拉薩裸裂尻魚是西藏高原特有魚類,在西藏雅魯藏布江流域內(nèi)廣泛分布,具有極大的生態(tài)和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。本研究首先利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)獲得了豐富的轉(zhuǎn)錄組信息,經(jīng)過生物信息分析,挖掘出大量的功能基因,同時(shí)對(duì)比分析了拉薩裸裂尻魚體表有斑和無斑兩種轉(zhuǎn)錄組信息的差異,最后發(fā)掘出大量的SSR位點(diǎn),分析了SSR的特征,并進(jìn)行了多態(tài)性引物設(shè)計(jì)篩選工作,獲得的主要結(jié)論如下:1.利用Illumina HiSeq測(cè)序平臺(tái)分別對(duì)體表有斑和無斑拉薩裸裂尻魚的皮膚、肌肉、鰭條、肝臟和腎臟的混合樣品進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,對(duì)原始測(cè)序數(shù)據(jù)過濾、拼接組裝后獲得對(duì)transcript 671947條,平均長度為643 bp,N50為993 bp,N90為264bp;unigenes 444530條,平均長度為817 bp,N50為1228 bp,N90為347 bp。2.對(duì)444530條unigenes進(jìn)行功能注釋和分類,182298條unigenes在Nr注釋成功,占全部unigenes的41%,有30217（6.79%）條unigenes在所有數(shù)據(jù)庫中都獲得較好的注釋;通過GO注釋分類后分為3大類56中生物功能,注釋在細(xì)胞過程生物功能最多... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

cDNA文庫構(gòu)建原理圖

建庫測(cè)序流程圖

測(cè)序原始數(shù)據(jù)組成


本文編號(hào)：2977710