木霉屬（Trichoderma spp.）真菌是一類廣泛存在于森林、草地、農(nóng)田等潮濕生境的土壤習(xí)居菌。哈茨木霉（Trichoderma harzianum）是木霉屬中較早應(yīng)用于生物防治的菌種。松樹萎蔫病是由松材線蟲（Bursaphelenchus xylophilus）引起的會(huì)造成松屬植物快速枯死的毀滅性病害。該病害現(xiàn)已給我國林業(yè)造成了重大損失。哈茨木霉對(duì)土壤線蟲有抑制作用,但哈茨木霉對(duì)松材線蟲的毒力因子則較少有人研究。本研究通過對(duì)哈茨木霉E15進(jìn)行有生物學(xué)重復(fù)的松材線蟲處理,并在無菌環(huán)境下對(duì)處理的菌絲樣品進(jìn)行了取樣和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析。通過對(duì)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析挖掘,找到差異表達(dá)基因。并進(jìn)一步篩選出了可能與哈茨木霉抗松材線蟲反應(yīng)有關(guān)的枯草桿菌蛋白酶家族（peptidase S8）基因、和乙醇脫氫酶基因。后續(xù)利用生物信息學(xué)方法對(duì)上述兩個(gè)家族的基因進(jìn)行分析。實(shí)驗(yàn)主要得出以下結(jié)論:1 本次轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的6個(gè)樣品組共測(cè)得clean reads的條數(shù)為502953500,共得到75.45G的測(cè)序數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)與哈茨木霉參考基因組的最低unique map率高于90%,表明E15菌種與參考基因組親緣... 

【文章來源】：東北林業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 引言
    1.2 木霉屬
    1.3 哈茨木霉生防作用
    1.4 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息學(xué)
    1.5 枯草桿菌蛋白酶基因家族的研究現(xiàn)狀
        1.5.1 絲氨酸蛋白酶
        1.5.2 枯草桿菌蛋白酶Peptidase S8家族
        1.5.3 枯草桿菌蛋白酶家族基因的研究現(xiàn)狀
    1.6 乙醇脫氫酶基因家族及其研究現(xiàn)狀
        1.6.1 乙醇脫氫酶家族介紹
    1.7 研究目的
    1.8 課題來源
2 哈茨木霉E15在松材線蟲處理下的轉(zhuǎn)錄組研究
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 儀器設(shè)備
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)培養(yǎng)基
        2.1.3 供試菌種
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 供試木霉平板的準(zhǔn)備和線蟲的培養(yǎng)
        2.2.2 線蟲處理和取樣
        2.2.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和cDNA文庫的建立
        2.2.4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與哈茨木霉基因組數(shù)據(jù)比對(duì)
        2.2.5 基因功能注釋
        2.2.6 基因表達(dá)定量
        2.2.7 差異表達(dá)基因分析
        2.2.8 差異表達(dá)基因富集分析
        2.2.9 差異表達(dá)基因的qRT-PCR驗(yàn)證
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量
        2.3.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)與哈茨木霉基因組比對(duì)結(jié)果
        2.3.3 基因表達(dá)量分析
        2.3.4 差異表達(dá)基因篩選
        2.3.5 GO富集分析
        2.3.6 KEGG富集分析
        2.3.7 關(guān)鍵差異表達(dá)基因的篩選
        2.3.8 qRT-PCR的驗(yàn)證分析
    2.4 討論
3 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族基因生物信息學(xué)綜合分析
    3.1 材料和方法
        3.1.1 基因鑒定及基因序列獲取
        3.1.2 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶多序列比對(duì)及系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
        3.1.3 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族基因結(jié)構(gòu)分析
        3.1.4 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族基因順式作用原件分析
        3.1.5 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族蛋白多序列比對(duì)及蛋白基序鑒定
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶基因鑒定
        3.2.2 枯草桿菌蛋白酶家族系統(tǒng)發(fā)生分析
        3.2.3 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族基因結(jié)構(gòu)分析
        3.2.4 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族蛋白多序列比對(duì)及位點(diǎn)分析
        3.2.5 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族蛋白基序分析
        3.2.6 哈茨木霉枯草桿菌蛋白酶家族基因順式作用原件分析
    3.3 討論
4 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族基因綜合分析
    4.1 材料和方法
        4.1.1 基因鑒定及基因序列獲取
        4.1.2 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族蛋白對(duì)序列比對(duì)級(jí)系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建
        4.1.3 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族基因結(jié)構(gòu)分析
        4.1.4 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族蛋白基序鑒定
        4.1.5 同源建模法預(yù)測(cè)哈茨木霉乙醇脫氫酶蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族基因鑒定
        4.2.2 乙醇脫氫酶家族蛋白系統(tǒng)發(fā)育分析
        4.2.3 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族基因結(jié)構(gòu)分析
        4.2.4 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族蛋白氨基酸多序列比對(duì)
        4.2.5 哈茨木霉乙醇脫氫酶家族蛋白基序分析
        4.2.6 哈茨木霉乙醇脫氫酶蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
    4.3 討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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[2]利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)對(duì)羅伯茨綠僵菌可變剪接事件的研究[D]. 朱建宇.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[3]產(chǎn)高溫蛋白酶菌株的篩選及蛋白酶基因的克隆與表達(dá)研究[D]. 李曹龍.石河子大學(xué) 2014



本文編號(hào)：3021969