本研究分為四個部分:1、基于TCGA數(shù)據(jù)庫的結腸腺癌差異基因及預后相關基因生物信息學分析;2、基于TCGA數(shù)據(jù)庫的結腸癌患者趨化因子CXC亞家族基因表達的診斷和預后價值分析;3、廣西醫(yī)科大學一附院隊列中CXCL8、CXCL3和CXCL1表達在結腸腺癌中的診斷與預后價值分析;4、利用小RNA干擾技術,分析SW620、RKO結腸癌細胞株中的CXCL8基因的生物學功能。第一部分 基于TCGA數(shù)據(jù)庫的結腸腺癌差異基因及預后相關基因生物信息學分析目的:通過分析癌癥基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)庫中結腸腺癌（COAD）的全基因組表達芯片數(shù)據(jù)集,鑒定COAD發(fā)生發(fā)展過程中的基因特征并評估其作為腫瘤生物標志物的潛力。材料與方法:從TCGA數(shù)據(jù)庫下載COAD相關的mRNA測序數(shù)據(jù)集。使用R平臺的edgeR和DESeq軟件包篩選出COAD癌組織和癌旁正常結腸組織差異表達基因并用韋恩圖過濾出交集,再用R平臺的surviva1軟件包校正影響因子后計算出與COAD預后相關的基因,用韋恩圖過濾出與預后有關的差異基因,然后將這些不同作用的基因集合進行基因功能富集分析、信號通路富集分析、構建蛋白間和基因間相互作用網(wǎng)絡等生... 

【文章來源】：廣西醫(yī)科大學廣西壯族自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：224 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１－１：?ＴＣＧＡ?ＣＯＡＤ數(shù)據(jù)使用授權許可截圖??２．?２?ｍＲＮＡ測序數(shù)據(jù)資料??ＣＯＡＤ?的?ｍＲＮＡ?測序數(shù)據(jù)集從ＴＣＧＡ?下載（ｈｔｔｐｓ?：／／ｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｅ．??

圖１－８利用ＤＡＶＩＤ分析對ＧＯＡＤ的差異基因富集到的ＧＯ術語和ＫＥＧＧ路徑??３．?１．?３從ＰＰＩ網(wǎng)絡中鑒定核心（ｈｕｂ）基因和ＭＣ０ＤＥ分析??我們進行ＳＴＭＮＧ分析以鑒定出基因的節(jié)點度及具有最高相互作用程度??

圖１－１０來自蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡的前３個糢塊

【參考文獻】：
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本文編號：3078380