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鴕鳥(niǎo)源新城疫病毒全基因序列測(cè)定及遺傳進(jìn)化分析

發(fā)布時(shí)間:2020-08-23 09:34
【摘要】:新城疫是一種高發(fā)病率和死亡率的高度接觸性禽類(lèi)傳染病。新城疫的病原為新城疫病毒,又名禽Ⅰ型副粘病毒,屬于副粘病毒科、禽腮腺炎病毒屬成員。新城疫病毒基因組為單股負(fù)鏈RNA,其基因結(jié)構(gòu)為3'-NP-P-M-F-HN-L-5',遵循六堿基原則,分別編碼6種結(jié)構(gòu)蛋白和2種非結(jié)構(gòu)蛋白。根據(jù)對(duì)于禽的致病性差異可以將新城疫病毒分為3種類(lèi)型,強(qiáng)毒力毒株、中等毒力毒株和低等毒力毒株。根據(jù)病毒基因組大小和序列分析,可把新城疫分為兩大類(lèi),Class I和Class II。新城疫病毒的宿主范圍較廣,可感染約250種的野生鳥(niǎo)類(lèi),包括大多數(shù)種屬的鳥(niǎo)。非洲鴕鳥(niǎo)是目前世界上最大的鳥(niǎo),也是新城疫病毒的一個(gè)重要的自然易感宿主。新城疫病毒是一個(gè)重要的病原,能夠造成鴕鳥(niǎo)較高的發(fā)病率和死亡率。幼年鴕鳥(niǎo)和成年鴕鳥(niǎo)常常呈現(xiàn)不同的臨床癥狀。本研究主要研究結(jié)果如下:1.本研究在2006年10月,從陜西省某鴕鳥(niǎo)養(yǎng)殖場(chǎng)送檢的組織病料(心、肝、脾、肺和腎)中,通過(guò)雞胚分離法,血凝試驗(yàn)、血凝抑制試驗(yàn)和RT-PCR等方法進(jìn)行病毒的分離鑒定,結(jié)果分離到1株鴕鳥(niǎo)源新城疫病毒(縮寫(xiě)為:NDV/Ostrich/SX-01/06)。2.分離毒株的全基因序列測(cè)定及致病性評(píng)估。利用RT-PCR方法,擴(kuò)增相互的重疊10個(gè)基因片段,然后用DNA STAR將10個(gè)片段拼接,拼接得到分離毒株的全基因序列為15198 nt,其基因結(jié)構(gòu)為3'-NP-P-M-F-HN-L-5'。分離毒株的MDT為86 h,ICPI為0.113。根據(jù)OIE規(guī)定的新城疫病毒的毒力評(píng)估方法,結(jié)果表明分離毒株為弱毒力新城疫毒株。然而,分離毒株的F蛋白裂解位點(diǎn)的氨基酸序列均為112R-R-Q-K-R-F117,符合有毒力毒株的分子序列特點(diǎn)。本研究第一次分析了鴕鳥(niǎo)源新城疫病毒的全基因序列,并且表明本毒株的毒力可能有多個(gè)毒力基因參與調(diào)控。3 NDV/Ostrich/SX-01/06分離株的F和HN基因的核苷酸推導(dǎo)的氨基酸序列分析。結(jié)果表明:相比于大多數(shù)的Class II類(lèi)中的新城疫病毒分離毒株,NDV/Ostrich/SX-01/06分離株的F蛋白功能域有11個(gè)氨基酸殘基發(fā)生了突變,在HN蛋白功能域有3個(gè)氨基酸殘基發(fā)生了突變替換。在F蛋白的中和位點(diǎn)沒(méi)有發(fā)現(xiàn)氨基酸突變替換。但是,在HN蛋白的中和表位有5個(gè)氨基酸發(fā)生了氨基酸殘基替換。在來(lái)自各個(gè)方面的免疫選擇壓力下,新城疫病毒的遺傳進(jìn)化在不斷的進(jìn)行。4.該鴕鳥(niǎo)源新城疫病毒遺傳進(jìn)化分析。利用MEGA軟件,根據(jù)ML方法,將分離毒株的F全基因進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,結(jié)果表明本分離株屬于Class II類(lèi)中的基因VI型中的VIi亞型。同時(shí),分離毒株NDV/Ostrich/SX-01/06與強(qiáng)毒力Shaanxi/10(登錄號(hào):KU853020)朱瀗源分離株的親緣關(guān)系最近,核苷酸同源性為99.9%;與疫苗毒株的核苷酸同源性為31.8%。本研究是第一次報(bào)道VIi亞型鴕鳥(niǎo)源新城疫病毒,表明基因VI型新城疫病毒的易感宿主范圍較廣,野鳥(niǎo)在基因VI型新城疫的傳播和流行中扮演者重要的角色。
【學(xué)位授予單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2016
【分類(lèi)號(hào)】:S852.65

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本文編號(hào):2801373

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