發(fā)布時(shí)間：2021-01-19 11:51

　　基因的增加和缺失是兩種主要的拷貝數(shù)變異形式�；蚩截悢�(shù)在物種進(jìn)化的過(guò)程中頻繁的發(fā)生變化,基因拷貝數(shù)變異引起基因家族大小的變化,而基因家族的變化,可能是物種適應(yīng)環(huán)境的結(jié)果,這種結(jié)果可能導(dǎo)致該物種在形態(tài)、生物學(xué)功能上有所變化,通過(guò)比較基因組的方法可以幫助我們探討這樣的變化規(guī)律以及解釋發(fā)生這些改變的原因。通過(guò)比較基因組學(xué)的方法,我們將不同物種的基因組進(jìn)行比較,識(shí)別出有基因拷貝數(shù)變異的基因家族,這有助于我們確定基因拷貝數(shù)變異與物種適應(yīng)性進(jìn)化的關(guān)系。因此,本實(shí)驗(yàn)選擇了以下10種植物基因組進(jìn)行相關(guān)分析:擬南芥、歐洲油菜、木本棉、陸地棉、花生、芝麻、玉米、大豆、油橄欖、油棕。利用全基因組測(cè)序數(shù)據(jù)和比較算法,幫助我們鑒定植物中的基因家族和基因拷貝數(shù)變異情況。由于較大的基因組可能含有多個(gè)旁系同源基因,并且序列信息往往不完整等原因,我們利用全基因組比較方法鑒定植物中所有的基因家族,使用BLAST（Basic local alignment search tool）確定物種間的同源基因,通過(guò)OrthoMCL（一種鑒定同源基因家族的軟件）所使用的馬爾可夫聚類算法將彼此同源的基因歸為同一個(gè)基因家族。比較基因家族... 

【文章來(lái)源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景和意義
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 生物信息學(xué)研究現(xiàn)狀
        1.2.2 基因拷貝數(shù)變異研究進(jìn)展
        1.2.3 比較基因組學(xué)研究方法
    1.3 研究?jī)?nèi)容與創(chuàng)新點(diǎn)
    1.4 論文組織結(jié)構(gòu)
第2章 相關(guān)工作
    2.1 比較基因組學(xué)相關(guān)理論
        2.1.1 同源基因
        2.1.2 基因家族
        2.1.3 系統(tǒng)發(fā)生研究
    2.2 相關(guān)算法
        2.2.1 序列比對(duì)算法
        2.2.2 馬爾可夫聚類算法
        2.2.3 最大似然估計(jì)算法
        2.2.4 出生死亡模型
    2.3 技術(shù)路線
第3章 植物基因拷貝數(shù)變異的識(shí)別
    3.1 任務(wù)描述
    3.2 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
    3.3 數(shù)據(jù)的預(yù)處理
    3.4 基于馬爾可夫聚類的基因家族識(shí)別方法
        3.4.1 計(jì)算兩條序列的比對(duì)得分
        3.4.2 計(jì)算匹配長(zhǎng)度百分比
        3.4.3 序列相似度及歸一化
        3.4.4 馬爾可夫聚類
    3.5 聚類結(jié)果分析
第4章 植物基因拷貝數(shù)變異的進(jìn)化分析
    4.1 最大似然法構(gòu)建物種樹
    4.2 基因家族的擴(kuò)張與收縮
    4.3 脂肪酸代謝相關(guān)基因家族的進(jìn)化樹構(gòu)建
    4.4 基因家族注釋與功能富集分析
    4.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
        4.5.1 物種進(jìn)化樹構(gòu)建
        4.5.2 基因家族的擴(kuò)張與收縮分析
        4.5.3 物種特有基因家族分析
第5章 總結(jié)與展望
    5.1 本文工作總結(jié)
    5.2 未來(lái)工作的展望
參考文獻(xiàn)
致謝
碩士期間發(fā)表的論文和主持、參與的課題


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]植物基因組拷貝數(shù)變異研究現(xiàn)狀[J]. 楊海嬌,張德強(qiáng).  分子植物育種. 2015(08)
[2]2013年中國(guó)食用油市場(chǎng)供需分析[J]. 王瑞元.  糧食與食品工業(yè). 2014(03)
[3]生物信息學(xué)及其廣泛應(yīng)用[J]. 于釗,杜偉.  國(guó)際學(xué)術(shù)動(dòng)態(tài). 2013(02)

碩士論文
[1]癌癥易感基因數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及其拷貝數(shù)變異分析[D]. 魏然.安徽大學(xué) 2017



本文編號(hào)：2986935