本研究以馬氏珠母貝類胡蘿卜素高含量個(gè)體（HC）與類胡蘿卜素低含量個(gè)體（LC）為材料進(jìn)行RNA-Seq測序,篩選類胡蘿卜素代謝相關(guān)差異基因,并用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)（qRT-PCR）對相關(guān)基因在馬氏珠母貝不同組織的表達(dá)模式進(jìn)行探究。對PmSR-BI-b、PmβCDIOX基因的外顯子區(qū)和5′調(diào)控區(qū)SNP標(biāo)記與類胡蘿卜素含量相關(guān)性分析,篩選優(yōu)異基因型。主要研究結(jié)果如下:1、本研究利用Illumina測序技術(shù)對類胡蘿卜素高含量和類胡蘿卜素低含量個(gè)體的閉殼肌進(jìn)行RNA-Seq測序,兩個(gè)樣本之間發(fā)現(xiàn)18,527個(gè)差異表達(dá)基因,以LC為對照組,其中12,253個(gè)上調(diào),6,274個(gè)下調(diào);以FDR≤0.001且倍數(shù)差異在2倍以上為條件進(jìn)行顯著差異基因的篩選,發(fā)現(xiàn)上調(diào)的基因有867個(gè),下調(diào)的基因有158個(gè)。富集到了2條與類胡蘿卜素代謝相關(guān)的pathway,分別是脂肪酸生物合成,脂肪的消化和吸收。2、結(jié)合unigene注釋與動物體內(nèi)類胡蘿卜素代謝通路,篩選4個(gè)可能參與貝類胡蘿卜素代謝的基因（PmApoL2、PmSR-BI-a、PmSR-BI-b與PmβCDIOX）,利用cDNA末端快速擴(kuò)增技術(shù)獲得候選基因... 

【文章來源】：廣東海洋大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：99 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 類胡蘿卜素結(jié)構(gòu)、分布與功能
    1.2 水產(chǎn)動物體內(nèi)類胡蘿卜素的研究進(jìn)展
    1.3 類胡蘿卜素在動物體內(nèi)的轉(zhuǎn)運(yùn)與代謝
    1.4 新一代高通量測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-seq）
        1.4.1 新一代高通量測序技術(shù)簡介
        1.4.2 新一代高通量測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組測序的應(yīng)用
    1.5 單核苷酸多態(tài)性（SNP）簡介與應(yīng)用
        1.5.1 單核苷酸多態(tài)性的特點(diǎn)
        1.5.2 單核苷酸多態(tài)性分型方法
        1.5.3 SNP在水產(chǎn)動物遺傳學(xué)與育種學(xué)研究中的運(yùn)用
    1.6 貝類類胡蘿卜素抗逆性的研究
    1.7 本研究的目的及意義
    1.8 本研究的技術(shù)路線
2 RNA-seq技術(shù)篩選類胡蘿卜素代謝相關(guān)差異基因
    2.1 材料與方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    2.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        2.2.1 類胡蘿卜素含量與RNA質(zhì)量的檢測
        2.2.2 測序結(jié)果及質(zhì)量分析
    2.3 討論
3 馬氏珠母貝類胡蘿卜素代謝相關(guān)基因的克隆和表達(dá)分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    3.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        3.2.1 候選基因的克隆
        3.2.2 候選基因的生物學(xué)信息分析
    3.3 候選基因的組織特異性表達(dá)分析
    3.4 討論
4 PmSR-BI-b和PmβCDIOX基因SNPs的篩選及與類胡蘿卜素含量的關(guān)聯(lián)性分析
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)動物
        4.1.2 主要試劑
        4.1.3 主要儀器
    4.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.1 基因組DNA提取
        4.2.2 閉殼肌總類胡蘿卜素的提取
        4.2.3 PmSR-BI-b和PmβCDIOX外顯子區(qū)與5′調(diào)控區(qū)重測序?qū)嶒?yàn)
        4.2.4 SNP位點(diǎn)與類胡蘿卜素含量相關(guān)性分析
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        4.3.1 PmSR-BI-b外顯子區(qū)和5′調(diào)控區(qū)SNP位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性分析
        4.3.2 PmSR-BI-b基因SNP位點(diǎn)的連鎖不平衡分析
        4.3.3 PmSR-BI-b基因位點(diǎn)及單倍型與類胡蘿卜素含量的關(guān)聯(lián)分析
        4.3.4 PmβCDIOX基因外顯子區(qū)和5′調(diào)控區(qū)SNP位點(diǎn)的遺傳多態(tài)性分析
        4.3.5 PmβCDIOX基因SNP位點(diǎn)的連鎖不平衡分析
        4.3.6 PmβCDIOX基因位點(diǎn)及單倍型與類胡蘿卜素含量的關(guān)聯(lián)分析
    4.4 討論
5 外顯子區(qū)非同義突變點(diǎn)的驗(yàn)證
    5.1 材料與方法
        5.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        5.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    5.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
A的驗(yàn)證">        5.2.1 PmSR-BI-b基因位點(diǎn)g.87315G>A的驗(yàn)證
A的驗(yàn)證">        5.2.2 PmβCDIOX位點(diǎn)g.204216T>A的驗(yàn)證
    5.3 討論
6 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄1 PmSR-BI-b外顯子區(qū)和5′調(diào)控區(qū)引物序列
附錄2 PmβCDIOX外顯子區(qū)物序列
附錄3 PmβCDIOX5′調(diào)控區(qū)引物序列
附錄4 PmSR-BI-b基因分型電泳圖
附錄5 PmβCDIOX基因分型電泳圖
致謝
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導(dǎo)師簡介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[3]家禽及哺乳動物類胡蘿卜素氧化酶BCMO1及BCO2研究進(jìn)展[J]. 王艷,舒鼎銘.  中國家禽. 2015(20)
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3048816