基于生物信息學(xué)分析的肺腺癌診斷及預(yù)后相關(guān)基因篩選
發(fā)布時間:2021-03-31 18:36
本文運用生物信息學(xué)方法分析肺腺癌潛在的診斷及預(yù)后基因,并從分子和蛋白水平上探究其潛在的發(fā)病機制。從基因表達數(shù)據(jù)庫(GEO)下載GSE63459、GSE27262和GSE75037的表達數(shù)據(jù),將3個微陣列數(shù)據(jù)集整理取得差異表達基因,得出包括上調(diào)82個、下調(diào)273個的差異基因,并通過DAVID數(shù)據(jù)挖掘平臺對這些差異基因進行功能及通路富集分析;虮倔w(GO)富集分析顯示:基因產(chǎn)物與膠原蛋白分解代謝、血管生成以及細胞黏附等生物過程密切相關(guān),主要參與組成細胞外基質(zhì)、胞外區(qū)域、胞外體、膠原三聚體等細胞組分,且主要發(fā)揮調(diào)節(jié)金屬內(nèi)肽酶活性、肝素結(jié)合、調(diào)節(jié)受體活性等分子功能;京都基因基因組百科全書(KEGG)分析主要涉及胞外基質(zhì)-受體信號通路、黏著斑信號通路、轉(zhuǎn)化生長因子-β(TGF-β)信號通路、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K-Akt)信號通路等相關(guān)通路。運用STRING在線數(shù)據(jù)庫并結(jié)合Cytoscape軟件構(gòu)建蛋白-蛋白互助(PPI)網(wǎng)絡(luò),篩選出最重要的基因模塊及10個關(guān)鍵基因,利用Kaplan-Meier曲線分析預(yù)后,利用GEPIA和THPA在線數(shù)據(jù)庫從基因和蛋白水平來驗證分析關(guān)鍵基因與患者的預(yù)...
【文章來源】:激光生物學(xué)報. 2020,29(05)
【文章頁數(shù)】:11 頁
【部分圖文】:
差異基因的韋恩圖、最重要的DEGs模塊和蛋白互助網(wǎng)絡(luò)圖
關(guān)鍵基因的差異表達熱圖和生物學(xué)過程分析
9個核心基因總生存率分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]COL1A1敲除抑制卵巢癌細胞 ES-2增殖[J]. 錢若文軒,楊柳青,石子晴,陳子彥,胡漢寅,鄒尚樸,朱恒延,潘巍巍. 中國病理生理雜志. 2020(01)
[2]SPP1對人結(jié)直腸癌細胞侵襲、轉(zhuǎn)移及上皮間質(zhì)化的影響[J]. 鞏發(fā)海,楊寶,孫書豪,陳托,彭根遠,李海. 寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2019(06)
[3]CTHRC1調(diào)控COL1A1過表達促進胃癌細胞增殖的研究[J]. 湯月良,梁永藝,鄧冠群,黃延年. 解放軍醫(yī)學(xué)雜志. 2019(06)
[4]MMP9、TIMP1、CCL21在結(jié)直腸癌患者血清中的表達水平及與預(yù)后的關(guān)系[J]. 張觀朝,徐兵,陳智年. 癌癥進展. 2019(05)
[5]Biomarker identification and trans-regulatory network analyses in esophageal adenocarcinoma and Barrett’s esophagus[J]. Jing Lv,Lei Guo,Ji-Han Wang,Yu-Zhu Yan,Jun Zhang,Yang-Yang Wang,Yan Yu,Yun-Fei Huang,He-Ping Zhao. World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[6]NOX-4調(diào)控PI3K信號通路參與TGF-β1誘導(dǎo)肺癌細胞表達Ⅰ型膠原蛋白[J]. 董年,余埡妮,吳登敏,王蓓蓓,應(yīng)趙建,裘丹萍,董莉,陳成水. 中國病理生理雜志. 2018(06)
[7]浸潤性肺腺癌組織上調(diào)表達基因的篩選及驗證[J]. 劉超武,續(xù)力云,陳軍,樂涵波. 浙江醫(yī)學(xué). 2018(03)
[8]蘿卜硫素對結(jié)直腸癌SW620細胞增殖、凋亡及遷移的影響[J]. 羅真真,張震,喬亞敏,陳新峰,黃嵐,張毅. 鄭州大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2017(03)
[9]腫瘤標志物在肺癌的早期診斷及預(yù)后評估中的研究進展[J]. 王柳倩,馬為. 現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué). 2014(12)
[10]NF-κB對人結(jié)腸癌細胞上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化及侵襲轉(zhuǎn)移的影響[J]. 劉寶玉,黃杰安,劉詩權(quán),李素艷,徐春燕,梁夢紫,譚林,覃蒙斌. 世界華人消化雜志. 2014(23)
本文編號:3111891
【文章來源】:激光生物學(xué)報. 2020,29(05)
【文章頁數(shù)】:11 頁
【部分圖文】:
差異基因的韋恩圖、最重要的DEGs模塊和蛋白互助網(wǎng)絡(luò)圖
關(guān)鍵基因的差異表達熱圖和生物學(xué)過程分析
9個核心基因總生存率分析
【參考文獻】:
期刊論文
[1]COL1A1敲除抑制卵巢癌細胞 ES-2增殖[J]. 錢若文軒,楊柳青,石子晴,陳子彥,胡漢寅,鄒尚樸,朱恒延,潘巍巍. 中國病理生理雜志. 2020(01)
[2]SPP1對人結(jié)直腸癌細胞侵襲、轉(zhuǎn)移及上皮間質(zhì)化的影響[J]. 鞏發(fā)海,楊寶,孫書豪,陳托,彭根遠,李海. 寧夏醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 2019(06)
[3]CTHRC1調(diào)控COL1A1過表達促進胃癌細胞增殖的研究[J]. 湯月良,梁永藝,鄧冠群,黃延年. 解放軍醫(yī)學(xué)雜志. 2019(06)
[4]MMP9、TIMP1、CCL21在結(jié)直腸癌患者血清中的表達水平及與預(yù)后的關(guān)系[J]. 張觀朝,徐兵,陳智年. 癌癥進展. 2019(05)
[5]Biomarker identification and trans-regulatory network analyses in esophageal adenocarcinoma and Barrett’s esophagus[J]. Jing Lv,Lei Guo,Ji-Han Wang,Yu-Zhu Yan,Jun Zhang,Yang-Yang Wang,Yan Yu,Yun-Fei Huang,He-Ping Zhao. World Journal of Gastroenterology. 2019(02)
[6]NOX-4調(diào)控PI3K信號通路參與TGF-β1誘導(dǎo)肺癌細胞表達Ⅰ型膠原蛋白[J]. 董年,余埡妮,吳登敏,王蓓蓓,應(yīng)趙建,裘丹萍,董莉,陳成水. 中國病理生理雜志. 2018(06)
[7]浸潤性肺腺癌組織上調(diào)表達基因的篩選及驗證[J]. 劉超武,續(xù)力云,陳軍,樂涵波. 浙江醫(yī)學(xué). 2018(03)
[8]蘿卜硫素對結(jié)直腸癌SW620細胞增殖、凋亡及遷移的影響[J]. 羅真真,張震,喬亞敏,陳新峰,黃嵐,張毅. 鄭州大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2017(03)
[9]腫瘤標志物在肺癌的早期診斷及預(yù)后評估中的研究進展[J]. 王柳倩,馬為. 現(xiàn)代腫瘤醫(yī)學(xué). 2014(12)
[10]NF-κB對人結(jié)腸癌細胞上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化及侵襲轉(zhuǎn)移的影響[J]. 劉寶玉,黃杰安,劉詩權(quán),李素艷,徐春燕,梁夢紫,譚林,覃蒙斌. 世界華人消化雜志. 2014(23)
本文編號:3111891
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