目的利用生物信息學(xué)方法篩選酒精性脂肪性肝炎（ASH）肝組織與正常肝組織間的差異表達(dá)基因,為探索ASH的關(guān)鍵基因和分子機(jī)制提供理論依據(jù)。方法從基因芯片公共數(shù)據(jù)庫(kù)下載ASH基因芯片數(shù)據(jù)集GSE28619和GSE103580,共包括ASH患者肝組織標(biāo)本28例,正常肝組織標(biāo)本7例。使用R軟件對(duì)芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行整合并篩選出差異表達(dá)基因。采用在線DAVID分析軟件對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行基因本體論（GO）富集分析,應(yīng)用R軟件中Clusterprofiler包對(duì)差異基因進(jìn)行KEGG信號(hào)途徑分析,利用STRING及Cytoscape軟件進(jìn)一步構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò),并利用Cytoscape軟件中的CytoHubba插件,綜合12種拓?fù)浞治龇椒êY選出前3個(gè)核心基因。結(jié)果共篩選出28個(gè)差異表達(dá)基因,GO富集分析發(fā)現(xiàn),差異表達(dá)基因參與了皮質(zhì)醇反應(yīng)、Wnt蛋白活性、細(xì)胞對(duì)細(xì)胞外刺激的反應(yīng)、轉(zhuǎn)錄因子活性、轉(zhuǎn)錄激活因子活性及RNA聚合酶Ⅱ核心啟動(dòng)子近端區(qū)序列特異性結(jié)合等功能。KEGG通路分析發(fā)現(xiàn),差異表達(dá)基因富集在唯一一個(gè)通路——白細(xì)胞介素-17（IL-17）信號(hào)通路上。PPI分析得到3個(gè)核心基因,分別為... 

【文章來(lái)源】：國(guó)際檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)雜志. 2020,41(15)

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【部分圖文】：

核心基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)

通過(guò)STRING在線數(shù)據(jù)庫(kù)評(píng)估28個(gè)差異表達(dá)基因間相互作用關(guān)系，再應(yīng)用Cytoscape構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析圖，見(jiàn)圖1。利用Cytoscape中插件CytoHubba篩選出核心基因?yàn)镕OS、CCL20及NR4A2，見(jiàn)圖2。對(duì)PPI網(wǎng)絡(luò)中的節(jié)點(diǎn)進(jìn)一步進(jìn)行GO富集分析發(fā)現(xiàn)，差異表達(dá)基因的功能最主要富集在信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)上。圖2 核心基因的相互作用網(wǎng)絡(luò)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]C-fos基因在麻醉中的功能分析及相關(guān)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建[J]. 蔣銘,楊現(xiàn)會(huì),王軍,周彪,顏朋朋.  南昌大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(01)
[2]白細(xì)胞介素17通過(guò)促進(jìn)巨噬細(xì)胞M1型極化調(diào)控小鼠非酒精性脂肪性肝病組織炎癥反應(yīng)的機(jī)制[J]. 楊毅,韓晨陽(yáng),官俏兵,阮水良.  中華肝臟病雜志. 2018 (12)



本文編號(hào)：3292414