目的:分析分離自男性不育癥患者精液的精子制動陽性金黃色葡萄球菌的全基因組信息,發(fā)掘可能編碼導(dǎo)致精子制動的蛋白和基因。方法:收集分離男性不育癥患者精液中的金黃色葡萄球菌（共22株）,并根據(jù)其對精子的制動能力分為精子制動陽性組與制動陰性組,隨后選出各組最具有代表性的菌株MJ015（制動陽性株）與MJ163（制動陰性株）,分別提取其DNA進(jìn)行全基因組測序,對獲得的測序結(jié)果進(jìn)行全基因組序列拼接并提交NCBI進(jìn)行注釋,MJ015的NCBI登錄號為CP038183,MJ163的NCBI登錄號為CP038229,同時使用BRIG軟件進(jìn)行BLAST比對并制作圈圖,使用Artemis軟件套裝對MJ015與MJ163進(jìn)行詳細(xì)比對以尋找目標(biāo)基因。結(jié)果:MJ015的染色體全基因組序列總長為2 784 836 bp,含有2個質(zhì)粒,MJ163的染色體全基因組序列總長為2 746 673 bp,包括1個質(zhì)粒,MJ015和MJ163的GC含量分別為32.13%、32.08%,MJ015和MJ163分別注釋有2 921個和2 844個基因,且經(jīng)過比對發(fā)現(xiàn)MJ015與MJ163的全基因組序列有約130 kb的序列未能比對... 

【文章來源】：中華男科學(xué)雜志. 2020,26(07)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

菌株ATCC29213、MJ015、MJ163培養(yǎng)物與精子相互作用后的結(jié)果

表3 MJ015全基因組溶原性噬菌體預(yù)測結(jié)果Table 3. Lysogenic phages predicted in the whole genome sequence of the MJ015 strain Region-locus Length (bp) Completeness CDS (n) Possible LP 1052044-1116531 64 400 Complete 62 PHAGE_Staphy_phiMR11_NC_010147 1854961-1886020 31 000 Incomplete 20 PHAGE_Staphy_80_NC_030652 2008364-2054815 46 400 Complete 64 PHAGE_Staphy_phiNM3_NC_008617 CDS:coding DNA sequence;LP:lysogenic phage.2.5 比對圈圖繪制

ACT繪制的MJ015和MJ163基因組詳細(xì)比對圖(MJ163序列在上,MJ015序列在下),在2 006～2 053 kb區(qū)間的差異序列經(jīng)放大后見圖4,sak所在位置由紅色箭頭標(biāo)示。圖4 MJ015與MJ163的部分差異序列詳細(xì)比對圖

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3141703