發(fā)布時(shí)間：2021-04-25 04:26

　　利用已知的生物學(xué)數(shù)據(jù)去發(fā)現(xiàn)致病基因是理解疾病機(jī)理、研制治療藥物、確定醫(yī)療方案的關(guān)鍵,尤其是通過一些相互作用網(wǎng)絡(luò)來呈現(xiàn)疾病與基因的關(guān)系,為致病基因的預(yù)測(cè)提供了強(qiáng)有力的理論支撐。由于目前致病基因的預(yù)測(cè)多是僅僅通過網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)涮卣?并沒有系統(tǒng)的挖掘致病基因的特征,所以本文把網(wǎng)絡(luò)特征、GO（gene ontology）特征和進(jìn)化保守性特征結(jié)起來預(yù)測(cè)老鼠腫瘤的致病基因。本文首先分別從老鼠腫瘤相關(guān)的microRNA和未知的老鼠microRNA表達(dá)量著手,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行t-test和false discovery rate（FDR）校驗(yàn)等處理,計(jì)算其相關(guān)性,比較 Pearson,Spearman,Kendall,Covariance along a Generating Curve 和 Correlation along a Generating Curve（CorGc/CovGc）,最大信息系數(shù)（MaximalInformationCoefficient,MIC）,互信息（MutualInformation,MI）六種相關(guān)性的效果,并構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),分析網(wǎng)絡(luò)特征（度、介數(shù)、聚類系數(shù)等）,然后挖掘出GO特性和進(jìn)... 

【文章來源】：華中師范大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
        1.1.1 腫瘤致病基因的生物學(xué)研究
        1.1.2 腫瘤生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫
    1.2 研究意義
    1.3 論文的組織結(jié)構(gòu)
第二章 老鼠腫瘤致病基因數(shù)據(jù)整合與預(yù)處理
    2.1 致病基因預(yù)測(cè)問題的描述
    2.2 老鼠腫瘤致病基因和未知的老鼠基因的特征數(shù)據(jù)
        2.2.1 老鼠相關(guān)基因數(shù)據(jù)收集
        2.2.2 老鼠相關(guān)基因數(shù)據(jù)預(yù)處理
    2.3 老鼠腫瘤致病基因和未知的老鼠基因相關(guān)性計(jì)算
    2.4 數(shù)據(jù)處理結(jié)果與分析
    2.5 本章小結(jié)
第三章 老鼠腫瘤基因特征的挖掘
    3.1 老鼠基因網(wǎng)絡(luò)特征的挖掘
        3.1.1 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)參數(shù)的計(jì)算
        3.1.2 老鼠腫瘤致病基因與未知老鼠基因結(jié)構(gòu)參數(shù)實(shí)驗(yàn)比較
    3.2 老鼠基因GO特征的提取
    3.3 老鼠基因進(jìn)化保守性特征的挖掘
    3.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
    3.5 本章小結(jié)
第四章 基于機(jī)器學(xué)習(xí)算法的老鼠腫瘤致病基因的預(yù)測(cè)
    4.1 基于KNN和SVM算法的老鼠腫瘤致病基因預(yù)測(cè)
        4.1.1 基于SVM算法的老鼠腫瘤致病基因的預(yù)測(cè)
        4.1.2 SVM核函數(shù)的選擇
        4.1.3 基于KNN算法的老鼠腫瘤致病基因預(yù)測(cè)算法
    4.2 基于KNN-SVM算法的老鼠腫瘤致病基因預(yù)測(cè)
        4.2.1 KNN-SVM的傳統(tǒng)算法
        4.2.2 改進(jìn)的KNN-SVM算法模型
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果和實(shí)例分析
        4.3.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
        4.3.2 十折交叉驗(yàn)證法
        4.3.3 對(duì)比實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
        4.3.4 ROC曲線分析方法結(jié)果
        4.3.5 方法評(píng)價(jià)
    4.4 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)
    5.1 總結(jié)
    5.2 進(jìn)一步工作
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間的科研成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]信息披露質(zhì)量與股權(quán)資本成本關(guān)系研究[J]. 周慧琴,朱亞娜.  北京郵電大學(xué)學(xué)報(bào)(社會(huì)科學(xué)版). 2016(01)
[2]統(tǒng)計(jì)相關(guān)性分析方法研究進(jìn)展[J]. 樊嶸,孟大志,徐大舜.  數(shù)學(xué)建模及其應(yīng)用. 2014(01)
[3]生物基因組非蛋白質(zhì)編碼轉(zhuǎn)錄組學(xué)及研究進(jìn)展[J]. 姜寧,陳啟軍.  中國(guó)基礎(chǔ)科學(xué). 2009(06)

碩士論文
[1]基于模塊歸一化及自適應(yīng)跳轉(zhuǎn)隨機(jī)游走的疾病基因預(yù)測(cè)[D]. 袁杰.華中師范大學(xué) 2016
[2]一種Renyi熵的正交小波變換盲均衡算法及DSP仿真[D]. 張樹艷.安徽理工大學(xué) 2011
[3]基于改進(jìn)互信息的醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)方法研究[D]. 劉青芳.山西大學(xué) 2010



本文編號(hào)：3158699