目的探索肝臟X受體（LXR）激動(dòng)劑相關(guān)阿爾茨海默�。ˋD）的分子機(jī)制,為AD治療的研究提供指導(dǎo)。方法自GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中下載數(shù)據(jù)集GSE31624的原始基因芯片數(shù)據(jù),按照AD動(dòng)物模型（Tg2576小鼠）的處理方法（注射和不注射LXR激動(dòng)劑苯甲磺酰胺）,將所有樣本的基因芯片數(shù)據(jù)分為L(zhǎng)XR組和AD組兩組,每組11只。對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,用R語(yǔ)言中的Limma包通過(guò)貝葉斯檢驗(yàn)分析得到差異表達(dá)基因（DEGs）。之后利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)DEGs進(jìn)行基因本體論（GO）分析,通過(guò)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)DEGs進(jìn)行通路富集分析,并利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò),通過(guò)Cytoscape軟件進(jìn)行可視化處理,利用CytoHubba插件分析得到互作強(qiáng)度最高的基因（Hub基因）。結(jié)果總共得到665個(gè)DEGs,其中上調(diào)基因284個(gè),下調(diào)基因381個(gè)。GO分析結(jié)果表明,DEGs主要位于乙酰膽堿門(mén)控通道復(fù)合物,其功能主要集中于突觸傳遞、脂蛋白運(yùn)輸、細(xì)胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的正調(diào)節(jié)和神經(jīng)肌肉突觸傳遞等過(guò)程。KEGG分析結(jié)果顯示Ras信號(hào)通路、5-腺嘌呤核苷酸（AMP）依賴(lài)的蛋白激酶（AMPK）信號(hào)通路、... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)神經(jīng)免疫學(xué)和神經(jīng)病學(xué)雜志. 2020,27(04)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

原始數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化圖:A圖為原始芯片數(shù)據(jù)圖,B圖為標(biāo)準(zhǔn)化后的數(shù)據(jù)圖

通過(guò)對(duì)數(shù)據(jù)集GSE31624中原始數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化,標(biāo)準(zhǔn)化前不同樣本芯片數(shù)據(jù)的表達(dá)差異較大(圖1A),標(biāo)準(zhǔn)化之后明顯減少了芯片數(shù)據(jù)的表達(dá)差異(圖1B)。利用limma包分析得到665個(gè)DEGs,其中上調(diào)DEGs 284個(gè),下調(diào)DEGs 381個(gè)。通過(guò)火山圖展示了DEGs的分布情況(圖2)。2.2 GO分析和KEGG分析

表1 GO分析和KEGG分析所得DEGs情況 類(lèi)型 通路ID 通路名稱(chēng) 富集個(gè)數(shù) P值 GOTERM_BP GO:0007271 膽堿能突觸傳遞 5 0.004 GOTERM_BP GO:0042953 脂蛋白轉(zhuǎn)運(yùn) 4 0.005 GOTERM_BP GO:1902533 細(xì)胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的正調(diào)控 3 0.013 GOTERM_BP GO:0007274 神經(jīng)肌肉突觸傳遞 4 0.022 GOTERM_BP GO:0071320 細(xì)胞對(duì)cAMP的反應(yīng) 5 0.026 GOTERM_BP GO:0007155 細(xì)胞黏附 19 0.026 GOTERM_BP GO:0018108 肽基酪氨酸磷酸化 5 0.049 GOTERM_BP GO:0007219 Notch信號(hào)通路 7 0.033 GOTERM_BP GO:0045893 轉(zhuǎn)錄的正調(diào)控,DNA模板 20 0.006 GOTERM_BP GO:0007405 神經(jīng)母細(xì)胞增殖 3 0.007 GOTERM_BP GO:0042742 對(duì)細(xì)菌的防御反應(yīng) 9 0.007 GOTERM_BP GO:0000165 MAPK級(jí)聯(lián) 5 0.007 GOTERM_CC GO:0005892 乙酰膽堿門(mén)控通道復(fù)合物 6 <0.001 GOTERM_CC GO:0005737 細(xì)胞質(zhì) 188 0.005 GOTERM_CC GO:0045211 突觸后膜 12 0.019 GOTERM_CC GO:0045202 突觸 21 0.021 GOTERM_CC GO:0031410 細(xì)胞質(zhì)囊泡 25 0.025 GOTERM_CC GO:0030054 細(xì)胞連接 26 0.043 GOTERM_CC GO:0043235 受體復(fù)合體 8 0.044 GOTERM_CC GO:0030133 運(yùn)輸小泡 5 0.007 GOTERM_CC GO:0030659 細(xì)胞質(zhì)囊泡膜 7 0.007 GOTERM_CC GO:0043204 周核 8 0.007 GOTERM_CC GO:0009986 細(xì)胞表面 22 0.008 GOTERM_CC GO:0042995 細(xì)胞投射 24 0.094 GOTERM_MF GO:0042166 乙酰膽堿結(jié)合 7 <0.001 GOTERM_MF GO:0004896 細(xì)胞因子受體活性 8 <0.001 GOTERM_MF GO:0005230 細(xì)胞外配體門(mén)控離子通道活性 6 0.003 GOTERM_MF GO:0005216 離子通道活性 9 0.042 GOTERM_MF GO:0005179 激素活性 7 0.033 GOTERM_MF GO:0004672 蛋白激酶活性 19 0.009 GOTERM_MF GO:0004842 泛素蛋白轉(zhuǎn)移酶活性 13 0.049 KEGG_PATHWAY mmu04630 Jak-STAT信號(hào)通路 15 <0.001 KEGG_PATHWAY mmu04060 細(xì)胞因子與細(xì)胞因子受體的相互作用 15 0.002 KEGG_PATHWAY mmu04151 PI3K-Akt信號(hào)通路 16 0.017 KEGG_PATHWAY mmu04010 MAPK信號(hào)通路 12 0.032 KEGG_PATHWAY mmu04725 膽堿能突觸 7 0.048 KEGG_PATHWAY mmu04152 AMPK信號(hào)通路 7 0.008 KEGG_PATHWAY mmu04620 Toll樣受體信號(hào)通路 6 0.009 KEGG_PATHWAY mmu04014 Ras信號(hào)通路 10 0.0093 討論


本文編號(hào)：2980460