棉花GhPDC-E1α克隆及調控基因表達模式研究
發(fā)布時間:2020-09-16 16:01
細胞質雄性不育系是作物雜種優(yōu)勢利用的主要途徑。前人研究成果表明,細胞質雄性不育與能量代謝有關,能量代謝失衡會引起花粉異常發(fā)育。丙酮酸脫氫酶(PDC)是生物體能量代謝的樞紐,通過催化能源物質丙酮酸氧化脫羧,將糖酵解途徑和三羧酸循環(huán)途徑聯(lián)系起來。丙酮酸脫氫酶E1α亞基是PDC活性的關鍵調控部位,PDK與PDP通過對PDC-E1α亞基絲氨酸的羥基基團進行磷酸化/去磷酸化反應,共同調節(jié)PDC活性的穩(wěn)態(tài),本研究以棉花細胞質雄性不育系晉A、亞棉A及其各自的同核異質保持系為研究對象,克隆了GhPDC-E1α、GhPD 與GhPDP的基因組DNA和cDNA;分析了三個基因在小孢子不同發(fā)育時期的表達模式;測定了小孢子不同發(fā)育時期的丙酮酸含量,初步研究了能量代謝異常對棉花小孢子發(fā)育的影響。研究結果如下:1.采用同源克隆的方法,獲得了GhPDC-E1α、和GhPDP基因組DNA和cDNA序列。結果顯示:GhPDC-E1α在不育系和保持系中基因組DNA長度不同,在晉A、亞棉A不育系和保持系中分別為8655bp、8672bp、8658bp,含有8個外顯子和7個內含子;cDNA全長均為1185bp,編碼394個氨基酸,氨基酸序列在不育系和保持系間存在單個位點的差異:通過氨基酸序列多重比對發(fā)現(xiàn):PDC-E1α在植物中高度保守,含保守的TPP結合結構域、4個保守功能區(qū)以及兩個絲氨酸磷酸化位點。對GhPDK基因組DNA和cDNA進行克隆,結果表明:在不育系和保持系中GhPDK基因組DNA全長均為2232bp,由6個外顯子和5個內含子組成;cDNA全長為1110bp,編碼369個氨基酸,不育系與保持系中GhPDK氨基酸序列相似度達到99%;保守結構域分析發(fā)現(xiàn),PDK在植物中高度保守,含有類組氨酸激酶結構域,可以進行自磷酸化。對GhPDP基因組DNA和cDNA進行克隆,結果表明:GhPDP在不育系和保持系中基因組DNA長度不同,在晉A、亞棉A不育系和保持系中分別為2007bp、2016bp、2008bp,均含有4個外顯子和3個內含子:cDNA全長均為1152bp,編碼383個氨基酸。該基因屬于PP2C家族蛋白,依靠Mn2+發(fā)揮活性,結構域保守。2.采用qRT-PCR,以小孢子敗育前、敗育時期、敗育后3個時期的花蕾為研究材料,對GhPDC-E1α、GhPDK和GhPDP基因的表達模式進行分析。結果表明:在小孢子敗育前,晉A不育系中GhPDC-E1α的表達量與保持系無差別,而在小孢子敗育時期和敗育后卻均極顯著低于保持系;在小孢子敗育前和敗育后時期,GhPDK的表達量均極顯著高于保持系,在小孢子敗育時期差異不顯著;GhPDP的表達量在整個小孢子發(fā)育過程中均顯著高于保持系;而保持系中GhPDK和GhPDP的表達量在小孢子發(fā)育過程中均無顯著變化。可能由于GhPDP過表達,使晉A不育系在小孢子敗育時期代謝過強,ROS增多,使膜脂過氧化,從而引起絨氈層提前降解,導致花粉敗育。在小孢子發(fā)育過程中,亞棉A不育系中GhPDC-E1α的表達量與保持系無差別,而在小孢子敗育時期和敗育后卻均極顯著低于保持系;GhPDK的表達量均低于保持系,且在敗育前和敗育時期表達量差異極顯著,敗育后差異不顯著;GhPDP的表達量在小孢子敗育前和敗育時期與保持系相差不大,而敗育后顯著低于保持系。推測可能由于亞棉A不育系中GhPDC-E1α亞基蛋白含量低于正常水平,可能會抑制丙酮酸轉化為乙酰輔酶A,導致不能產生足夠的能量來滿足小孢子的發(fā)育,從而引起花粉敗育。綜合分析GhPDC-E1α、GhPDK、GhPDP基因在不育系和保持系間的表達特征并結合我們之前的研究認為,晉A、亞棉A兩種細胞學敗育特征不同的細胞質雄性不育系,雖然在小孢子發(fā)育過程中,均出現(xiàn)能量代謝異常,但導致小孢子敗育的機理不同。3.對不育系和保持系小孢子發(fā)育過程中丙酮酸含量進行測定。結果表明,晉A不育系中丙酮酸含量在小孢子發(fā)育過程中與保持系無顯著差異,說明晉A不育系小孢子的敗育并不是由于能量代謝底物差異造成的,可能是由于其能量代謝途徑中的酶調控失衡引起的。亞棉A不育系在小孢子發(fā)育過程中丙酮酸含量均高于保持系,且在小孢子敗育時期差異顯著,丙酮酸的積累可能抑制三羧酸循環(huán)的進行,導致小孢子發(fā)育過程中能量不足。
【學位單位】:山西農業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S562
【部分圖文】:
圖2-1邋iPDC-£7a轉錄組測序序列BLASTn結果逡逑Fig.邋2-1邋BLASTn邋analysis邋results邋of邋PDC-EIa逡逑使用primer邋premier6.0軟件根據(jù)轉錄組測序結果基因,設計一對特異逡逑性引物PDC-Ela-F/PDC-Ela-R,用于G/yPDC-i^a基因cDNA擴增。根據(jù)中棉所陸逡逑地棉全基因組測序結果(c加52如S邋)分段設計引物,引物名稱分別為逡逑PDC-Ela-1F/PDC-Ela-1R、PDC-Ela-2F/PDC-Ela-2R、PDC-Ela-3F/邋PDC-Ela-3R、逡逑PDC-Ela-4F/PDC-Ela-4R、PDC-Ela-5F/PDC-Ela-5R邋用于邐基因組邋DNA逡逑擴增,引物序列見表2-1。逡逑表2-1邋C7/7PDC-E/G(弓丨物序列逡逑Table邋2-1邋GhPDC-Ela邋Primer邋Sequence逡逑Primer邐Sequence邐Length邐Tm逡逑PDC-Ela-F邐CCG邋CCA邋TCT邋CTT邋AAT邋ACG邋A邐19邐54.3逡逑PDC-Ela-R邐ACT邐TGG邐AAG邋AGC邋TGG邋TTA邋C邐19邐53.2逡逑PDC-Ela-IF邐CCA邋CTA邋AGT邋AAG邋AGA邋TTC邋GT邐20邐47.9逡逑PDC-Ela-IR邐CAT邋CCA邋TTC邋CAT邋CCA邋CCT邋A邐19邐50.9逡逑PDC-Ela-2F邐GTG邋GAT邋GGA邋ATG邋GAT邋GCT邐18邐52逡逑
圖2-2邋RNA檢測圖逡逑-
不育系晉A、亞棉A與保持系cDNA序列相似度達99%。在NCBI中進逡逑行序列比對,發(fā)現(xiàn)擴增片段與陸地棉PDC-£/ct核苷酸序列高度一致,相似度為99%,逡逑說明所克隆基因確實為G/7PDC-£/ct邋(圖2-4)。逡逑<C:-ofor-邋Uc*S。埽蝈澹В妫铮姡螅睿铮幔颍浚幔螅蓿义希祝瓦姡矗板澹澹樱线姡樱襄澹澹常斑?o-^:oo逡逑,邋,邋t邋!逡逑X邐^200邐^fcOO邐^OO邐OOO邐VSLOOO逡逑Description邐、ax邋Toiai邋Query邋丨邋E邐Accsssfan逡逑:socrs邋scor?邋cover邋vsJue逡逑.公拖.3於池奴}~T碰匆滬泛?NB郵af?栥.0^.507的炫游艦:<|䙌0XI:?t72邋”72邋1S3%邋03邋5d<?.邋M-^16831202,1逡逑■Sa跑迦OlMl脫泣衛(wèi)^Si^^amia£L~=^蠛絘桑糝瞺枺?yU趾規(guī)}021?6邋105%邋3.0邋55%邋y_£15
本文編號:2820056
【學位單位】:山西農業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:S562
【部分圖文】:
圖2-1邋iPDC-£7a轉錄組測序序列BLASTn結果逡逑Fig.邋2-1邋BLASTn邋analysis邋results邋of邋PDC-EIa逡逑使用primer邋premier6.0軟件根據(jù)轉錄組測序結果基因,設計一對特異逡逑性引物PDC-Ela-F/PDC-Ela-R,用于G/yPDC-i^a基因cDNA擴增。根據(jù)中棉所陸逡逑地棉全基因組測序結果(c加52如S邋)分段設計引物,引物名稱分別為逡逑PDC-Ela-1F/PDC-Ela-1R、PDC-Ela-2F/PDC-Ela-2R、PDC-Ela-3F/邋PDC-Ela-3R、逡逑PDC-Ela-4F/PDC-Ela-4R、PDC-Ela-5F/PDC-Ela-5R邋用于邐基因組邋DNA逡逑擴增,引物序列見表2-1。逡逑表2-1邋C7/7PDC-E/G(弓丨物序列逡逑Table邋2-1邋GhPDC-Ela邋Primer邋Sequence逡逑Primer邐Sequence邐Length邐Tm逡逑PDC-Ela-F邐CCG邋CCA邋TCT邋CTT邋AAT邋ACG邋A邐19邐54.3逡逑PDC-Ela-R邐ACT邐TGG邐AAG邋AGC邋TGG邋TTA邋C邐19邐53.2逡逑PDC-Ela-IF邐CCA邋CTA邋AGT邋AAG邋AGA邋TTC邋GT邐20邐47.9逡逑PDC-Ela-IR邐CAT邋CCA邋TTC邋CAT邋CCA邋CCT邋A邐19邐50.9逡逑PDC-Ela-2F邐GTG邋GAT邋GGA邋ATG邋GAT邋GCT邐18邐52逡逑
圖2-2邋RNA檢測圖逡逑-
不育系晉A、亞棉A與保持系cDNA序列相似度達99%。在NCBI中進逡逑行序列比對,發(fā)現(xiàn)擴增片段與陸地棉PDC-£/ct核苷酸序列高度一致,相似度為99%,逡逑說明所克隆基因確實為G/7PDC-£/ct邋(圖2-4)。逡逑<C:-ofor-邋Uc*S。埽蝈澹В妫铮姡螅睿铮幔颍浚幔螅蓿义希祝瓦姡矗板澹澹樱线姡樱襄澹澹常斑?o-^:oo逡逑,邋,邋t邋!逡逑X邐^200邐^fcOO邐^OO邐OOO邐VSLOOO逡逑Description邐、ax邋Toiai邋Query邋丨邋E邐Accsssfan逡逑:socrs邋scor?邋cover邋vsJue逡逑.公拖.3於池奴}~T碰匆滬泛?NB郵af?栥.0^.507的炫游艦:<|䙌0XI:?t72邋”72邋1S3%邋03邋5d<?.邋M-^16831202,1逡逑■Sa跑迦OlMl脫泣衛(wèi)^Si^^amia£L~=^蠛絘桑糝瞺枺?yU趾規(guī)}021?6邋105%邋3.0邋55%邋y_£15
本文編號:2820056
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