目的通過對皮膚鱗狀細胞癌（cSCC）基因表達的數(shù)據(jù)分析找到異常表達的基因群,明確這些差異基因的功能、參與的信號傳導(dǎo)通路,并找出具有標(biāo)志性功能的樞紐基因,進一步探討cSCC的分子機制。方法從Gene Expression Omnibus（GEO）數(shù)據(jù)庫中下載GSE66359的基因表達數(shù)據(jù),對差異基因進行基因本體論（GO）分析和基于京都基因和基因組數(shù)據(jù)庫的通路分析（KEGG通路分析）,并應(yīng)用Cytoscape軟件構(gòu)建差異基因產(chǎn)物的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò),篩選樞紐基因。結(jié)果該cSCC基因芯片數(shù)據(jù)中共有894個差異基因,其中438個上調(diào)基因,456個下調(diào)基因。GO分析顯示上調(diào)基因主要富集的生物進程為:有絲分裂細胞周期過程,染色體分離;下調(diào)基因:角質(zhì)形成細胞分化。KEGG分析顯示,上調(diào)基因主要富集的信號通路:DNA復(fù)制、細胞周期;下調(diào)基因:MAPK信號通路、Notch信號通路。通過構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)得到了前10位樞紐基因SHC1、AURKB、SMC4、PLK1、PCNA、PTTG1、BRCA1、MCM2、EphB2、HDAC,這些基因參與3條重要通路,包括細胞周期、DNA復(fù)制和蛋白酶體。結(jié)論 ... 

【文章來源】：青島大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2018,54(02)

【文章頁數(shù)】：7 頁

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 基因芯片數(shù)據(jù)
    1.2 差異基因篩選
    1.3 差異基因的基因本體論 (GO) 分析和通路分析
    1.4 蛋白相互作用 (PPI) 網(wǎng)絡(luò)整合及模塊分析
2 結(jié)果
    2.1 篩選差異表達基因
    2.2 GO分析
    2.3 KEGG信號通路分析
    2.4 蛋白質(zhì)PPI分析
3 討論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]中國西部兩醫(yī)院1905例皮膚惡性腫瘤回顧分析[J]. 高天文,孫東杰,李春英,何弘,李青,劉友生,刁慶春,黃高升,郝飛,鐘白玉,馬福成,柳鳳軒,閆小初,劉東梅,劉玉峰,劉榮卿.  北京大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2004(05)



本文編號：3174991