本研究首次對(duì)不同溫度條件下的巖扇貝幼貝利用進(jìn)行基于高通量測(cè)序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及分析,爾后對(duì)所得序列進(jìn)行了基因功能注釋。探究了高溫25℃、最適溫度15℃、低溫5℃三種條件下巖扇貝幼貝基因差異表達(dá)情況,并產(chǎn)生的生物學(xué)過程,細(xì)胞成分和分子功能做了分析�；谝陨涎芯�,我們初步確定與巖扇貝溫度應(yīng)激相關(guān)基因及通路,這也是首次在巖扇貝中進(jìn)行的與溫度應(yīng)激相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。但是巖扇貝溫度應(yīng)激和馴化研究仍需要更多的數(shù)據(jù)支持,以及更細(xì)致,更精準(zhǔn)的與溫度應(yīng)激密切相關(guān)的基因具體功能探究。研究所得結(jié)論如下:1、使用Illumina 4000~(TM)測(cè)序平臺(tái)對(duì)5℃,15℃,25℃三個(gè)溫度條件處理下的巖扇貝幼貝組織材料做無(wú)參轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,得到約4億條Clean Reads,總數(shù)據(jù)量為53.58GB。使用Trinity進(jìn)行拼接后共獲得388533條UniGene,其中共有28.7%的基因被注釋。25℃高溫脅迫組與15℃最適溫度對(duì)照組有850個(gè)基因發(fā)生差異表達(dá),5℃低溫脅迫組與15℃最適溫度對(duì)照組有2250個(gè)基因差異表達(dá)。2、通過對(duì)發(fā)生差異表達(dá)的基因的GO和KEGG分析,我們得知高溫條件對(duì)巖扇貝幼貝內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中的蛋白加工、抗原處理、甲狀腺激素合成、NOD樣受體信號(hào)通路,雌激素信號(hào)通路等的影響較大;核糖體合成,ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白,咖啡因代謝,花生四烯酸代謝,過氧化酶活性等在低溫條件下受影響較大。而金屬離子穩(wěn)態(tài),鐵離子平衡,生物黏附,水解酶活性,嘌呤核苷酸合成,ATP合成等生物過程亦受溫度影響極大。
【學(xué)位單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

代測(cè)序技術(shù)是對(duì)二代測(cè)序的補(bǔ)充和完善，應(yīng)用最廣泛的是一種基于熒測(cè)序技術(shù)，即 Pacific Biosciences 公司的單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)(Sinreal-time，SMRT)。目前，該技術(shù)已經(jīng)在小型基因組從頭測(cè)序和完整揮作用，極大地促進(jìn)了基因組學(xué)的研究[49]。NA-Seq 技術(shù)Seq 即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，俗稱全轉(zhuǎn)錄組鳥槍法（Shotgun method）測(cè)序的最典型應(yīng)用之一。[50]近幾年來(lái)，RNA-Seq 成為最重要的轉(zhuǎn)錄組分析工平臺(tái)皆基于該技術(shù)研發(fā)[51]。 RNA-Seq 技術(shù)，可以對(duì)多種細(xì)胞和組織中的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行研究，并從整功能和結(jié)構(gòu)，對(duì)生物生理過程中的分子機(jī)制做清晰地揭示�；� RNA息學(xué)分析能對(duì)基因做定量和定性分析，就是把轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)即 mRNA、非通量測(cè)序方法做測(cè)序，并分析其序列信息和表達(dá)水平[52, 53]。RNA-Seq 技的優(yōu)劣對(duì)比見表 1-1。

圖 2.1 龍王塘海區(qū) 2015 年度溫度變化圖Fig2.1 temperature change map of the long Wang Tang sea area for theyear 20152.2.2 溫度調(diào)整幼貝暫養(yǎng) 15 日后，從 15℃開始，高溫組每日升溫 1℃，低溫組每日降溫1℃，待各處理組到達(dá)相應(yīng)溫度后暫養(yǎng) 7d，然后挑選狀態(tài)良好活力較強(qiáng)的健康幼貝進(jìn)行試驗(yàn)。2.2.3 總 RNA 提取與檢測(cè)巖扇貝組織總 RNA 的提取方法按照天根生化科技（北京）有限公司的動(dòng)物組織總 RNA 提取試劑盒（離心柱型）說(shuō)明書進(jìn)行，RNA 提取實(shí)驗(yàn)全程均使用 RNase-Free或經(jīng)過 RNase 去除處理的器皿和工具操作以防 RNase 污染。配置溶液使用 RNase-Free ddH20。RNA 提取具體操作步驟如下：(1) 每 10-20 mg 組織加 300 μl 已加入 β-巰基乙醇的裂解液 RL，用研磨棒徹底研磨;后向勻漿液中加入 590 μl RNase-Free ddH2O 和 10 μl ProteinaseK，混勻后 56°C 處理 10-20 min。

種高容量意味著更多的樣品可以同時(shí)進(jìn)行測(cè)序在更大的深度，產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。HiSeq 4000 系統(tǒng)可以處理一個(gè)或兩個(gè)平行流細(xì)胞提供高輸吐量和容量 1.5 TB 和 50 億讀取每運(yùn)行。Illumina 公司提供全方位 HiSeq 4000 的軟件解決方案，幫助你從生物樣品中的有意義的結(jié)果ace 序列樞紐提供了 Illumina 的測(cè)序數(shù)據(jù)的分析和存儲(chǔ)的集成解決基因組測(cè)序，外顯子組/富集，與 RNA 序列的應(yīng)用程序，basespace的 NGS 數(shù)據(jù)分析，提供數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、共享和轉(zhuǎn)移的一種有效手段。 生物信息學(xué)分析序得到的結(jié)果需要進(jìn)行質(zhì)量評(píng)估、轉(zhuǎn)錄本拼接、參考序列比對(duì)、基、基因功能注釋、基因差異表達(dá)分析、GO 富集分析、KEGG 富集分析信息學(xué)分析，下面將介紹各項(xiàng)的具體分析方法。析流程圖如圖 2.2
【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2846774