目的:探討自噬相關(guān)基因（ATG）在舌癌發(fā)病機(jī)制中的作用,以建立一個(gè)基于ATG表達(dá)譜的舌癌患者預(yù)后預(yù)測模型。方法:基于TCGA和HADb數(shù)據(jù)庫,采用Wilcox檢驗(yàn)方法確定舌癌中差異表達(dá)的ATG,COX回歸分析ATG與舌癌患者總生存率的相關(guān)性; GO、KEGG分析揭示舌癌中與自噬基因相關(guān)的信號(hào)通路和生物學(xué)過程;評價(jià)ATG與舌癌患者臨床性狀之間的關(guān)系。結(jié)果:舌癌組織和癌旁組織的ATG具有差異性表達(dá),5個(gè)差異基因（VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3）與舌癌患者的總生存率顯著相關(guān),可預(yù)測患者預(yù)后生存; GO、KEGG分析顯示多條關(guān)鍵自噬相關(guān)通路顯著富集,如細(xì)胞凋亡、P53信號(hào)通路、自噬功能、表皮生長因子受體酪氨酸激酶抑制劑耐藥等; ATG9B、VEGFA、WDR45等ATG與患者不同臨床病理特征具有顯著相關(guān)性。結(jié)論:VEGFA、ATG9B、WDR45、BAK1、VAMP3等差異自噬基因可預(yù)測舌癌的預(yù)后。 

【文章來源】：口腔生物醫(yī)學(xué). 2020,11(04)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

ATG在舌癌樣本中的差異表達(dá)

GO富集分析顯示線粒體組織的正向調(diào)控、自噬功能、凋亡線粒體改變、蛋白質(zhì)膜定位等與自噬相關(guān)的通路顯著富集(P<0.05，錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率<0.05)。KEGG富集分析顯示細(xì)胞凋亡、P53信號(hào)通路、自噬、線粒體自噬、壞死、表皮生長因子受體(epidermal growth factor receptor,EGFR)酪氨酸激酶抑制劑抵抗等與自噬相關(guān)的通路顯著富集(P<0.05，錯(cuò)誤發(fā)現(xiàn)率<0.05，圖2)。2.3 預(yù)后相關(guān)的ATG

COX回歸分析結(jié)果顯示:VEGFA、TP53INP2、ATG9B、WDR45、BAK1、ITGA3、ATI、VAMP3、MAP1LC3A等9個(gè)ATG與舌癌患者預(yù)后顯著相關(guān)，通過COX函數(shù)進(jìn)行優(yōu)化，最終得到VEGFA(P=0.035)、ATG9B(P=0.012)、WDR45(P=0.010)、BAK1(P=0.048)、VAMP3(P=0.020)等5個(gè)ATG(圖3A)。根據(jù)風(fēng)險(xiǎn)值的中位值將所有樣本分為高低風(fēng)險(xiǎn)兩組，可得出不同風(fēng)險(xiǎn)組與生存率存在顯著相關(guān)性(P=1.014×10-4，圖3B);隨著風(fēng)險(xiǎn)值的增加患者死亡數(shù)量增加(圖3C);不同ATG在高低風(fēng)險(xiǎn)組具有不同程度的差異表達(dá)，ATG9B、WDR45表達(dá)量隨著風(fēng)險(xiǎn)值增加而逐漸降低，VEGFA的表達(dá)量隨著風(fēng)險(xiǎn)值增加而增加(圖3D)，提示ATG9B、WDR45可能是預(yù)后相關(guān)的低風(fēng)險(xiǎn)基因，VEGFA可能為高風(fēng)險(xiǎn)基因。2.4 與生存相關(guān)的獨(dú)立預(yù)后分析


本文編號(hào)：3267541