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玉米籽粒突變基因Mn219和Dek39的圖位克隆與基因功能分析

發(fā)布時(shí)間:2020-09-27 12:29
   玉米是目前世界上分布最廣的作物之一,其對(duì)環(huán)境具有高度的適應(yīng)性,并且其產(chǎn)量也高,所以其在保障世界糧食安全中發(fā)揮著舉足輕重的作用。玉米產(chǎn)量直接體現(xiàn)于玉米的籽粒,而胚和胚乳是玉米籽粒的重要組成部分,所以研究胚和胚乳發(fā)育的相關(guān)基因,有助于我們對(duì)玉米籽粒發(fā)育機(jī)理的研究,也可以為提高玉米產(chǎn)量提供理論基礎(chǔ)。在本課題中,我們通過EMS誘變的方式獲得了兩種籽粒突變體mn219和dek39,利用圖位克隆技術(shù)分離出相應(yīng)的基因,而后對(duì)這兩個(gè)基因進(jìn)行了比較詳細(xì)的功能分析。mn219突變體與野生型相比,表型表現(xiàn)為籽粒變小,變薄,胚乳中粉質(zhì)胚乳比例降低,硬質(zhì)胚乳變多,發(fā)芽率偏低,苗期存在部分致死現(xiàn)象。植株生長(zhǎng)緩慢,花期偏遲,并且花期不集中,該突變體是一種單基因隱性突變體。Mn219定位在玉米二號(hào)染色體上的短臂端48.19 Mb到48.91 Mb的區(qū)間范圍內(nèi),通過對(duì)候選基因的分析驗(yàn)證,我們發(fā)現(xiàn)在GRMZM2G018223這個(gè)基因上存在著G到A的突變,導(dǎo)致該基因翻譯提前終止。該基因編碼Elongator復(fù)合體的一個(gè)亞基ELP1,影響基因的轉(zhuǎn)錄延伸。Mn219的突變降低了 H3K14位點(diǎn)的乙酰化水平,從而影響了下游基因的表達(dá)。通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序發(fā)現(xiàn)在mn219中,兩個(gè)與Bak1功能相關(guān)的基因(GRMZM2G176922和AC21 7401.3_F_003)的表達(dá)水平發(fā)生了下調(diào),Bak1與油菜素內(nèi)酯信號(hào)傳導(dǎo)途徑相關(guān)。通過油菜素內(nèi)酯處理實(shí)驗(yàn),我們發(fā)現(xiàn)mn219對(duì)油菜素內(nèi)酯的敏感程度降低。我們的結(jié)果顯示Mn219在籽粒發(fā)育的過程中起著重要的作用,影響著籽粒發(fā)育。dek39突變體與野生型相比,表型表現(xiàn)為籽粒變薄,存在皺縮現(xiàn)象,胚和胚乳發(fā)育均不正常,發(fā)芽率很低,苗期致死;植株不能存活,無法得到純合突變體果穗。該突變體是一種單基因隱性突變體。Dek39定位在玉米九號(hào)染色體上的長(zhǎng)臂端111.3 Mb到112.5 Mb的區(qū)間范圍內(nèi),通過對(duì)候選基因的分析驗(yàn)證,我們發(fā)現(xiàn)在GRMZM2G345128這個(gè)基因上存在著G到A的突變,導(dǎo)致了該基因翻譯提前終止。DEK39是一個(gè)P-L-S亞家族的PPR蛋白,并且含有E結(jié)構(gòu)域,在線粒體和葉綠體中均有表達(dá)。在線粒體中,我們發(fā)現(xiàn)nadd3-247和nad3-275兩個(gè)位點(diǎn)的編輯效率下降,nad3-275位點(diǎn)甚至喪失了編輯功能。但是在葉綠體中,沒有發(fā)現(xiàn)有位點(diǎn)在編輯效率上發(fā)生變化。nad3-247和nad3-275兩個(gè)位點(diǎn)的編輯效率的降低導(dǎo)致了線粒體復(fù)合體I的活性的下降。我們的研究結(jié)果顯示Dek39參與RNA編輯,在籽粒發(fā)育過程中扮演著十分重要的角色。
【學(xué)位單位】:中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:S513
【部分圖文】:

玉米籽粒,結(jié)構(gòu)示意圖,胚乳


1.1玉米籽粒發(fā)育研究進(jìn)展逡逑1.1.1玉米籽粒的結(jié)構(gòu)逡逑玉米籽粒主要由胚乳和胚構(gòu)成,外圍由一層果皮包被著(圖1-1A)。玉米在雙受精之后,一逡逑個(gè)精細(xì)胞與卵細(xì)胞結(jié)合形成胚,胚在整個(gè)成熟籽粒中所占的比重約為15%,完整的胚包括葉原基,逡逑莖分生組織,根分生組織。另一個(gè)精細(xì)胞與兩個(gè)極核結(jié)合形成胚乳,屬于三倍體的結(jié)構(gòu)。胚乳在逡逑成熟的籽粒中占到了邋85%左右的比例,胚乳從結(jié)構(gòu)上可分成四個(gè)部分[1](圖1-1B)。這四個(gè)部分逡逑分別為:a.糊粉層(aleur0ne,AL),糊粉層位于胚乳的最外層,由一層細(xì)胞組成,這層細(xì)胞富含逡逑蛋白質(zhì)和油分等,在種子發(fā)芽過程中起著重要的作用[2];飫淀粉細(xì)胞層(starchendosperai,邋SE),逡逑是胚乳的主要組成部分,含有淀粉和蛋白質(zhì)等物質(zhì);c.胚乳基質(zhì)轉(zhuǎn)移層(basal邋endosperm邋transfer逡逑layer,邋BETL),其位于底部胚乳與底部果皮及穗軸相連接的部位,該層細(xì)胞的長(zhǎng)度比其它部位細(xì)逡逑胞長(zhǎng)

基序,家族


有一些PPR的基序含有36個(gè)氧基酸,稱為L基序。還有一些含有較少氨基酸數(shù)目的PPR逡逑基序,較為常見的有31個(gè)氨基酸,稱為S基序。PPR蛋白家族主要有P亞家族和PLS亞家族[76],逡逑P亞家族只包含P基序(圖1-3A),而PLS亞家族除了含有P基序外,還含有L基序和S基序。逡逑這些基序不僅在氨基酸組成數(shù)目上存在差異,而且在序列構(gòu)成的保守氨基酸上也有所不同(圖逡逑1-3B)。比如和雄性不育相關(guān)的RFO蛋白就是典型的P亞家族PPR蛋白[8°],在擬南芥中發(fā)現(xiàn)的逡逑與電子呼吸傳遞鏈相關(guān)的CRR2蛋白就屬于PLS亞家族PPR蛋白[81]。逡逑大多數(shù)的P亞家族成員都含有1個(gè)或多個(gè)P基序,在蛋白的氨基端有蛋白的定位信號(hào)肽。但逡逑是也有少數(shù)的P亞家族的竣基端含有一個(gè)SMR結(jié)構(gòu)域,可能具有切割RNA或者DNA的核酸外逡逑切酶活性,但是還沒有充足的證據(jù)證明這一點(diǎn)。PLS亞家族的PPR蛋白通常還有額外的帶有特殊逡逑功能的C端結(jié)構(gòu)域:E結(jié)構(gòu)域和DYW結(jié)構(gòu)域[77],這些結(jié)構(gòu)域參與到細(xì)胞器的RNA-editing中,逡逑會(huì)在一些特定的位點(diǎn)通過對(duì)RNA的脫氨基作用完成胞嘧啶到尿嘧啶的轉(zhuǎn)變[82]。逡逑1.4.2邐PPR蛋白的分子功能逡逑對(duì)于PPR蛋白在分子層面的研宄最近取得了比較快的進(jìn)展,大量遺傳學(xué)實(shí)驗(yàn)表明PPR蛋白逡逑參與細(xì)胞器RNA表達(dá)的各個(gè)環(huán)節(jié):RNA的穩(wěn)定

果穗,表型,突變體,籽粒


2.3.2.1突變體}0奶的籽粒表型逡逑觀察純合突變體的果穗,以野生型(B73)的果穗為對(duì)照,可以發(fā)現(xiàn)突變體的果逡逑穗偏小,籽粒排布較松散(圖2-1A)。與野生型的籽粒比較,突變體的籽粒明顯變。▓D逡逑2-1B);突變體的粉質(zhì)胚乳的比例降低,角質(zhì)胚乳的比例增加(圖2-lC,D)。在F2R雜合果逡逑穗中,可以清晰地看到突變籽粒與正常籽粒的分離(圖2-2),經(jīng)過統(tǒng)計(jì),突變籽粒與正常逡逑籽粒的比例符合1:邋3的比例,所以推斷該突變體是單突變體,突變基因?yàn)殡[性基因。逡逑我們?cè)谟^察圖2-1D的時(shí)候,發(fā)現(xiàn)的角質(zhì)胚乳與淀粉胚乳的比例大于野生型中的逡逑比例,所以我們推測(cè)突變體中的籽粒組分含量與野生型中的籽粒組分含量有很大的差異。我逡逑們利用了遠(yuǎn)紅外分析儀來檢測(cè)突變體與野生型中的籽粒組分含量。該遠(yuǎn)紅外分析儀有單粒檢逡逑測(cè)和單杯(約200粒籽粒)測(cè)量的方式,我們采取了單杯測(cè)量的方式,每個(gè)樣品各測(cè)了三個(gè)逡逑重復(fù),主要檢測(cè)了蛋白含量、油分含量和淀粉含量這三組組分。通過檢測(cè)分析,我們發(fā)現(xiàn)突逡逑變體和野生型在這三組組分的含量上并無明顯差異。具體結(jié)果見表2-1和圖2-3。逡逑為了了解籽粒發(fā)育過程中與野生型的區(qū)別以及變化

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9 呂忠t

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