羅非魚nkef基因(On-NKEF)的克隆及其在NCC活性調(diào)控中的作用
發(fā)布時(shí)間:2021-01-29 23:15
NKEF(Natural Killer Enhancing Factor,自然殺傷增強(qiáng)因子)-A/B是一類Peroxiredoxin(Prxs)家族抗氧化蛋白,最初在酵母中發(fā)現(xiàn),因其能提高NK細(xì)胞殺傷毒性而得名。此外,NKEF還參與了炎癥調(diào)節(jié),癌癥發(fā)生與發(fā)展以及氧化還原反應(yīng)等過(guò)程。NCC(Nonspecific Cytotoxic Cell,非特異性細(xì)胞毒性細(xì)胞)是哺乳類NK細(xì)胞的前體細(xì)胞,在魚類先天性免疫中發(fā)揮重要作用。然而NKEF在羅非魚NCC活性調(diào)控中的作用尚不清楚。本研究對(duì)羅非魚nkef基因進(jìn)行了鑒定與功能分析,并取得以下結(jié)果:1、通過(guò)RACE技術(shù)得到羅非魚nkef(On-NKEF)基因全長(zhǎng)共1274 bp,其中5’-UTR為57 bp,3’-UTR為620 bp,ORF為597 bp,編碼198個(gè)氨基酸。經(jīng)網(wǎng)站預(yù)測(cè),該蛋白分子量大小為22.085 kDa,理論等電點(diǎn)大小為6.51,包含一個(gè)Typical 2-Cys Prx家族結(jié)構(gòu)域,在第51和172位分別是兩個(gè)有活性的半胱氨酸位點(diǎn)。該蛋白在哺乳類、鳥類、兩棲類及魚類中十分保守,同源性在80%以上。系統(tǒng)進(jìn)化分析可知與斑馬擬麗魚...
【文章來(lái)源】:廣東海洋大學(xué)廣東省
【文章頁(yè)數(shù)】:69 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
On-NKEF基因核酸及氨基酸序列
羅非魚 nkef 基因(On-NKEF)的克隆及其在 NCC 活性調(diào)控中的作用2.3.4 同源性及進(jìn)化樹預(yù)測(cè)氨基酸多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),該基因在所選物種中具有很高同源性,蛋白序列保守。羅非魚 NKEF 與裸蓋魚 NKEF-A 氨基酸序列相似度最高,為 92%,與非洲爪蟾NKEF-A 的氨基酸序列相似度最低,為 80%,如圖 2-3。
17圖 2-4 On-NKEF 的進(jìn)化分析Fig. 2-4 Phylogenetic analysis of On-NKEF with other reported NKEF2.4 討論本研究通過(guò) NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)尼羅羅非魚基因組信息,設(shè)計(jì)相關(guān)引物克隆得到羅非魚 nkef 基因序列,并通過(guò) RACE 技術(shù)獲得該基因全長(zhǎng)。該基因 ORF 與 NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)記錄序列一致,兩端非編碼區(qū)有所不同。通過(guò)序列分析發(fā)現(xiàn),該基因翻譯得到的蛋白平均親水指數(shù)為負(fù)值,說(shuō)明該蛋白為親水性蛋白。On-NKEF 基因總共編碼 198 個(gè)氨基酸殘基,其中第 8 位至第 180 位是 Peroxiredoxin 家族的保守結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Poly(I:C)模擬RNA病毒在氣道炎癥研究中的應(yīng)用[J]. 陳瑤,李云珠,俞善昌,邵潔. 臨床兒科雜志. 2009(08)
[2]中國(guó)大陸羅非魚養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展對(duì)策[J]. 李思發(fā). 中國(guó)漁業(yè)經(jīng)濟(jì)研究. 1999(01)
[3]魚類免疫學(xué)研究的進(jìn)展[J]. 楊先樂(lè). 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 1989(03)
碩士論文
[1]人抗氧化蛋白Peroxiredoxin 1和2的表達(dá)、純化及功能研究[D]. 顏晟.華南理工大學(xué) 2012
[2]紅笛鯛非特異性細(xì)胞毒性細(xì)胞活性及其受體表達(dá)的研究[D]. 周晴.廣東海洋大學(xué) 2012
本文編號(hào):3007779
【文章來(lái)源】:廣東海洋大學(xué)廣東省
【文章頁(yè)數(shù)】:69 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
On-NKEF基因核酸及氨基酸序列
羅非魚 nkef 基因(On-NKEF)的克隆及其在 NCC 活性調(diào)控中的作用2.3.4 同源性及進(jìn)化樹預(yù)測(cè)氨基酸多序列比對(duì)發(fā)現(xiàn),該基因在所選物種中具有很高同源性,蛋白序列保守。羅非魚 NKEF 與裸蓋魚 NKEF-A 氨基酸序列相似度最高,為 92%,與非洲爪蟾NKEF-A 的氨基酸序列相似度最低,為 80%,如圖 2-3。
17圖 2-4 On-NKEF 的進(jìn)化分析Fig. 2-4 Phylogenetic analysis of On-NKEF with other reported NKEF2.4 討論本研究通過(guò) NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)尼羅羅非魚基因組信息,設(shè)計(jì)相關(guān)引物克隆得到羅非魚 nkef 基因序列,并通過(guò) RACE 技術(shù)獲得該基因全長(zhǎng)。該基因 ORF 與 NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)記錄序列一致,兩端非編碼區(qū)有所不同。通過(guò)序列分析發(fā)現(xiàn),該基因翻譯得到的蛋白平均親水指數(shù)為負(fù)值,說(shuō)明該蛋白為親水性蛋白。On-NKEF 基因總共編碼 198 個(gè)氨基酸殘基,其中第 8 位至第 180 位是 Peroxiredoxin 家族的保守結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Poly(I:C)模擬RNA病毒在氣道炎癥研究中的應(yīng)用[J]. 陳瑤,李云珠,俞善昌,邵潔. 臨床兒科雜志. 2009(08)
[2]中國(guó)大陸羅非魚養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展對(duì)策[J]. 李思發(fā). 中國(guó)漁業(yè)經(jīng)濟(jì)研究. 1999(01)
[3]魚類免疫學(xué)研究的進(jìn)展[J]. 楊先樂(lè). 水產(chǎn)學(xué)報(bào). 1989(03)
碩士論文
[1]人抗氧化蛋白Peroxiredoxin 1和2的表達(dá)、純化及功能研究[D]. 顏晟.華南理工大學(xué) 2012
[2]紅笛鯛非特異性細(xì)胞毒性細(xì)胞活性及其受體表達(dá)的研究[D]. 周晴.廣東海洋大學(xué) 2012
本文編號(hào):3007779
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