幽門螺桿菌抗生素耐藥基因突變位點(diǎn)鑒定與幽門螺桿菌感染相關(guān)胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-04-25 06:39
目的:幽門螺桿菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染是多種胃疾病的重要病因,截止目前其致病機(jī)制仍不十分清楚。近年來,隨著根除治療的廣泛實(shí)施,H.pylori對(duì)抗生素的耐藥性逐年增加。本研究在前期工作基礎(chǔ)之上主要聚焦于兩個(gè)方面,1.篩選鑒定與H.pylori克拉霉素(clarithromycin,CAM),左氧氟沙星(levofloxacin,LVX)和甲硝唑(metronidazole,MNZ)耐藥相關(guān)基因突變位點(diǎn);2.構(gòu)建H.pylori感染相關(guān)胃癌差異基因ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò),探討相關(guān)分子的生物學(xué)功能和預(yù)后相關(guān)性。本研究將為H.pylori感染相關(guān)耐藥性與致病性的進(jìn)一步深入研究提供線索和理論依據(jù)。研究方法:1.利用分子對(duì)接模擬分析本組前期研究獲得的9個(gè)23S rRNA耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)、35個(gè)rdxA耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)、4個(gè)gyrA耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)與CAM,LVX和MNZ之間的相互作用,以明確可能的耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)。進(jìn)一步利用自然轉(zhuǎn)化方法對(duì)篩選出的部分位點(diǎn)進(jìn)行體外驗(yàn)證。2.從TCGA數(shù)據(jù)庫中提取有或無H.pylori感染的胃癌患者RNA表達(dá)數(shù)據(jù),包括20例H....
【文章來源】:中國(guó)醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮略語
第一部分 :幽門螺桿菌抗生素耐藥基因突變位點(diǎn)分析鑒定
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要試劑耗材和儀器設(shè)備
2.1.1 主要試劑耗材
2.1.2 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 研究對(duì)象
2.2.2 抗生素與耐藥相關(guān)基因的分子對(duì)接分析
2.2.3 耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)的自然轉(zhuǎn)化驗(yàn)證
3 結(jié)果
3.1 H.pylori23Sr RNA突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.2 H.pylori rdx A突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.3 H.pylori gyr A突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.4 H.pylori耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)的自然轉(zhuǎn)化驗(yàn)證
4 討論
5 結(jié)論
第二部分 :幽門螺桿菌感染相關(guān)胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要試劑耗材和儀器設(shè)備
2.1.1 主要試劑耗材
2.1.2 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 研究對(duì)象
2.2.2 生物信息學(xué)分析
2.2.3 H.pylori感染的判定
2.2.4 組織總RNA提取、反轉(zhuǎn)錄及實(shí)時(shí)熒光定量PCR
2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
3 結(jié)果
3.1 H.pylori感染相關(guān)胃癌DElnc RNA,DEmi RNA和 DEm RNA的篩選鑒定
3.2 H.pylori感染相關(guān)胃癌ce RNA網(wǎng)絡(luò)的建立
3.3 參與ce RNA網(wǎng)絡(luò)的m RNA細(xì)胞功能和通路富集分析
3.4 參與ce RNA網(wǎng)絡(luò)的lnc RNA和 mi RNA的預(yù)后分析
3.5 差異表達(dá)lnc RNA的 q RT-PCR驗(yàn)證
4 討論
5 結(jié)論
本研究創(chuàng)新性的自我評(píng)價(jià)
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
本文編號(hào):3158900
【文章來源】:中國(guó)醫(yī)科大學(xué)遼寧省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
英文縮略語
第一部分 :幽門螺桿菌抗生素耐藥基因突變位點(diǎn)分析鑒定
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要試劑耗材和儀器設(shè)備
2.1.1 主要試劑耗材
2.1.2 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 研究對(duì)象
2.2.2 抗生素與耐藥相關(guān)基因的分子對(duì)接分析
2.2.3 耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)的自然轉(zhuǎn)化驗(yàn)證
3 結(jié)果
3.1 H.pylori23Sr RNA突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.2 H.pylori rdx A突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.3 H.pylori gyr A突變位點(diǎn)分子對(duì)接分析
3.4 H.pylori耐藥相關(guān)突變位點(diǎn)的自然轉(zhuǎn)化驗(yàn)證
4 討論
5 結(jié)論
第二部分 :幽門螺桿菌感染相關(guān)胃癌ceRNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
1 前言
2 材料與方法
2.1 主要試劑耗材和儀器設(shè)備
2.1.1 主要試劑耗材
2.1.2 主要儀器設(shè)備
2.2 方法
2.2.1 研究對(duì)象
2.2.2 生物信息學(xué)分析
2.2.3 H.pylori感染的判定
2.2.4 組織總RNA提取、反轉(zhuǎn)錄及實(shí)時(shí)熒光定量PCR
2.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析
3 結(jié)果
3.1 H.pylori感染相關(guān)胃癌DElnc RNA,DEmi RNA和 DEm RNA的篩選鑒定
3.2 H.pylori感染相關(guān)胃癌ce RNA網(wǎng)絡(luò)的建立
3.3 參與ce RNA網(wǎng)絡(luò)的m RNA細(xì)胞功能和通路富集分析
3.4 參與ce RNA網(wǎng)絡(luò)的lnc RNA和 mi RNA的預(yù)后分析
3.5 差異表達(dá)lnc RNA的 q RT-PCR驗(yàn)證
4 討論
5 結(jié)論
本研究創(chuàng)新性的自我評(píng)價(jià)
參考文獻(xiàn)
綜述
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
本文編號(hào):3158900
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