為了解甘藍(lán)型油菜受低溫脅迫時(shí)的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),運(yùn)用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis, WGCNA）方法,利用2個(gè)抗凍響應(yīng)有差別的甘藍(lán)型油菜材料HX17和HX58不同低溫處理的36個(gè)RNA-seq數(shù)據(jù),通過過濾低表達(dá)基因,篩選表達(dá)水平變異最大的前15 000個(gè)基因用于WGCNA分析,共鑒定到16個(gè)基因共表達(dá)模塊。結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測、冷相關(guān)基因預(yù)測、模塊基因的gene ontology（GO）富集及表達(dá)分析,確定了brown模塊為響應(yīng)凍害脅迫的共同模塊、pink模塊為HX17耐寒特異性模塊,并構(gòu)建了基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),為油菜抗寒/抗凍機(jī)制研究提供新的依據(jù)。 

【文章來源】：中國油料作物學(xué)報(bào). 2020,42(04)北大核心

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

基因聚類及模塊劃分

模塊與性狀相關(guān)性熱圖

對核心基因的擬南芥同源基因注釋進(jìn)行分析，brown模塊的核心基因主要為受冷調(diào)節(jié)的基因（BnaC08g42830D、BnaCnng06580D),NAC結(jié)構(gòu)域蛋白（BnaC07g29890D、BnaC08g21160D）、鋅指結(jié)構(gòu)蛋白（BnaC01g33270D、BnaC04g11770D）、響應(yīng)早期脫水反應(yīng)（BnaC03g48070D、BnaA07g03060D）、乙烯響應(yīng)DNA結(jié)合因子（BnaC07g22870D）和含茉莉酸ZIM結(jié)構(gòu)域蛋白（BnaC02g45660D）等基因（圖5C);pink模塊核心基因主要是核糖體蛋白（BnaA02g00470D、BnaA07g25010D、BnaA09g44520D、BnaC02g05260D、BnaAnng17430D、BnaCnng24330D）、伴侶素（Bn-aA04g25810D、BnaC02g13210D、BnaC04g05030D)和1個(gè)基本轉(zhuǎn)錄因子（BnaA09g44800D）等的基因（圖5C）。3 結(jié)論與討論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：2959934