組織樣本，探究所選關(guān)鍵基因的基因表達情況。結(jié)果顯示，與正常組織樣本相比，所選模塊基因（RRM2，CCNB1，MAD2L1，AHCY，BUB1B，ERCC6L，KIF18A和DSN1）在COAD和READ組織樣本的表達均顯著上調(diào)（圖2-2）。圖2-2所選模塊基因的表達情況COAD：結(jié)腸腺癌。ROAD:直腸腺癌2.4.3核心基因的基因改變情況及在結(jié)直腸癌患者亞型表達情況

【參考文獻】：
期刊論文
[1]數(shù)據(jù)挖掘方法在生物實驗數(shù)據(jù)上的應(yīng)用[J]. 辛月振,孫貝貝,夏盛瑜.  計算機技術(shù)與發(fā)展. 2018(09)
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碩士論文
[1]通過生物信息學(xué)分析來尋找結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的潛在分子機制和關(guān)鍵基因[D]. 齊超.浙江大學(xué) 2018



本文編號：3301364