青藏高原水體環(huán)境具有溶氧量低且因時空、季節(jié)性和水體環(huán)境不同而波動較大的特點,經(jīng)過長期的適應(yīng)進(jìn)化,高原土著裂腹魚亞科魚類形成了特有的適應(yīng)機(jī)制來應(yīng)對抗缺氧的極端高原環(huán)境。本研究采用新一代測序技術(shù)確定了黃河裸裂尻魚珠蛋白家族的主要成員,然后通過RT-PCR和Smart-RACE方法進(jìn)一步克隆獲得黃河裸裂尻魚HbA、HbB、Cygb1、Cygb2基因全長cDNA序列及Mb、Ngb基因的完整編碼序列,并進(jìn)行了生物信息學(xué)分析;采用半定量RT-PCR方法檢測了各基因在黃河裸裂尻魚的組織表達(dá)情況;采用Real-time PCR和Western-blot方法檢測了上述個基因在黃河裸裂尻魚經(jīng)過重度缺氧處理4h和中度缺氧處理12h、24h、36h、48h、60h、72h后的各相關(guān)組織中mRNA水平和蛋白水平的表達(dá)變化情況。主要研究結(jié)果如下:（1）通過新一代高通量測序技術(shù),獲得黃河裸裂尻魚混合組織轉(zhuǎn)錄組序列,共識別出269100個transcripts,長度范圍在201²4596 bp,進(jìn)一步的組裝發(fā)現(xiàn),所有轉(zhuǎn)錄本屬于192934個unigenes。經(jīng)數(shù)據(jù)庫搜索確定了黃河裸裂尻魚珠蛋白家... 

【文章來源】：青海大學(xué)青海省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
主要符號對照表
第1章 引言
    1. 環(huán)境缺氧對魚類的影響
        1.1. 缺氧對魚類種群發(fā)展、個體生長的影響
        1.2. 魚類應(yīng)對低氧的形態(tài)、生理、生化、分子等方面的應(yīng)答
        1.3. 魚類珠蛋白超家族研究背景
            1.3.1. 血紅蛋白
            1.3.2. 肌紅蛋白
            1.3.3. 腦紅蛋白
            1.3.4. 胞紅蛋白
    2. 青藏高原水系特征及其裂腹魚亞科魚類生物學(xué)特征
    3. 本研究的目的意義
第2章 黃河裸裂尻魚珠蛋白超家族成員基因結(jié)構(gòu)特征及分子進(jìn)化
    1. 材料和方法
        1.1. 實驗用魚和RNA提取
        1.2. 轉(zhuǎn)錄組文庫制備與測序
        1.3. 轉(zhuǎn)錄組組裝
        1.4. 珠蛋白超家族成員的分子鑒定
        1.5. 珠蛋白超家族成員的克隆
            1.5.1. 總RNA提取
            1.5.2. cDNA第一鏈的合成
            1.5.3. 引物設(shè)計
            1.5.4. 黃河裸裂尻魚珠蛋白家族成員cDNA核心片段克隆
            1.5.5. 黃河裸裂尻魚HbA、HbB cDNA末端片段克隆
            1.5.6. PCR產(chǎn)物的分離、回收和純化
            1.5.7. PCR產(chǎn)物的連接與轉(zhuǎn)化
            1.5.8. 菌液PCR檢測
            1.5.9. 序列分析
    2. 結(jié)果
        2.1. 轉(zhuǎn)錄組測序分析
            2.1.1. 原始測序數(shù)據(jù)及轉(zhuǎn)錄組組裝
            2.1.2. 黃河裸裂尻魚珠蛋白超家族成員的本地blast鑒定
        2.2. 黃河裸裂尻魚珠蛋白超家族成員的序列特點
            2.2.1. 黃河裸裂尻魚組織總RNA提取
            2.2.2. 黃河裸裂尻魚HbA和HbB基因序列分析
            2.2.3. 黃河裸裂尻魚Mb基因序列分析
            2.2.4. 黃河裸裂尻魚Cygb1和Cygb2基因序列分析
            2.2.5. 黃河裸裂尻魚Ngb基因序列分析
        2.3. 黃河裸裂尻魚珠蛋白超家族成員的分子進(jìn)化
            2.3.1. 黃河裸裂尻魚HbA和HbB氨基酸序列同源性和進(jìn)化樹分析
            2.3.2. 黃河裸裂尻魚Mb氨基酸序列同源性和進(jìn)化樹分析
            2.3.3. 黃河裸裂尻魚Cygb1和Cygb2氨基酸序列同源性和進(jìn)化樹分析
            2.3.4. 黃河裸裂尻魚Ngb氨基酸序列同源性和進(jìn)化樹分析
            2.3.5. 黃河裸裂尻魚與其他硬骨魚珠蛋白家族成員系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
    3. 討論
        3.1. 轉(zhuǎn)錄組鑒定
        3.2. HbA和HbB的序列特征及分子進(jìn)化
        3.3. Mb的序列特征及分子進(jìn)化
        3.4. Cygb1和Cygb2的序列特征及分子進(jìn)化
        3.5. Ngb的序列特征及分子進(jìn)化
第3章 黃河裸裂尻魚珠蛋白超家族成員在低氧條件下的表達(dá)調(diào)控
    1. 材料與方法
        1.1. 實驗魚的低氧處理
        1.2. 實驗方法
            1.2.1. 總RNA的提取和cDNA的合成
            1.2.2. 珠蛋白家族成員的組織表達(dá)
            1.2.3. Real-time PCR檢測珠蛋白家族成員mRNA表達(dá)水平
            1.2.4. Western-Blot檢測珠蛋白家族成員蛋白表達(dá)水平
            1.2.5. 脾體指數(shù)、腎體指數(shù)和血液中Hb濃度測定
    2. 結(jié)果
        2.1. 血紅蛋白HbA和HbB在低氧條件下的表達(dá)調(diào)控
            2.1.1. 血紅蛋白基因HbA和HbB的組織表達(dá)
            2.1.2. Real-tme PCR檢測HbA和HbB mRNA表達(dá)水平
            2.1.3. Western-Blot檢測HbA和HbB蛋白表達(dá)水平
            2.1.4. 低氧對脾體指數(shù)、腎體指數(shù)和血液中血紅蛋白含量的影響
        2.2. 肌紅蛋白Mb在低氧條件下的表達(dá)調(diào)控
            2.2.1. 肌紅蛋白基因Mb的組織表達(dá)
            2.2.2. Real-tme PCR檢測Mb基因mRNA表達(dá)水平
            2.2.3. Western-Blot檢測Mb蛋白表達(dá)水平
        2.3. 胞紅蛋白Cygb1和Cygb2在低氧條件下的表達(dá)調(diào)控
            2.3.1. 胞紅蛋白基因Cygb1和Cygb2的組織表達(dá)
            2.3.2. Real-time PCR檢測Cygb1和Cygb2 mRNA表達(dá)水平
        2.4. 腦紅蛋白Ngb在低氧條件下的表達(dá)調(diào)控
            2.4.1. 腦紅蛋白基因Ngb的組織表達(dá)
            2.4.2. Real-tme PCR檢測Ngb mRNA表達(dá)水平
    3. 討論
        3.1. 血紅蛋白Hb的低氧表達(dá)
        3.2. 肌紅蛋白Mb的低氧表達(dá)
        3.3. 胞紅蛋白Cygb的低氧表達(dá)
        3.4. 腦紅蛋白Ngb的低氧表達(dá)
全文主要結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡介
附錄A 主要試劑
附錄B 主要儀器


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]黃河裸裂尻魚肌肉生長抑制素基因克隆及其表達(dá)特征研究[D]. 晁燕.青海大學(xué) 2013



本文編號：2993011