男性不育患者精液來(lái)源的金黃色葡萄球菌精子制動(dòng)相關(guān)基因研究
發(fā)布時(shí)間：2021-04-16 15:37
目的:分析分離自男性不育癥患者精液的精子制動(dòng)陽(yáng)性金黃色葡萄球菌的全基因組信息,發(fā)掘可能編碼導(dǎo)致精子制動(dòng)的蛋白和基因。方法:收集分離男性不育癥患者精液中的金黃色葡萄球菌（共22株）,并根據(jù)其對(duì)精子的制動(dòng)能力分為精子制動(dòng)陽(yáng)性組與制動(dòng)陰性組,隨后選出各組最具有代表性的菌株MJ015（制動(dòng)陽(yáng)性株）與MJ163（制動(dòng)陰性株）,分別提取其DNA進(jìn)行全基因組測(cè)序,對(duì)獲得的測(cè)序結(jié)果進(jìn)行全基因組序列拼接并提交NCBI進(jìn)行注釋,MJ015的NCBI登錄號(hào)為CP038183,MJ163的NCBI登錄號(hào)為CP038229,同時(shí)使用BRIG軟件進(jìn)行BLAST比對(duì)并制作圈圖,使用Artemis軟件套裝對(duì)MJ015與MJ163進(jìn)行詳細(xì)比對(duì)以尋找目標(biāo)基因。結(jié)果:MJ015的染色體全基因組序列總長(zhǎng)為2 784 836 bp,含有2個(gè)質(zhì)粒,MJ163的染色體全基因組序列總長(zhǎng)為2 746 673 bp,包括1個(gè)質(zhì)粒,MJ015和MJ163的GC含量分別為32.13%、32.08%,MJ015和MJ163分別注釋有2 921個(gè)和2 844個(gè)基因,且經(jīng)過(guò)比對(duì)發(fā)現(xiàn)MJ015與MJ163的全基因組序列有約130 kb的序列未能比對(duì)...
【文章來(lái)源】：中華男科學(xué)雜志. 2020,26(07)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)
【部分圖文】：
菌株ATCC29213、MJ015、MJ163培養(yǎng)物與精子相互作用后的結(jié)果
表3 MJ015全基因組溶原性噬菌體預(yù)測(cè)結(jié)果Table 3. Lysogenic phages predicted in the whole genome sequence of the MJ015 strain Region-locus Length (bp) Completeness CDS (n) Possible LP 1052044-1116531 64 400 Complete 62 PHAGE_Staphy_phiMR11_NC_010147 1854961-1886020 31 000 Incomplete 20 PHAGE_Staphy_80_NC_030652 2008364-2054815 46 400 Complete 64 PHAGE_Staphy_phiNM3_NC_008617 CDS:coding DNA sequence;LP:lysogenic phage.2.5 比對(duì)圈圖繪制
ACT繪制的MJ015和MJ163基因組詳細(xì)比對(duì)圖(MJ163序列在上,MJ015序列在下),在2 006～2 053 kb區(qū)間的差異序列經(jīng)放大后見(jiàn)圖4,sak所在位置由紅色箭頭標(biāo)示。圖4 MJ015與MJ163的部分差異序列詳細(xì)比對(duì)圖
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]男性不育患者精液中金黃色葡萄球菌對(duì)其精子活動(dòng)力的影響[J]. 余亮亮. 中國(guó)計(jì)劃生育學(xué)雜志. 2016(09)
[2]男性不育患者精液中金黃色葡萄球菌及其毒力基因?qū)又苿?dòng)活性研究[J]. 李斌,楊旭,葉建中,陳華樂(lè),侯淵博,杜佳,周鐵麗. 中華男科學(xué)雜志. 2015(10)
[3]Do Ureaplasma urealyticum infections in the genital tract affect semen quality?[J]. Yan Wang~(1.2) Cui-Ling Liang~(2.3) Jun-Qing Wu~2 Chen Xu~4 Shi-Xiao Qin~4 Er-Sheng Gao~21 Shanghai Institute of Planned Parenthood Research,Fudan University,Shanghai 200032,China2 Department of Epidemiology,Shanghai Institute of Planned Parenthood Research,Shanghai 200032,China3 Institute of Population Studies,East China Normal University,Shanghai 200062,China4 Department of Histology and Embryology,School of Medicine,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200025,China. Asian Journal of Andrology. 2006(05)
本文編號(hào)：3141703
【文章來(lái)源】：中華男科學(xué)雜志. 2020,26(07)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)
【部分圖文】：
菌株ATCC29213、MJ015、MJ163培養(yǎng)物與精子相互作用后的結(jié)果
表3 MJ015全基因組溶原性噬菌體預(yù)測(cè)結(jié)果Table 3. Lysogenic phages predicted in the whole genome sequence of the MJ015 strain Region-locus Length (bp) Completeness CDS (n) Possible LP 1052044-1116531 64 400 Complete 62 PHAGE_Staphy_phiMR11_NC_010147 1854961-1886020 31 000 Incomplete 20 PHAGE_Staphy_80_NC_030652 2008364-2054815 46 400 Complete 64 PHAGE_Staphy_phiNM3_NC_008617 CDS:coding DNA sequence;LP:lysogenic phage.2.5 比對(duì)圈圖繪制
ACT繪制的MJ015和MJ163基因組詳細(xì)比對(duì)圖(MJ163序列在上,MJ015序列在下),在2 006～2 053 kb區(qū)間的差異序列經(jīng)放大后見(jiàn)圖4,sak所在位置由紅色箭頭標(biāo)示。圖4 MJ015與MJ163的部分差異序列詳細(xì)比對(duì)圖
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]男性不育患者精液中金黃色葡萄球菌對(duì)其精子活動(dòng)力的影響[J]. 余亮亮. 中國(guó)計(jì)劃生育學(xué)雜志. 2016(09)
[2]男性不育患者精液中金黃色葡萄球菌及其毒力基因?qū)又苿?dòng)活性研究[J]. 李斌,楊旭,葉建中,陳華樂(lè),侯淵博,杜佳,周鐵麗. 中華男科學(xué)雜志. 2015(10)
[3]Do Ureaplasma urealyticum infections in the genital tract affect semen quality?[J]. Yan Wang~(1.2) Cui-Ling Liang~(2.3) Jun-Qing Wu~2 Chen Xu~4 Shi-Xiao Qin~4 Er-Sheng Gao~21 Shanghai Institute of Planned Parenthood Research,Fudan University,Shanghai 200032,China2 Department of Epidemiology,Shanghai Institute of Planned Parenthood Research,Shanghai 200032,China3 Institute of Population Studies,East China Normal University,Shanghai 200062,China4 Department of Histology and Embryology,School of Medicine,Shanghai Jiaotong University,Shanghai 200025,China. Asian Journal of Andrology. 2006(05)
本文編號(hào)：3141703
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