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廣東省屠宰場豬群PRRSV感染狀況調(diào)查及基因測序分析

發(fā)布時間:2021-01-07 03:32
  為了解廣東省育肥豬群豬繁殖與呼吸綜合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)攜帶情況,2019年在廣東省43個生豬屠宰場,采集臨床健康生豬淋巴結(jié)樣品840份,運用商品化熒光定量RT-PCR試劑盒進行PRRSV核酸檢測。設(shè)計PRRSV ORF5基因引物,選取部分陽性樣品進行RT-PCR,測序后進行基因序列分析。結(jié)果顯示:840份樣品的PRRSV陽性率為17.02%,其中美洲型為14.29%,歐洲型為2.73%;成功獲得15份樣品的ORF5基因序列,其中12株為美洲型,3株為歐洲型;美洲型毒株中包含:JXA1-like毒株5株,GM2-like毒株3株,NADC30-like和VR2332毒株各2株;美洲型毒株基因相似度為87.5%~99.6%,歐洲型為90.2%~90.4%。對美洲型毒株的ORF5基因編碼的氨基酸進行分析,發(fā)現(xiàn)檢測到的不同亞群毒株各個功能區(qū)存在廣泛的、顯著的變異。結(jié)果表明,廣東省屠宰場豬群的PRRSV隱性帶毒率較高,且毒株復(fù)雜多樣,以美洲型毒株為主,且已存在歐洲型毒株。建議落實并強化規(guī);... 

【文章來源】:中國動物檢疫. 2020,37(09)

【文章頁數(shù)】:6 頁

【部分圖文】:

廣東省屠宰場豬群PRRSV感染狀況調(diào)查及基因測序分析


PRRSV ORF5基因遺傳進化分析結(jié)果

核苷酸,同源性,基因,氨基酸


以VR2332為標準毒株,對檢測到的12株美洲型PRRSV的GP5蛋白信號肽、誘導(dǎo)表位、第一高變區(qū)、中和表位、第二高變區(qū)、跨膜區(qū)及細胞表位進行氨基酸位點變異分析。由圖3可以看出,大部分檢測毒株信號肽區(qū)發(fā)生第3位(由E突變?yōu)镚)、第11位(由Y突變?yōu)镃)、第16位(由S突變?yōu)镕)等氨基酸位點變異;誘導(dǎo)表位中,有3株毒株發(fā)生1個氨基酸位點變異,1株發(fā)生2個氨基酸位點變異;高變區(qū)中,氨基酸變異位點較多,但也有1株毒株沒有發(fā)生變異;中和表位中,第38位氨基酸有3株毒株由H突變?yōu)閅,第39位有5株毒株由L突變?yōu)镮、2株突變?yōu)镾、1株突變?yōu)門;跨膜區(qū)主要發(fā)生第66位(由S突變?yōu)門/C)、第101位(由F突變?yōu)閅)、第102位(由V突變?yōu)閅/H/R)等氨基酸位點變異;細胞表位的變異主要有第121、127、161、185、189、200位等氨基酸位點的變異。第13位和151位氨基酸是與毒力相關(guān)的位點,其中:第13位點中,有3株為Q,9株由Q突變?yōu)镽;第151位點中,有8株為R,4株由R突變?yōu)镵。圖3 PRRSV GP5氨基酸位點變異分析結(jié)果

氨基酸,位點,核苷酸,同源性


PRRSV GP5氨基酸位點變異分析結(jié)果

【參考文獻】:
期刊論文
[1]高致病性豬繁殖與呼吸綜合征病毒的分離鑒定及其分子流行病學(xué)分析[J]. 童光志,周艷君,郝曉芳,田志軍,仇華吉,彭金美,安同慶.  中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2007(05)



本文編號:2961821

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