贛南柑桔黃龍病菌16S rDNA、16S/23S rDNA間隔區(qū)和核糖體蛋白基因的遺傳多樣性
發(fā)布時間:2021-06-20 11:41
為探究贛南地區(qū)柑桔黃龍病菌的遺傳多樣性,從贛南16個縣(市、區(qū))采集32份具典型柑桔黃龍病癥狀的臍橙葉片樣品,運用PCR-RFLP(聚合酶鏈式反應-限制性長度多態(tài)性分析)技術(shù)研究柑桔黃龍病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA間隔區(qū)序列和核糖體蛋白基因的多態(tài)性,并對3個基因片段進行測序,分析序列的堿基含量、堿基轉(zhuǎn)換率與顛換率、相似性、核苷酸遺傳距離和系統(tǒng)進化特征。結(jié)果表明,供試贛南柑桔黃龍病菌樣品在3個基因片段上的RFLP指紋圖譜均一致,未表現(xiàn)出多態(tài)性,且序列相似性均在98%100%;序列堿基中的GC含量以16SrDNA最大,序列堿基的轉(zhuǎn)換率/顛換率以16SrDNA最小;贛南柑桔黃龍病菌樣品與亞洲種Candidatus Liberibacter asiaticus之間的序列相似性最大、核苷酸遺傳距離最小,在系統(tǒng)進化中歸屬亞洲種。
【文章來源】:中國南方果樹. 2017,46(02)北大核心
【文章頁數(shù)】:5 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 材料
1.1.1 供試樣品
1.1.2 主要試劑
1.1.3 引物
1.2 方法
1.2.1 樣品總DNA的提取
1.2.2 目的基因的PCR擴增
1.2.3 目的基因的RFLP分析
1.2.4 序列分析及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
2 結(jié)果與分析
2.1 PCR擴增結(jié)果
2.2 PCR產(chǎn)物的RFLP分析
2.3 序列分析
2.3.1 序列的堿基含量
2.3.2 序列堿基的轉(zhuǎn)換率與顛換率
2.3.3 序列的相似性
2.3.4 核苷酸的遺傳距離
2.4 系統(tǒng)進化分析
3 小結(jié)與討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于SSR標記的贛南柑桔黃龍病菌遺傳多樣性分析[J]. 盧占軍,劉映雪,丁鵬,趙培婭,黃愛軍,蘇華楠,鐘八蓮. 中國南方果樹. 2016(05)
[2]基于16S rDNA序列比對分析贛南臍橙上柑橘黃龍病病原的分子特征[J]. 易龍,盧占軍,鐘八蓮,賴曉樺,陳慈相. 果樹學報. 2011(06)
[3]柑橘黃龍病菌核糖體蛋白基因的多態(tài)性及系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 鹿連明,范國成,姚錦愛,胡秀榮,陳國慶. 浙江大學學報(農(nóng)業(yè)與生命科學版). 2011(02)
[4]柑橘黃龍病菌亞洲種16S rDNA和16S-23S rDNA間隔區(qū)的PCR-RFLP及序列分析[J]. 鹿連明,姚錦愛,張利平,胡秀榮,黃振東,陳國慶. 中國農(nóng)學通報. 2010(24)
[5]中國不同地區(qū)亞洲韌皮桿菌遺傳多樣性分析[J]. 王中康,周彬彬,田圣超,石小剛,賢家旭,陳世偉,殷幼平. 植物病理學報. 2009(06)
[6]中國柑橘黃龍病病原16S rDNA序列研究[J]. 丁芳,洪霓,鐘云,易干軍,王國平. 園藝學報. 2008(05)
[7]柑桔黃梢(黃龍)病研究 Ⅰ.病情調(diào)查[J]. 林孔湘. 植物病理學報. 1956(01)
博士論文
[1]中國柑橘黃龍病病原調(diào)查、種群遺傳分化及其原噬菌體溶菌酶蛋白原核表達[D]. 蘇華楠.西南大學 2013
本文編號:3239126
【文章來源】:中國南方果樹. 2017,46(02)北大核心
【文章頁數(shù)】:5 頁
【文章目錄】:
1 材料與方法
1.1 材料
1.1.1 供試樣品
1.1.2 主要試劑
1.1.3 引物
1.2 方法
1.2.1 樣品總DNA的提取
1.2.2 目的基因的PCR擴增
1.2.3 目的基因的RFLP分析
1.2.4 序列分析及構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
2 結(jié)果與分析
2.1 PCR擴增結(jié)果
2.2 PCR產(chǎn)物的RFLP分析
2.3 序列分析
2.3.1 序列的堿基含量
2.3.2 序列堿基的轉(zhuǎn)換率與顛換率
2.3.3 序列的相似性
2.3.4 核苷酸的遺傳距離
2.4 系統(tǒng)進化分析
3 小結(jié)與討論
【參考文獻】:
期刊論文
[1]基于SSR標記的贛南柑桔黃龍病菌遺傳多樣性分析[J]. 盧占軍,劉映雪,丁鵬,趙培婭,黃愛軍,蘇華楠,鐘八蓮. 中國南方果樹. 2016(05)
[2]基于16S rDNA序列比對分析贛南臍橙上柑橘黃龍病病原的分子特征[J]. 易龍,盧占軍,鐘八蓮,賴曉樺,陳慈相. 果樹學報. 2011(06)
[3]柑橘黃龍病菌核糖體蛋白基因的多態(tài)性及系統(tǒng)發(fā)育分析[J]. 鹿連明,范國成,姚錦愛,胡秀榮,陳國慶. 浙江大學學報(農(nóng)業(yè)與生命科學版). 2011(02)
[4]柑橘黃龍病菌亞洲種16S rDNA和16S-23S rDNA間隔區(qū)的PCR-RFLP及序列分析[J]. 鹿連明,姚錦愛,張利平,胡秀榮,黃振東,陳國慶. 中國農(nóng)學通報. 2010(24)
[5]中國不同地區(qū)亞洲韌皮桿菌遺傳多樣性分析[J]. 王中康,周彬彬,田圣超,石小剛,賢家旭,陳世偉,殷幼平. 植物病理學報. 2009(06)
[6]中國柑橘黃龍病病原16S rDNA序列研究[J]. 丁芳,洪霓,鐘云,易干軍,王國平. 園藝學報. 2008(05)
[7]柑桔黃梢(黃龍)病研究 Ⅰ.病情調(diào)查[J]. 林孔湘. 植物病理學報. 1956(01)
博士論文
[1]中國柑橘黃龍病病原調(diào)查、種群遺傳分化及其原噬菌體溶菌酶蛋白原核表達[D]. 蘇華楠.西南大學 2013
本文編號:3239126
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