研究背景和目的:肝細(xì)胞肝癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）是全球常見(jiàn)的惡性腫瘤之一,每年的發(fā)病人數(shù)約為523,432例,其中中國(guó)發(fā)病人數(shù)約占總病例數(shù)56%。肝細(xì)胞肝癌的病因包括:乙型肝炎病毒（Hepatitis B virus,HBV）和丙型肝炎病毒（Hepatitis C virus,HCV）感染、酗酒、黃曲霉素以及非酒精性脂肪肝等。目前,對(duì)于HCC發(fā)生的分子機(jī)制有很多新進(jìn)展。肝癌組織中存在許多基因組的改變,包括表達(dá)調(diào)控的變化、染色體結(jié)構(gòu)異常以及單核苷酸變異等,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)基因突變以及表達(dá)調(diào)控發(fā)生變化均與HCC的發(fā)展有重要關(guān)系。目前與人類(lèi)肝癌的發(fā)生有關(guān)的驅(qū)動(dòng)基因（Drivergene）有:TP53、ARID1A CTNNNB、NRAS、RB1、BCL9、CDKN2 和PTEN等,但仍有許多與肝癌發(fā)生發(fā)展相關(guān)的基因有待進(jìn)一步確定,并且肝癌組織中體細(xì)胞突變表達(dá)模式以及表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)未被深入研究。方法:（1）我們以9個(gè)HBV相關(guān)HCC組織以及匹配的硬化組織為研究對(duì)象,對(duì)其mRNA測(cè)序（RNA-Seq）數(shù)據(jù)進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted gene co-e... 

【文章來(lái)源】：重慶醫(yī)科大學(xué)重慶市

【文章頁(yè)數(shù)】：108 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖１．１?ＷＧＣＮＡ的一Ｍ分析流程??Ｆｉｇｕｒｅ?１．１?Ｔｈｅ?ａｎａｌｙｚｅｄ?ｐｉｐｅｌｉｎｅ?ｆｏｒ?ＷＧＣＮＡ??

?ｍ?ＩＥ６??８?１?８?８?ｉ?§?§?ｓ?８?§?８?ｓ?８?８?§?１?〇?１??圖１．３肝癌與硬化組織中有顯著意義ＤＥＧｓ的聚類(lèi)分析。行代表基Ｈ，列代表樣本。根據(jù)完全連??鎖和Ｐｅａｒｓｏｎ距離，ＤＥＧｓ的無(wú)監(jiān)督聚類(lèi)分析產(chǎn)生樹(shù)狀圖。不同的彩條表示不同的簇。??Ｆｉｇｕｒｅ?１．３?Ｃｌｕｓｔｅｒ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ?ＤＥＧｓ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｎｉｎｅ?ｌｉｖｅｒ?ｃａｎｃｅｒ?ａｎｄ?ｃｉｒｒｈｏｔｉｃ?ｔｉｓｓｕｅｓ．??Ｒｏｗｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ?ｇｅｎｅｓ，?ａｎｄ?ｃｏｌｕｍｎｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ?ｓａｍｐｌｅｓ．?Ｔｈｅ?ｄｅｎｄｒｏｇｒａｍ?ｗａｓ?ｇｅｎｅｒａｔｅｄ?ｆｒｏｍ?ｕｎｓｕｐｅｒｖｉｓｅｄ??ｃｌｕｓｔｅｒ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ＤＥＧｓ?ｂａｓｅｄ?ｏｎ?ｃｏｍｐｌｅｔｅ?ｌｉｎｋａｇｅ?ａｎｄ?Ｐｅａｒｓｏｎ?ｄｉｓｔａｎｃｅｓ．?Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｏｌｏｕｒｅｄ?ｂａｒｓ??ｉｎｄｉｃａｔｅ?ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ?ｃｌｕｓｔｅｒｓ．??３０??

本部分研宄使用ＷＧＣＮＡ構(gòu)建基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。我們將基囡模塊所含最小基??因數(shù)目設(shè)定為１５，分析整合特征向黃基因（Ｍｏｄｕｌｅｅｉｇｅｎｇｅｎｅ）模塊。ＷＧＣＮＡ合??并相似性模塊后共識(shí)別了?１１個(gè)基因模塊（圖１．６），模塊內(nèi)包含的基因數(shù)目范圍為??２１至９４個(gè)。然而，２６３個(gè)棊因沒(méi)有與其他基因形成共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，以ＭＥｇｒｅｙ模塊??表示９基因模塊與ＨＣＣ臨床特征（如性別、年齡、腫瘤位置、腫瘤分級(jí)和ＡＦＰ??水平）之間的關(guān)聯(lián)被識(shí)別（圖１．７）。ＭＥｂｌａｃｋ模塊與腫瘤分級(jí)（Ｔｕｍｏｒ?ｇｒａｄｅ）呈??顯著正相關(guān)（ｒ＝０．７８，ｐ＝０．０１?）；ＭＥｔａｎ和ＭＥｂｌｕｅ模塊分別與血清ＡＦＰ水平（ｒ＝－０．９５，??ｐ＝８ｅ－０５）和ＡＦＰ高／低特征（ｒ＝－０．７７，ｐ＝０．０２）呈顯著負(fù)相關(guān)。本研究中，??３４??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3211193