目的:采用RNA-Seq技術(shù)和生物信息學(xué)分析的方法,研究骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞（BMSCs）向睪丸間質(zhì)細(xì)胞（LC）分化中的信號通路及基因表達(dá)差異,探索其分化機(jī)制。方法:將經(jīng)純化鑒定的骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞（BMSCs）接種于培養(yǎng)皿,設(shè)置A組為對照組,B組為實驗組。實驗組添加bFGF+PDGF+hCG誘導(dǎo)BMSCs向LC分化。誘導(dǎo)21d,分別提取A組0天（BMSCs）、B組7d、14d、21d以及分化成功的睪丸間質(zhì)細(xì)胞（Leydigs cell）的RNA進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,并根據(jù)mRNA測序結(jié)果進(jìn)行以下分析:1.差異篩選標(biāo)準(zhǔn)。使用最新的轉(zhuǎn)錄本組裝軟件String Tie對reads進(jìn)行拼接組裝,并對拼接轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行注釋。使用R語言的Ballgown包對StringTie組裝和定量完畢的mRNA進(jìn)行差異分析設(shè)置篩選條件為:|log2FC|>2。2.篩選差異表達(dá)基因�；贕ene ontology數(shù)據(jù)庫以及KEGG通路數(shù)據(jù)庫對差異表達(dá)基因進(jìn)行功能以及通路富集分析。3.差異表達(dá)分析。我們使用R包Ballgown進(jìn)行差異表達(dá)分析和可視化繪圖。RNA的表達(dá)水平主要采用RPKM或者FPKM度量RNA表達(dá)的豐度值... 

【文章來源】：山西醫(yī)科大學(xué)山西省

【文章頁數(shù)】：42 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

A、B、C、D分別為BMSCs、7d、21d、LC測序結(jié)果堿基組成情況

山西醫(yī)科大學(xué)（博）碩士學(xué)位論文112.3各階段之間的差異基因表達(dá)分析圖2.2顯示了BMSCs各階段普遍和差異基因的表達(dá)。基于BMSCs共同顯著性差異，利用R軟件制作熱圖（圖2.3）。每一列代表一個生物樣本，每一行代表一個基因，顏色表示bFGF誘導(dǎo)前后BMSCs間基因的表達(dá)水平。共計基因7546個，對應(yīng)持續(xù)上調(diào)基因356個，對應(yīng)持續(xù)下調(diào)基因960個，基因表達(dá)的散點圖如圖2.4所示。圖2.2利用BioconductorpackageVenn圖鑒定BMSCs分化過程中各階段常見的差異表達(dá)基因。以log2FC>2為截斷值。

山西醫(yī)科大學(xué)（博）碩士學(xué)位論文12圖2.3BMSCs分化各階段顯著差異表達(dá)基因熱圖。紅色和綠色分別代表高表達(dá)和低表達(dá)基因。圖2.4差異表達(dá)基因散點圖（紅色原點表示上調(diào)基因，綠色原點表示下調(diào)基因，灰色原點表示非差異基因）2.4差異表達(dá)基因的富集分析我們對各組數(shù)據(jù)進(jìn)行KEGG通路富集分析，pathway方面的前10個最明顯的富集結(jié)果如圖2.5所示，其中Wnt信號通路富集數(shù)量最多。對Wnt基因進(jìn)行GO功能富集分析，發(fā)現(xiàn)上調(diào)和下調(diào)的基如圖2.6所示，其中Wnt5a，Depdc1b、DKK3，Gli3

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3108309