TCP轉錄因子是植物特有的轉錄調(diào)控因子,在植物生長發(fā)育和脅迫應答過程中發(fā)揮重要作用。本研究結合轉錄組學、權重共表達趨勢分析（WGCNA）和基因家族研究,從山新楊(Populus Davidiana×Populus Bolleana中克隆得到一條TCP轉錄因子基因PdbTCP9,對其表達模式的研究發(fā)現(xiàn)PdbTCP9基因與干旱脅迫應答和次生壁合成相關。本論文系統(tǒng)研究了PdbTCP9基因調(diào)控山新楊干旱脅迫應答和次生壁合成的功能,為揭示山新楊逆境脅迫應答及木材形成的調(diào)控網(wǎng)絡提供理論基礎,主要研究結果如下:（1）通過對山新楊干旱條件下的轉錄組學分析以及權重共表達趨勢分析,找到了響應干旱脅迫的TCP轉錄因子家族,并通過基因家族分析發(fā)現(xiàn)了候選基因PdbTCP9與山新楊干旱響應有關。（2）PdbTCP9基因受干旱脅迫處理誘導表達,表明其參與干旱脅迫應答;PdbTCP9基因在山新楊的根、莖、幼葉和成熟葉組織中均有表達,并且在莖中的表達量較高。酵母轉化實驗證明PdbTCP9沒有轉錄自激活現(xiàn)象;構建pROK2-PdbTCP9-GFP載體,利用基因槍技術瞬時轉化洋蔥表皮進行亞細胞定位,結果顯示PdbTCP9蛋... 

【文章來源】：東北林業(yè)大學黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１山新楊干旱條件下的ＲＯＳ含量測定及電導率分析??Ｈ２０２和０２？含量以及相對電導率

?２山新楊干旱條件下的轉錄組學和權重共表達網(wǎng)絡分析???２．３．２．４權重共表達趨勢分析（ＷＧＣＮＡ）??使用ＷＧＣＮＡ包進行分析，對輸入的基因表達量矩陣�。飑枺纾策M行標準化，并確保不??存在批次效應；篩選中位絕對偏差前７５％的基因以降低運算量，對樣本進行聚類分析，??檢測是否有離群樣本（圖２－５）。??使用ＲＮＡ數(shù)據(jù)進行轉錄組分析后，整理得到測序樣本的基因表達量矩陣，對表達量??矩陣進行聚類分析，確定沒有太多明顯離群樣本，從而進行進一步的加權基因共表達網(wǎng)??絡分析（圖２－５）。??Ｓａｍｐｌｅ?ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ?ｔｏ?ｄｅｔｅｃｔ?ｏｕｔｌｉｅｒｓ??ｉ?－??ＣＯ??ｉ－?ｆ—１??°?Ｉ——??Ｉ?＾??＂ｉ－?ｎ?ｒｘ?ｉ?ｎ??老?ｓ?２?ｍ?！?ｒ??Ｏ?Ｏ??ｆ?Ｉ?Ｉ?ｓ?ｓ??圖２－５表達量矩陣進行聚類分析??Ｆｉｇｕｒｅ?２－５?Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??確定無太多明顯的離群樣本后，繪制權重與無標度網(wǎng)絡的評估參數(shù)的散點圖來篩選??軟閾值，使構建的網(wǎng)絡更符合無標度網(wǎng)絡特征（圖２－６）。９處于散點圖的拐點，故??Ｐｏｗｅｒ值選用９對基因進行模塊劃分，并使用層級聚類樹展示各個模塊（圖２－６）。??Ｓｃａｌｅ?Ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ?Ｍｅａｎ?ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｉｔｙ??Ｓ??４?ｇ??０４??貧?３?ｉ?－??〇；?ｖＳ??ｌ?ｉ?２??ｆ?。?ｓ?§?－??〇?〇?ｒｅ??犮。￣?２?２??Ｓ?３??ｕ＿??＜Ｌ＞?Ｏ??５?１－４??５??２?－??＇?１?ｃ＝＞?

?東北林業(yè)大學博士畢業(yè)論文???加權基因共表達網(wǎng)絡分析（ＷＧＣＮＡ，?Ｗｅｉｇｈｔｅｄ?ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ａｎａｌｙｓｉｓ）是用來??描述不同樣品之間基因關聯(lián)模式的系統(tǒng)生物學方法，旨在尋找協(xié)同表達的基因模塊，并??探索基因網(wǎng)絡與關注的表型之間的關聯(lián)，以及網(wǎng)絡中的核心基因。簡單地說，它將具有??表達相關性的基因聚類到一個模塊中，然后再分析模塊與表型之間的相關性，搭建一座??樣本與基因表達變化之間的橋梁。從方法上來講可分為表達量聚類分析和表型關聯(lián)兩部??分：表達量聚類分析是通過基因之間的相關系數(shù)分層聚類樹；表型關聯(lián)是指分類好的模??塊與表型關聯(lián)，通過模塊的特征向量與表型的相關系數(shù)或者模塊的顯著性Ｐ值將每個模??塊與性狀關聯(lián)起來。本研宄從另一視角對ＲＮＡ測序數(shù)據(jù)進行了更深層次的挖掘，根據(jù)基??因間表達量進行聚類得到各模塊間的相關性結果（圖２－７）。??Ｃｌｕｓｔｅｒ?Ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ??ｆ?ｓ－１丨??ＣＤ?—??Ｏ?—?．：：：；?：?：?＾?＾?：?＇?：?Ｍ?＇?ｉ?＇?ｉ?ｉ?ｉ?！?ｉ?＇?：?；?＇?＇?：?＾?：?：?：?：?ｉ?．?：?＾?ｉ?：??一?ＭＭＬＩＢＢ??圖２－７各模塊間的相關性圖??Ｆｉｇｕｒｅ?３－７?Ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ?ｄｉａｇｒａｍ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｍｏｄｕｌｅｓ??－２２－??

【參考文獻】：
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本文編號：3281297