果實(shí)大小是決定藍(lán)莓（Vaccinium spp.）經(jīng)濟(jì)價(jià)值重要的農(nóng)藝性狀,主要由果實(shí)中細(xì)胞數(shù)目及細(xì)胞體積決定。其中,果實(shí)發(fā)育早期階段是決定藍(lán)莓果實(shí)大小的關(guān)鍵時(shí)期。本研究以藍(lán)莓中果型品種?奧尼爾?和小果型品種?藍(lán)雨?為實(shí)驗(yàn)材料,對(duì)發(fā)育早期的果實(shí)（S0-S2期）進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,以及差異表達(dá)基因篩選、克隆、表達(dá)、病毒介導(dǎo)的基因沉默（VIGS）處理,以期了解藍(lán)莓調(diào)控果實(shí)大小的內(nèi)在機(jī)制,為靶向選擇大果形藍(lán)莓栽培品種奠定理論基礎(chǔ)。具體研究結(jié)果如下:（1）轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析:（1）主成分（PCA）分析發(fā)現(xiàn)3個(gè)生物學(xué)重復(fù)間的數(shù)據(jù)基本聚類在一起,表明轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可靠,且2個(gè)品種S1期與S2期數(shù)據(jù)相似。（2）‘奧尼爾’和‘藍(lán)雨’S0期果實(shí)中的差異表達(dá)基因共有45,474個(gè),其中上調(diào)基因20,827個(gè),下調(diào)基因共有24,647個(gè);2個(gè)品種S1期的差異表達(dá)基因共有69,294個(gè),其中上調(diào)基因35,074個(gè),下調(diào)基因34,220個(gè);2個(gè)品種S2期的差異表達(dá)基因共有69,816個(gè),其中上調(diào)基因有34,027個(gè),下調(diào)基因有35,789個(gè)。上述結(jié)果表明2個(gè)品種在S1期和S2期的差異表達(dá)基因數(shù)目多于S0期,推測(cè)S0期與S1-... 

【文章來(lái)源】：浙江師范大學(xué)浙江省

【文章頁(yè)數(shù)】：77 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

轉(zhuǎn)錄組測(cè)序流程

第二章藍(lán)莓果實(shí)發(fā)育早期轉(zhuǎn)錄組調(diào)控分析及qPCR驗(yàn)證9圖2.1轉(zhuǎn)錄組測(cè)序流程Fig.2.1Transcriptomesequencingprocess2.4轉(zhuǎn)錄組生物信息學(xué)分析上機(jī)測(cè)序后得到原始測(cè)序序列，由于該序列帶有接頭以及低質(zhì)量的reads，必須進(jìn)行過(guò)濾，后續(xù)的序列功能注釋、CDS預(yù)測(cè)分析以及基因表達(dá)量分析等生物信息學(xué)分析均基于過(guò)濾后的cleanreads，具體操作流程如下圖所示：圖2.2藍(lán)莓轉(zhuǎn)錄組生物學(xué)信息分析流程圖Fig.2.2Bioinformaticanalysisprocessforearlyblueberryfruitdevelopment

第二章藍(lán)莓果實(shí)發(fā)育早期轉(zhuǎn)錄組調(diào)控分析及qPCR驗(yàn)證11圖2.3奧尼爾和藍(lán)雨花芽與果實(shí)總RNA提取Fig.2.3TotalRNAextractedfrom"O"Neal"and"Bluerain"flowerbudandfruit3.2轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果分析3.2.1轉(zhuǎn)錄組測(cè)序質(zhì)量分析將獲取的‘奧尼爾’和‘藍(lán)雨’S0期、S1期、S2期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析，結(jié)果如圖2.4所示。除‘奧尼爾’S0期外，其他5個(gè)時(shí)期的三次生物學(xué)重復(fù)重合度高，表明本次轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可靠，且2個(gè)藍(lán)莓品種S1期與S2期的數(shù)據(jù)相似。圖2.4藍(lán)莓果實(shí)發(fā)育早期轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)PCA三維分析圖Fig.2.4PCAanalysisoftranscriptomedataforearlyblueberryfruitdevelopment6個(gè)樣品（包括3次生物學(xué)重復(fù)）的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序質(zhì)量結(jié)果（見(jiàn)表2.2），表中各樣本的單堿基錯(cuò)誤率均為0.03％，滿足低于1％的測(cè)序質(zhì)量要求。Q20表示測(cè)序錯(cuò)誤率<1%，各樣本Q20值均在97%以上；堿基質(zhì)量值Q30表示測(cè)序錯(cuò)誤率<0.1%，各樣本Q30值均在92%以上。說(shuō)明該測(cè)序結(jié)果可靠，可進(jìn)行后續(xù)實(shí)驗(yàn)。


本文編號(hào)：2977750