先天性再生障礙性貧血(DBA)是一種先天性紅細(xì)胞再生障礙疾病,通常在嬰兒期出現(xiàn)。為了探索先天性再生障礙性貧血患者野生及突變樣本的分子機制,我們進(jìn)行了生物信息學(xué)研究并且構(gòu)建了差異表達(dá)基因的生物網(wǎng)絡(luò)。本研究旨在確定先天性再生障礙性貧血中的新型治療特征并揭示其機制。本研究使用了GSE14335的基因表達(dá)數(shù)據(jù)集,包括6個正常和4個患病病例。根據(jù)表型信息將數(shù)據(jù)分成兩組,并對數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化以除去噪音從而使數(shù)據(jù)更具可比性。使用t檢驗等多重檢驗程序來找到DEGs,通過基因本體論(GO)和京都基因與基因組百科全書(KEGG)途徑富集分析,然后通過Cytoscape軟件構(gòu)建已鑒定的差異表達(dá)基因(DEGs)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)。先天性再生障礙性貧血共鑒定出607個基因,其中包括433個上調(diào)基因和174個下調(diào)基因�；虮倔w論分析結(jié)果顯示,上調(diào)的差異表達(dá)基因在RNA聚合酶II啟動子轉(zhuǎn)錄的負(fù)調(diào)節(jié),趨化性,炎癥反應(yīng),免疫應(yīng)答,細(xì)胞增殖的正調(diào)節(jié),細(xì)胞增殖的負(fù)調(diào)節(jié),對機械刺激的響應(yīng),陽性細(xì)胞遷移的調(diào)節(jié),對脂多糖的響應(yīng)和防御反應(yīng)等生物過程中顯著富集。京都基因與基因組百科全書通路分析揭示了TNF信號通路,破骨細(xì)胞分化,趨化因子信號通路,細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用,類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,氨基酸的生物合成,抗生素和甘氨酸的生物合成,絲氨酸和蘇氨酸的代謝。從PPI網(wǎng)絡(luò)和子網(wǎng)絡(luò)中鑒定出了前10個中心基因:AKT1,IL6,NFKB1,STAT3,STAT1,RAC1,EGR1,IL8,RELA,RAC3,mTOR和CCR2。目前的研究表明,已鑒定的差異表達(dá)基因和中心基因豐富了我們對先天性再生障礙性貧血的分子機制的理解,并且可能會為先天性再生障礙性貧血的分子靶點和診斷生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)提供一些幫助。
【學(xué)位單位】：上海交通大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R556.5
【文章目錄】：
摘要
Abstract
Acknowledgements
List of Acronyms
Chapter 1 Introduction to the Research Project
    1.1 Overview of Diamond-Blackfan anemia(DBA)
    1.2 Etiology
    1.3 Ribosomal Protein S19
    1.4 Diagnosis
    1.5 Treatment
    1.6 Aims of the Work
    1.7 Organization of Thesis
Chapter 2 Overview of the Methodology
    2.1 Background of the methodology
    2.2 Gene expression profiling
    2.3 Retrieval of Microarray dataset
    2.4 DEGs Screening
    2.5 Gene Ontology and Pathway Enrichment Analysis of DEGs
    2.6 Protein-protein Interaction(PPI)Network Generation
    2.7 Network Topological Parameters
    2.8 Hub Genes Identification
    2.9 Molecular Complex Detection Analysis(MCODE)
    2.10 Protein-drug interaction Network
Chapter 3 Results of the Work
    3.1 Identification of Differentially Expressed Genes
    3.2 GO Term Enrichment Analysis of the Up and Downregulated DEGs
    3.3 MCODE Sub-networks identification and Hub genes:
    3.4 Protein-Drug interaction Network
Chapter 4 Discussion
    4.1 Discussion
    4.2 Conclusion
    4.3 Future Perspective
Bibliography
附件
Publications

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本文編號：2836945