TCP轉(zhuǎn)錄因子是植物特有的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子,在植物生長(zhǎng)發(fā)育和脅迫應(yīng)答過(guò)程中發(fā)揮重要作用。本研究結(jié)合轉(zhuǎn)錄組學(xué)、權(quán)重共表達(dá)趨勢(shì)分析（WGCNA）和基因家族研究,從山新楊(Populus Davidiana×Populus Bolleana中克隆得到一條TCP轉(zhuǎn)錄因子基因PdbTCP9,對(duì)其表達(dá)模式的研究發(fā)現(xiàn)PdbTCP9基因與干旱脅迫應(yīng)答和次生壁合成相關(guān)。本論文系統(tǒng)研究了PdbTCP9基因調(diào)控山新楊干旱脅迫應(yīng)答和次生壁合成的功能,為揭示山新楊逆境脅迫應(yīng)答及木材形成的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)提供理論基礎(chǔ),主要研究結(jié)果如下:（1）通過(guò)對(duì)山新楊干旱條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析以及權(quán)重共表達(dá)趨勢(shì)分析,找到了響應(yīng)干旱脅迫的TCP轉(zhuǎn)錄因子家族,并通過(guò)基因家族分析發(fā)現(xiàn)了候選基因PdbTCP9與山新楊干旱響應(yīng)有關(guān)。（2）PdbTCP9基因受干旱脅迫處理誘導(dǎo)表達(dá),表明其參與干旱脅迫應(yīng)答;PdbTCP9基因在山新楊的根、莖、幼葉和成熟葉組織中均有表達(dá),并且在莖中的表達(dá)量較高。酵母轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)證明PdbTCP9沒(méi)有轉(zhuǎn)錄自激活現(xiàn)象;構(gòu)建pROK2-PdbTCP9-GFP載體,利用基因槍技術(shù)瞬時(shí)轉(zhuǎn)化洋蔥表皮進(jìn)行亞細(xì)胞定位,結(jié)果顯示PdbTCP9蛋... 

【文章來(lái)源】：東北林業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：115 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１山新楊干旱條件下的ＲＯＳ含量測(cè)定及電導(dǎo)率分析??Ｈ２０２和０２？含量以及相對(duì)電導(dǎo)率

?２山新楊干旱條件下的轉(zhuǎn)錄組學(xué)和權(quán)重共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析???２．３．２．４權(quán)重共表達(dá)趨勢(shì)分析（ＷＧＣＮＡ）??使用ＷＧＣＮＡ包進(jìn)行分析，對(duì)輸入的基因表達(dá)量矩陣�。飑枺纾策M(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，并確保不??存在批次效應(yīng)；篩選中位絕對(duì)偏差前７５％的基因以降低運(yùn)算量，對(duì)樣本進(jìn)行聚類(lèi)分析，??檢測(cè)是否有離群樣本（圖２－５）。??使用ＲＮＡ數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析后，整理得到測(cè)序樣本的基因表達(dá)量矩陣，對(duì)表達(dá)量??矩陣進(jìn)行聚類(lèi)分析，確定沒(méi)有太多明顯離群樣本，從而進(jìn)行進(jìn)一步的加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)??絡(luò)分析（圖２－５）。??Ｓａｍｐｌｅ?ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ?ｔｏ?ｄｅｔｅｃｔ?ｏｕｔｌｉｅｒｓ??ｉ?－??ＣＯ??ｉ－?ｆ—１??°?Ｉ——??Ｉ?＾??＂ｉ－?ｎ?ｒｘ?ｉ?ｎ??老?ｓ?２?ｍ?！?ｒ??Ｏ?Ｏ??ｆ?Ｉ?Ｉ?ｓ?ｓ??圖２－５表達(dá)量矩陣進(jìn)行聚類(lèi)分析??Ｆｉｇｕｒｅ?２－５?Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??確定無(wú)太多明顯的離群樣本后，繪制權(quán)重與無(wú)標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)的評(píng)估參數(shù)的散點(diǎn)圖來(lái)篩選??軟閾值，使構(gòu)建的網(wǎng)絡(luò)更符合無(wú)標(biāo)度網(wǎng)絡(luò)特征（圖２－６）。９處于散點(diǎn)圖的拐點(diǎn)，故??Ｐｏｗｅｒ值選用９對(duì)基因進(jìn)行模塊劃分，并使用層級(jí)聚類(lèi)樹(shù)展示各個(gè)模塊（圖２－６）。??Ｓｃａｌｅ?Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ?Ｍｅａｎ?ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｉｔｙ??Ｓ??４?ｇ??０４??貧?３?ｉ?－??〇；?ｖＳ??ｌ?ｉ?２??ｆ?。?ｓ?§?－??〇?〇?ｒｅ??犮。￣?２?２??Ｓ?３??ｕ＿??＜Ｌ＞?Ｏ??５?１－４??５??２?－??＇?１?ｃ＝＞?

?東北林業(yè)大學(xué)博士畢業(yè)論文???加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（ＷＧＣＮＡ，?Ｗｅｉｇｈｔｅｄ?ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ａｎａｌｙｓｉｓ）是用來(lái)??描述不同樣品之間基因關(guān)聯(lián)模式的系統(tǒng)生物學(xué)方法，旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊，并??探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián)，以及網(wǎng)絡(luò)中的核心基因。簡(jiǎn)單地說(shuō)，它將具有??表達(dá)相關(guān)性的基因聚類(lèi)到一個(gè)模塊中，然后再分析模塊與表型之間的相關(guān)性，搭建一座??樣本與基因表達(dá)變化之間的橋梁。從方法上來(lái)講可分為表達(dá)量聚類(lèi)分析和表型關(guān)聯(lián)兩部??分：表達(dá)量聚類(lèi)分析是通過(guò)基因之間的相關(guān)系數(shù)分層聚類(lèi)樹(shù)；表型關(guān)聯(lián)是指分類(lèi)好的模??塊與表型關(guān)聯(lián)，通過(guò)模塊的特征向量與表型的相關(guān)系數(shù)或者模塊的顯著性Ｐ值將每個(gè)模??塊與性狀關(guān)聯(lián)起來(lái)。本研宄從另一視角對(duì)ＲＮＡ測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行了更深層次的挖掘，根據(jù)基??因間表達(dá)量進(jìn)行聚類(lèi)得到各模塊間的相關(guān)性結(jié)果（圖２－７）。??Ｃｌｕｓｔｅｒ?Ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ??ｆ?ｓ－１丨??ＣＤ?—??Ｏ?—?．：：：；?：?：?＾?＾?：?＇?：?Ｍ?＇?ｉ?＇?ｉ?ｉ?ｉ?！?ｉ?＇?：?；?＇?＇?：?＾?：?：?：?：?ｉ?．?：?＾?ｉ?：??一?ＭＭＬＩＢＢ??圖２－７各模塊間的相關(guān)性圖??Ｆｉｇｕｒｅ?３－７?Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｍｏｄｕｌｅｓ??－２２－??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]鹽堿脅迫對(duì)植物形態(tài)和生理生化影響及植物響應(yīng)的研究進(jìn)展[J]. 焦德志,趙澤龍.  江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(20)
[2]芥菜TCP轉(zhuǎn)錄因子家族全基因組鑒定及表達(dá)分析[J]. 李坤杰,譚杉杉,孫勃,饒丹,何琦,閔愛(ài)玲,李夢(mèng)瑤.  四川農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2019(04)
[3]擬南芥APX家族基因在植物生長(zhǎng)發(fā)育與非生物逆境脅迫響應(yīng)中的作用分析[J]. 李澤琴,李錦濤,邴杰,張根發(fā).  遺傳. 2019(06)
[4]棗TCP轉(zhuǎn)錄因子鑒定與生物信息學(xué)分析[J]. 陳國(guó)梁,祖歡歡,薛寶平,任彤,何亞蓉.  分子植物育種. 2019(09)
[5]De novo assembly of white poplar genome and genetic diversity of white poplar population in Irtysh River basin in China[J]. Yan-Jing Liu,Xiao-Ru Wang,Qing-Yin Zeng.  Science China（Life Sciences）. 2019(05)
[6]噴施組合型生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑對(duì)不同品種小麥冬前分蘗和生長(zhǎng)及抗寒性的影響[J]. 彭靜,楊雪,羅夢(mèng)娜,劉西平.  干旱地區(qū)農(nóng)業(yè)研究. 2019(01)
[7]馬鈴薯TCP基因家族全基因組鑒定與分析[J]. 肖熙鷗,林文秋,馮雪峰,高曉敏,鄒華芬,李可,金輝.  分子植物育種. 2018(24)
[8]基于模板轉(zhuǎn)換的微量RNA測(cè)序建庫(kù)方案探索[J]. 陸泓雨,劉波,秦超勇,張彥.  生物技術(shù)通訊. 2018(06)
[9]蒺藜苜蓿TCP轉(zhuǎn)錄因子家族的全基因組鑒定和分析[J]. 李菲,何小紅,張宇斌,乙引.  分子植物育種. 2018(20)
[10]鐵觀(guān)音茶樹(shù)轉(zhuǎn)錄因子TCP4基因的克隆與序列分析[J]. 魏沙沙,邱小鳳,蔡雪玲,孫威江,陳志丹.  茶葉學(xué)報(bào). 2018(03)

博士論文
[1]擬南芥TCP11調(diào)控維管束的發(fā)育[D]. 安家興.蘭州大學(xué) 2012
[2]植物響應(yīng)重力刺激的機(jī)理研究[D]. 崔大勇.中國(guó)科學(xué)院研究生院（上海生命科學(xué)研究院） 2004

碩士論文
[1]楊樹(shù)高效經(jīng)營(yíng)技術(shù)的研究[D]. 王亞.廣西大學(xué) 2013
[2]不同林齡楊樹(shù)人工林對(duì)土壤微生態(tài)環(huán)境影響研究[D]. 贠超.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[3]小麥慢銹品種葉片受條銹菌侵入后的木質(zhì)素合成及調(diào)控研究[D]. 李麗平.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009



本文編號(hào)：3281297