為探究赤眼鱒（Squaliobarbuscurriculus）β-肌動蛋白（β-actin）基因的結構和表達特性,本文采用RT-PCR技術和RACE法,從赤眼鱒肝臟中獲得了赤眼鱒β-actin cDNA全長序列（GenBank:MT119965）,該基因c DNA全長共1 816 bp,由94 bp的5’端非編碼區(qū), 594 bp的3’端非編碼區(qū)和1 128 bp的開放閱讀框（95-1222）組成,閱讀框共編碼375個氨基酸。通過序列比對和系統(tǒng)進化樹的構建,赤眼鱒β-actin與鯉科魚類聚為一支且與鯪魚、鯽魚、黃顙魚等多個物種的β-actin氨基酸同源性都為99%。熒光定量（qPCR）表達分析顯示,β-actin在赤眼鱒肌肉、腸、脾臟、皮膚、血液、鰓、體腎、頭腎、心臟和肝臟十個組織中都有表達,但不同組織的表達量存在差異。利用Best keeper軟件對赤眼鱒體內的延伸因子1（elongation factor 1, EF1）和β-actin基因進行穩(wěn)定性對比,發(fā)現(xiàn)β-actin基因穩(wěn)定性低于EF1基因。以上結果為赤眼鱒的分子系統(tǒng)進化研究提供證據,也為赤眼鱒功能基因表達研究提供參考依據。 

【文章來源】：湖南文理學院學報(自然科學版). 2020,32(03)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

SWISS-MODEL預測赤眼鱒β-肌動蛋白同源三級結構模型

利用Best Keeper軟件計算得到β-actin與EF1兩個基因的CP最小值(min)、CP最大值(max)、相關系數(shù)(r)、標準偏差(SD)和變異系數(shù)(CV),β-actin的三個數(shù)值均高于EF1,相關系數(shù)兩者相差不大,但EF1的標準偏差和變異系數(shù)均顯著小于β-actin(表2)。根據Best Keeper軟件穩(wěn)定性的判定標準[26],綜合可得,EF1的穩(wěn)定性高于β-actin,EF1更適合作為赤眼鱒的內參基因。3 討論

赤眼鱒β-actin基因c DNA全長共1 816 bp(GenBank:MT119965),開放閱讀框(95-1222)1 128 bp,編碼375個氨基酸,5’端非編碼區(qū)為94 bp,3’端非編碼區(qū)為594 bp,推算的分子量約為41.75 kDa,理論等電點5.30。3’端非編碼區(qū)還含有1個“AATAAA”的m RNA加尾信號(圖1)。圖1 赤眼鱒β-actin基因序列

【參考文獻】：
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碩士論文
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本文編號：3239108