【摘要】：乳腺癌是發(fā)生在乳腺上皮組織的惡性腫瘤,近年來其發(fā)病率逐漸上升并且呈現(xiàn)年輕化趨勢,已成為威脅女性身體健康的重要疾病之一。乳腺癌的發(fā)生發(fā)展是多基因參與和多因素作用的復(fù)雜生物過程。目前,限制乳腺癌治療效果的一個關(guān)鍵因素就是不完全清楚其分子機制。因此,對乳腺癌分子機制的深入研究成為提高診斷與治療效果的一種有效途徑。傳統(tǒng)生物學(xué)主要以細胞內(nèi)單個小分子的特點和功能為研究重點,盡管該方法可以揭示一些生命機制,但不可否認的是其忽略了細胞內(nèi)分子間相互作用的生物學(xué)特點,無法探索生物復(fù)雜的生理生命活動。隨著圖論的發(fā)展,網(wǎng)絡(luò)為系統(tǒng)研究疾病機制提供了重要依據(jù)。加權(quán)基因共表達網(wǎng)絡(luò)(Weight gene co-expression network analysis,WGCNA)是以基因間表達相似性為基礎(chǔ)實現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的常用算法。本文將其應(yīng)用于乳腺癌的基因表達譜數(shù)據(jù)。本文將TCGA數(shù)據(jù)庫中乳腺癌的基因表達數(shù)據(jù)作為數(shù)據(jù)來源。首先利用edgeR算法,從單基因水平進行差異基因分析,共篩選出9,376個與乳腺癌發(fā)生發(fā)展有關(guān)的差異基因。然后運用WGCNA算法對正常樣本和乳腺癌樣本分別構(gòu)建基因共表達網(wǎng)絡(luò)。由于該算法僅將表達具有相似性的基因聚到一個模塊,每個模塊的差異變化、涉及的生物學(xué)意義和模塊內(nèi)基因間的差異共表達情況仍然是未知的。因此,本文著重對模塊進行差異分析。通過模塊差異關(guān)聯(lián)分析、模塊功能富集分析和差異基因相關(guān)性分析的方法,整合出每個模塊的樞紐基因及其富集的生物過程。最后通過分析藥物信號與樞紐基因之間的關(guān)系,找到兩個可能用于乳腺癌治療的候選藥物 astressin 和 protirelin。
【學(xué)位授予單位】：大連海事大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：R737.9;O157.5
【圖文】：

例如在一型糖尿病網(wǎng)絡(luò)分析中，具有高連接度的基因ＤＤＸ５２表達水平的降低會增逡逑加糖尿病的發(fā)病率［４１１。逡逑在無尺度網(wǎng)絡(luò)基礎(chǔ)之上，構(gòu)建基因共表達網(wǎng)絡(luò)。圖２．１是ＷＧＣＮＡ算法構(gòu)建逡逑基因共表達網(wǎng)絡(luò)的流程圖。逡逑定義基因共表達相似矩陣邐定義鄰接函數(shù)，并將相似矩陣轉(zhuǎn)換逡逑邐＞邋為鄰接矩陣逡逑（＝］±＼ｃ0ｒ＾Ｊ）＼邐ａｓ邋＝邋ｐｏｗｅｒ（ｓｔｊ，Ｊ３）邋＝｜邋ｓ．．邋ｆ逡逑ｖ逡逑計算節(jié)點間的相異度，將鄰接矩陣逡逑轉(zhuǎn)換為拓撲矩陣逡逑＾／邋＝邋Ｚ邋ＱＩＭ逡逑確定基因網(wǎng)絡(luò)／模塊邐＜邐邋“以逡逑ｗ邋＝邐＾邋＋邋ａｎ邐逡逑ｖ邋ｍｉｎ｛Ｋ｝邋＋邋１邋－逡逑ｃ／：邋＝邋１邋－逡逑圖２．１邋ＷＧＣＮＡ流程圖逡逑Ｆｉｇ．邋２．１邋Ｔｈｅ邋ｆｌｏｗ邋ｏｆ邋ＷＧＣＮＡ逡逑２．４．邋１定義相似矩陣逡逑基因表達譜用矩陣Ｘ邋＝邋［＼］＿表示：逡逑？１３－逡逑

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本文編號：2783411